|                     |       prod | pseudo-prod | pseudo-prod |       test |       test |       test |
|---------------------+------------+-------------+-------------+------------+------------+------------|
|                     |            |    parallel |  sequential |   parallel |   parallel | sequential |
| gatk                |            |     4.2.4.1 |     4.2.4.1 |    4.2.4.1 |      4.3.0 |    4.2.3.1 |
| clinvar             | 2022-09-03 |  2022-09-03 |  2022-09-03 | 2022-12-03 | 2022-12-03 | 2022-12-03 |
|---------------------+------------+-------------+-------------+------------+------------+------------|
| bwa mem             |  128077207 |   128077211 |   128077210 |  128077211 |  128077211 |  128077210 |
| cleanSam            |  128077207 |             |   128077210 |  128077211 |  128077211 |  128077210 |
| applybqsr           |            |   128077211 |             |            |            |            |
| haplotypecaller     |    1528059 |     1528093 |     1528089 |    1528093 |    1528093 |    1528093 |
| DP_over_30          |      84708 |       84724 |       84725 |      84724 |      84724 |      84725 |
| not_SNP             |      11362 |       11377 |       11384 |         NA |         NA |         NA |
| consensual_sequence |       8864 |        8884 |        8886 |       8898 |       8898 |       8900 |

|                     |       prod | prod Helios | prod Helios | prod Helios |       test |       test |       test |
|---------------------+------------+-------------+-------------+-------------+------------+------------+------------|
| cores               |          4 |           4 |          24 |           1 |         24 |         24 |          1 |
| gatk                |            |     4.2.4.1 |     4.2.4.1 |     4.2.4.1 |    4.2.4.1 |      4.3.0 |    4.2.3.1 |
| clinvar             | 2022-09-03 |  2022-09-03 |  2022-09-03 |  2022-09-03 | 2022-12-03 | 2022-12-03 | 2022-12-03 |
|---------------------+------------+-------------+-------------+-------------+------------+------------+------------|
| bwa mem             |  128077207 |   128077207 |   128077211 |   128077210 |  128077211 |  128077211 |  128077210 |
| cleanSam            |  128077207 |             |             |   128077210 |  128077211 |  128077211 |  128077210 |
| applybqsr           |            |             |   128077211 |             |            |            |            |
| haplotypecaller     |    1528059 |     1528066 |     1528093 |     1528089 |    1528093 |    1528093 |    1528093 |
| DP_over_30          |      84708 |             |       84724 |       84725 |      84724 |      84724 |      84725 |
| not_SNP             |      11362 |             |       11377 |       11384 |         NA |         NA |         NA |
| consensual_sequence |       8864 |             |        8884 |        8886 |       8898 |       8898 |       8900 |

Alignement ok
$ samtools view -c files/tmp_63003856_S135/63003856_S135.bam
128077207

#+title: Po2
pO2 artériel : 70 - 100 mmHg (9.5 - 13.3 kPa) adulte

#+title: pH - Roche cobas c 503

#+title: pH

Le pH représente l’activité de l’ion hydrogène, qui reflète l’équilibre acide-base dans le sang.
Le pH doit être régulé dans des marges étroites car des variations importantes peuvent rapidement avoir des conséquences délétères pour le métabolisme cellulaire, notamment sur le plan vasculaire.

ie pH représente l’activité de l’ion hydrogène, qui reflète l’équilibre acide-base dans le sang.
Il doit être régulé dans des marges étroites car des variations importantes peuvent rapidement avoir des conséquences délétères pour le métabolisme cellulaire, notamment sur le plan vasculaire.

Le pH dépend du rapport $\frac{[HCO_3^{-}]}{pCO2}$
selon la formule $pH = pK + log(\frac{[HCO_3^{-}]}{pCO2})

  - acidose métabolique

    - respiratoire (pCO2 élevé) d’origine pulmonaire ou non (voire fice pCO2)

    - respiratoire (pCO2 élevé) liée à une hypoventilation d’origine pulmonaire ou non (voire fiche pCO2)

  - alcalose peut être respiratoire (pCO2 diminué) ou métabolique

  - alcalose peut être respiratoire (hyperventilation avec pCO2 diminué) ou métabolique (voir fiche adéquate)

#+title: Pco2

biofiche
#+title: pH - Roche cobas c 503
#+author: Alexis Praga
#+setupfile: ./fiche.setup

pCO2 artéiel : 35 - 46 mmHg (4.7 - 6.1 kPa) adulte
pO2 artériel : 70 - 100 mmHg (9.5 - 13.3 kPa) adulte

* Valeurs de référence (adulte)
- artériel : 35 - 46 mmHg (4.7 - 6.1 kPa) adulte
- veineux : ?
* Principe analytique de mesure
 Ampérométrie
* Localisation, rôle physiologique
Le CO2 transporté dans le sein est sous 3 formes : bicarbonates, CO2 dissous et acide carbonique H2CO3.
* Tissus/organes de production et d'élimination
Le CO2 est produit lors du métabolisme cellulaire normal et libéré dans le sang. Il est ensuite transporté dans les reins ou le poumons, où il y sera excrété.
* Principales interactions analytiques
- Dilution si prélèvement sur cathéter
- Tube EDTA, citrate, fluorure *proscrits*
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Vérifier que la température est renseignée
- Absence de caillot ou de bulle
- Seringue/capillaire hépariné
- 1mL minimum pour une seringue (si < 0.5, choisir une analyse), 100μL pour un capillaire
* Augmentation et de diminution
La pO2 reflète l’état respiratoire générale.
- Une pCO2 faible traduit une hyperventilation
- Une pCO2 élèvé révèle une hypoventilation ou insuffisance respiratoire