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​#bacterio - Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l'urètre
colonisé - Pénétration des bactéries : à partir de l'urètre (ascendant),
plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie - Facteurs prédisposants
: calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire,
grossesse, diabète+++
*** Démarche
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: démarche
:END:
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ;
  échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie +
  antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la
  famme, VPP chez l'homme
1. ECBU: préanalytique
   - Prélèvement
     - Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
     - jeune enfant : collecteur d'urine +*/ cathéter/ponctio
       sus-pubienne
     - Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après
       désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
   - Conservation:
     - tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour
       culture
     - tube borate: 48h si /bien rempli/
2. Analytique
   - cytologie : manuel/automatique
   - Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d'identifier une
     contamination, d'orienter les milieux d'ensemencement
   - ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif,
     levures+++. 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: groupes
:END:
/Groupe 1/ : *Seuil = 10^{3}*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g
adhésion à l'épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé,
même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de
  15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
/Groupe 2/ = *Seuil = 10^{3} homme, 10^{4} femme*. Plutôt IU associées
aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter,
  Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
/Groupe 3/: *Seuil 10^{5}*. Implication discutée. Nécessite bactériurie
élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de
  S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas
  maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
/Groupe 4/ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
*** Étiologie
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: étiologie
:END:
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme jeune
*** Virulence
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virulence
:END:
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
*** Interprération
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: interprération
:END:
| Dispositif | Clinique | Leucotyurie | Bactéurie  | IU                   | Antibiogramme |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Non        | oui      | oui         | cf seuils  | oui                  | oui           |
|            | non      | oui/non     | >= 10^{3}  | colonisation         | non           |
|            | oui      | non         | cf tableau | débutant/neutropénie | oui           |
| Oui        | oui      | NC          | >= 10^{5}  | oui                  | oui           |
|            | non      | NC          | >= 10^{3}  | colonisation         | non           |
- *colonisation* femme *enceinte* avec bactérurie >= 10^{5} groupes 1 à
  3* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si > seuil
Clinique > biologique (décapité par antibio, croissance lente)
*** Uropathogènes emergents
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: uropathogènes-emergents
:END:
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L.
  delbrueckii
- chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et
  prostate) -> à chercher dans ce contexte

​#bacterio
Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon,
  dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
Primaire -> secondaire
- folliculite/furoncle -> 0
- abcès cutané primaire -> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -> impétigination
Germes = *Staph aureus*, *Strepto. pyogenes*
*** Érysipèle
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: érysipèle
:END:
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour *S. pogenes*
- adulte obèse, porte d'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, *sans nécroise*
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement *oui*, amox orale ambulatoire, pas d'AINS ni cortico
*** Furoncle, anthra, furonculose
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: furoncle-anthra-furonculose
:END:
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- *S. aureus producteur de LPV*
- diag clinique = nodlle inflammatoire avec nécrose au centre
- cemplication = abcès secondaire, *staphyloccice maligne de la face*
  (thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV *inutile*
- traitement: pas d'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC si
  fièvre, > 5cm+++
*** Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccoqiue
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: panaris-onyxis-péri-onyxis-staphyloccoqiue
:END:
- INfection aigǜe de la main la plus fréquence (pule doig,
  sousungéulaire+++)
- *S. Aureus*
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d'antibio si inflammation local, *chirurgie* si abcès
  (douleur intense, pulsatile)
*** Impétigo
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: impétigo
:END:
- Dermo-épidermite superficielle
- *S. aureus* pays développés, *S. pyogènes* pays à faible ressources
- *contagieux*, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pygenes)
- prélvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
  - local si peu étendu et crouteux : antiseptique, aicde fusidique
  - systémique si bulleux, étendu : β-lactamine

​#bacterio #viro Principale complication = déshydratation
*** Virale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virale
:END:
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine) ou indirecte
  (aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l'acadidé gastrique
- toutes tranches d'aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- multiplication dans les entérocytes de l'intesting grêle
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo,
  vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire), PCR
  temps réel
  - immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et
    astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -> technique
    plus sensible
1. Rotavirus
   - Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
   - Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets
     contaminés par des feces/vomissure. NB: perte de son infectiosité
     en milieu humide
   1. Structure
      Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
   2. Épidémiologie
      - groupe A:
        - France, enfant < 5 ans 140 000 consultations, 18 000
          hospitalisaiton, décès exceptionnel
        - *1ere cause de diarrhée aigùe de l'enfant < 5 ans*
      - 1ere cause d'infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32%
        nosocomiales selon les pays
        - monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères, 600 000
          morts/an (pays bas/moyens revenus)
      - adulte/enfant plus gế : réinfetion commune mais clinique très
        modérée. Surtout un vecteur de transmission
   3. Physiopathologie
      Lésions des entérocytes matures de l'intesting grêle
      (multiplication du virus) : dérégulation puis destruction.
      Mécanismes :
      1. sécrétion eau, électrolytique -> diarhée sécrétoire
      2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique ->
         diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique dans
         l'intestin)
   4. Clinique
      - variable : asymptomatique - diarrhées malabsorption/sécrétoire
      - incubation < 48h
      - symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut précèder
        de quelques jours et persister 8-10 jours
        - infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois (immunité
          maternelle) (NB : immunité secondaire chez adulte)
      - diarrhée
        - aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive), vomissement,
          douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
        - intensité = variable
        - consistance variable (molle - liquide)
   5. Diagnostic
      - Test immo-chromatographique
      - Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans les
        selles (anticorps monoclonaux)
      - RT-PCR, RT-qPCR
2. Norovirus
   1. Structure
      Capside, non enveloppé, *simple brin* (≈ ARN messager)s
   2. Transmission
      - Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures,
        projection, aérosol (eau++)
      - Très infectieux
      - Contagion possible par sujet asymptomatique.
   3. Épidémiologie
      - Souvent sous forme d'épidémie.
      - Surtout en hiver
      - *> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit l'âge*
      - Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
      - *Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC* (eau
        souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
        Attention: persistance excrétion virale semaine après la
        guérison
   4. Physiopathologie
      - Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire ->
        malabsorption transitoire (altération système enzymatique des
        entérocyte)
      - invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
   5. Clinique
      - Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement
        déshydratation)
      - Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que
        rotavirus)
      - Incubation 4-77heures
      - Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
      - Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
      - mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé,
        immunodéprimé)
      - Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé
        (perte de poids, déshydrataition+++)
   6. Diagnostic
      - test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
      - standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
   7. Traitement, vaccination
      - Pas de traitement antiviral
      - Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du
        voyage, hôpital = idem
      - Pas de vaccin
3. Adénovirus
   - Transmission féco-orale, *respiratoire*
   - Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
   - Endémie avec pics (hivers, printemps)
   1. Structure
      Capside, non enveloppé, double brin
   2. Épidémio
      - toute l'année (épidémique ou sporadique)
      - *3-6% GEA infectieuses du nourrisson*
   3. Physiopatho
      - Largement répandu dans la population mais pas d'immunité
      - Lyse cellule
   4. Clinique
      - Immunocompétent : *oculaire* (conjonctivite,
        kérato-conjoctivite), *respiratoire* (ppharyngite, bronchite,
        pneumotahie), *digestif* (gastro)
      - Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie, méningoencéphalite,
        héptatie) ! potentiellement mortel !
   5. Diagnostic
      - Formes graves chez l'immunocompétent, dépistage chez
        immunodéprimé
      - PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
   6. Traitement
      Cifodovir = IV, nombreux effets indésirable
   7. Prophylaxie
4. Astrovirus
   1. Épidémio
      - épidémies en hiver, surtout nourrisson
      - 1-4% GEA enfant et adulte
   2. Physiopatho
      Entérocytes matures , sommets des villosités
   3. Diagnostic
      ELISA RT-qPCR
5. Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
   - forme sévère de l'enfant: recherche rotavirus
   - porteur asymptomatique en pédiatrie
   - enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation + symptôme
     (prévenir infection nosocomiale)
6. Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
   - immunodétection ou PCR temps réel -> noro, rota, adéno, sapovirus,
     adénovirus
   - Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent ->
     recherche norovirus
7. Principales mesures d'hygiène permettant de lutter contre une
   épidémie de GEA
   Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
   - Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
   - norovirus :
     - règle d'hygiène en voyage
     - lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus,
       prélèvement régulé, isolement des patients à risque

[[id:9c228cdd-e721-4dd4-8546-d69a5aa02442][Angines]]
[[id:e4807368-00e0-4e3b-81e5-8231002de347][Gastro-entérites]]
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[[id:e6fc90b1-6aa5-4397-9d9a-82e72a96ef07][Infections sexuellement transmissibles]]
[[id:c085bebe-fe0c-4a2d-958e-64a8b0aec5eb][Infections urinaires]]

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[[id:9c228cdd-e721-4dd4-8546-d69a5aa02442][Angines]]

[[Infections urinaires]] [[Gastro-entérites]] [[Diarrhées]]

[[Diarrhées]]

:PROPERTIES:
:ID:       c085bebe-fe0c-4a2d-958e-64a8b0aec5eb
:END:
#+title: Infections urinaires
#+filetags: ​bacterio
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l'urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l'urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète+++
* Démarche
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l'homme
- sinon: risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
* ECBA
** Préanalytique
- Prélèvement
  - Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
  - jeune enfant : collecteur d'urine +/- cathéter/ponctio sus-pubienne
  - Sonde: jamais dans le sac préleveur, recueillir après désinfection sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
- Conservation:
  - tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
  - tube borate: 48h si /bien rempli/
** Analytique
  - cytologie : manuel/automatique
  - Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d'identifier une contamination, d'orienter les milieux d'ensemencement
  - ensemencement : chromogène + /- sélectif pour Gram positif, levures+++. 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
* Groupes :
** Groupe 1 = pathogène. Seuil = $10^3$
Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l'épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
** Groupe 2 = si facteurs.  Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme
Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
** Groupe 3 = discuté. Seuil 10^{5}
Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas
  maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
** Groupe 4 = contaminant. Pas de seuil
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
* Étiologie
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme jeune
* Virulence
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
* Interprération
| Dispositif | Clinique | Leucotyurie | Bactéurie  | IU                   | Antibiogramme |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Non        | oui      | oui         | cf seuils  | oui                  | oui           |
|            | non      | oui/non     | >= 10^{3}  | colonisation         | non           |
|            | oui      | non         | cf tableau | débutant/neutropénie | oui           |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Oui        | oui      | NC          | >= 10^{5}  | oui                  | oui           |
|            | non      | NC          | >= 10^{3}  | colonisation         | non           |
- *colonisation* femme *enceinte* avec bactérurie >= 10^{5} groupes 1 à 3* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si > seuil
Clinique > biologique (décapité par antibio, croissance lente)
* Uropathogènes emergents
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
- chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte

:PROPERTIES:
:ID:       4fa9f349-d2df-46fe-8132-697c20d65328
:END:
#+title: Infections cutanées
#+filetags: bacterio
* Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon, dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
* Primaire -> secondaire
- folliculite/furoncle -> 0
- abcès cutané primaire -> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -> impétigination
Germes = *Staph aureus*, *Strepto. pyogenes*
* Érysipèle
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour *S. pyogenes*
- adulte obèse, porte d'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, *sans nécrose*
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement *oui*, amox orale ambulatoire, pas d'AINS ni cortico
* Furoncle, anthra, furonculose
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- *S. aureus producteur de LPV*
- diag clinique = nodule inflammatoire avec nécrose au centre
- complication = abcès secondaire, *staphyloccice maligne de la face* (thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV *inutile*
- traitement: pas d'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC si fièvre, > 5cm+++
* Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccocique
- Infection aigǜe de la main la plus fréquence (pulpe doig, sous-ungéulaire+++)
- *S. Aureus*
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d'antibio si inflammation local, *chirurgie* si abcès (douleur intense, pulsatile)
* Impétigo
- Dermo-épidermite superficielle
- *S. aureus* pays développés, *S. pyogènes* pays à faible ressources
- *contagieux*, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pyogenes)
- prélèvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
  - local si peu étendu et croûteux : antiseptique, aicde fusidique
  - systémique si bulleux, étendu : β-lactamine

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:ID:       e4807368-00e0-4e3b-81e5-8231002de347
:END:
#+title: Gastro-entérites
#+filetags: bacterio viro
Principale complication = déshydratation
* Virale
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine) ou indirecte
  (aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l'acadidé gastrique
- toutes tranches d'aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- multiplication dans les entérocytes de l'intesting grêle
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo, vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire), PCR temps réel
  - immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et
    astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -> technique
    plus sensible
** Rotavirus
- Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
- Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets
  contaminés par des feces/vomissure. NB: perte de son infectiosité
  en milieu humide
- Structure: Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
*** Épidémiologie
- groupe A:
  - France, enfant < 5 ans 140 000 consultations, 18 000 hospitalisaiton, décès exceptionnel
  - *1ere cause de diarrhée aigùe de l'enfant < 5 ans*
- 1ere cause d'infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32% nosocomiales selon les pays
  - monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères, 600 000 morts/an (pays bas/moyens revenus)
- adulte/enfant plus gế : réincfetion commune mais clinique très modérée. Surtout un vecteur de transmission
*** Physiopathologie
 Lésions des entérocytes matures de l'intesting grêle (multiplication du virus) : dérégulation puis destruction.
 Mécanismes :
 1. sécrétion eau, électrolytique -> diarhée sécrétoire
 2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique -> diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique dans l'intestin)
*** Clinique
- variable : asymptomatique - diarrhées malabsorption/sécrétoire
- incubation < 48h
- symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut précèder de quelques jours et persister 8-10 jours
  - infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois (immunité maternelle) (NB : immunité secondaire chez adulte)
- diarrhée
  - aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive), vomissement, douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
  - intensité = variable
  - consistance variable (molle - liquide)
*** Diagnostic
- Test immo-chromatographique
- Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans les selles (anticorps monoclonaux)
- RT-PCR, RT-qPCR
** Norovirus
- Structure:  Capside, non enveloppé, *simple brin* (≈ ARN messager)s
*** Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures, projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
*** Épidémiologie
- Souvent sous forme d'épidémie.
- Surtout en hiver
- *> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit l'âge*
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
- *Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC* (eau souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
  Attention: persistance excrétion virale semaine après la guérison
*** Physiopathologie
- Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire -> malabsorption transitoire (altération système enzymatique des entérocyte)
- invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
*** Clinique
  - Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement déshydratation)
  - Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que rotavirus)
  - Incubation 4-77heures
  - Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
  - Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
  - mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé, immunodéprimé)
  - Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé (perte de poids, déshydrataition+++)
*** Diagnostic
 - test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
 - standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
*** Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du
  voyage, hôpital = idem
- Pas de vaccin
** Adénovirus
  - Transmission féco-orale, *respiratoire*
  - Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
  - Endémie avec pics (hivers, printemps)
  - Structure: capside, non enveloppé, double brin
*** Épidémio
- toute l'année (épidémique ou sporadique)
- *3-6% GEA infectieuses du nourrisson*
*** Physiopatho
- Largement répandu dans la population mais pas d'immunité
- Lyse cellule
*** Clinique
- Immunocompétent : *oculaire* (conjonctivite, kérato-conjoctivite), *respiratoire* (ppharyngite, bronchite, pneumotahie), *digestif* (gastro)
- Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie, méningoencéphalite, héptatie) ! potentiellement mortel !
*** Diagnostic
- Formes graves chez l'immunocompétent, dépistage chez immunodéprimé
- PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
*** Traitement
- Cifodovir si immunodéprimé = IV, nombreux effets indésirable
- Prévention (décontamination. Attention alcool inefficace !)
** Astrovirus
*** Épidémio
  - épidémies en hiver, surtout nourrisson
  - 1-4% GEA enfant et adulte
*** Physiopatho
   Entérocytes matures , sommets des villosités
*** Diagnostic
- ELISA RT-qPCR
- Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
  - forme sévère de l'enfant: recherche rotavirus
  - porteur asymptomatique en pédiatrie
  - enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation + symptôme
     (prévenir infection nosocomiale)
- Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
  - immunodétection ou PCR temps réel -> noro, rota, adéno, sapovirus, adénovirus
  - Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent -> recherche norovirus
** Principales mesures d'hygiène permettant de lutter contre une épidémie de GEA
  - Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
  - Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
  - norovirus :
    - règle d'hygiène en voyage
    - lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus,
      prélèvement régulé, isolement des patients à risque