On utilise le drive commun qu'a fait Elise. Pour éviter les soucis de connexion, on modifie juste le dossier partagé:
https://drive.google.com/drive/folders/11wJ0E_KZv7I88wdv_ULHqd5KvWFfF0DF?usp=sharing_eip_m&invite=CPX0rho&ts=63ea1879
Autres drives :
    alexis: https://drive.proton.me/urls/PQ5M6TKVRM#q8yulEV8T5WG
    papa : https://www.mailo.com/mailo/docs/docs.php?s=IaK9Ajz8kwQJXNPnhJofRuDwyrNSZVy4&dir=mqn0f3%2bozZXc%2bwh4DeXwhVTY1Zz4zci5rZ4XcNHRmX7wPT0d9WG%2b0g%3d%3d&ea_encode=0

Problème avec chemin python pour pysam : Tools/__init__.py échoue mais on peut utilise build/bin/hap.py

***** TODO Essai 2 : depuis nix develop:

$ genericBuild

genericBuild

On lance donc les tests à la main (trop d'erreurs sur les chemins)

Lancé initialement à la main, mais on peut maintenant utiliser run_tests

# OK !
HCDIR=build/bin build/bin/test_haplotypes
# OK !
bash src/sh/make_hg19.sh
HCDIR=build/bin HG19=hg19.fa bash src/sh/run_multimer
ge_test.sh

HCDIR=bin/ ../src/sh/run_tests.sha

Écheck sur
$ HCDIR=build/bin bash src/sh/run_hapenum_test.sh
Traceback (most recent call last):
  File "build/bin/hap.py", line 26, in <module>
    import pysam
  File "/nix/store/3w2v5cl4x6ddq4281awcab9412r5gkaw-python3-3.10.9-env/lib/python3.10/site-packages/pysam/__init__.py", line 4, in <module>
    from pysam.libchtslib import *
ImportError: No module named libchtslib
IL faut commenter detect var

- [X] test boost
- [X] multimerge
- [X] hapenum
- [X] fp accuracy
- [X] faulty variant
- leftshift fails
- [X] other vcf
- [X] chr prefix
- [X] gvcf
- [X] decomp
- [X] contig lengt
- [X]  integration test
- [ ] scmp fails sur le type
- [X] giab
- [X] performance
- [ ] quantify fails sur le type
- [ ] stratified échec sur les résultats !
- [X] pg counting
- [ ] sompy: ne trouve pas Strelka dans somatic
phases="buildPhase checkPhase installPhase fixupPhase" genericBuild
#+end_src