apraga/org - Change LFA3YCBIVI5X55VDB5OHX63LO43OS46AVRPYOEENLXI42KSRMLPAC

Notes maladies infectieuses

Created by Alexis Praga on June 8, 2024

LFA3YCBIVI5X55VDB5OHX63LO43OS46AVRPYOEENLXI42KSRMLPAC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Replacement in projects.org at line 171 [3.179]
B:BD[2.1631] → [2.1631:1686]
```
DEADLINE: <2024-06-09 Sun> SCHEDULED: <2024-06-07 Fri>
```
[2.1631]
[2.1686]
```
DEADLINE: <2024-06-09 Sun>
```

File deletion: alat.org, ALAT.org, ALAT.org

BF:BFD[4.188] → [5.3468:3500]

BF:BFD[5.3500] → [6.449276:449276]

BFD:BFD[4.3988] → [4.7603:7635]

BF:BFD[4.7635] → [6.449276:449276]

BFD:BFD[7.473] → [6.451438:451470]

BF:BFD[6.451470] → [6.449276:449276]

∅:D[5.3604] → [6.449319:449320]

B:BD[6.449319] → [6.449319:449320]

∅:D[5.3634] → [6.449320:449788]

B:BD[6.449320] → [6.449320:449788]

B:BD[6.449830] → [6.449830:449920]

∅:D[5.3739] → [6.450160:450207]

B:BD[6.450160] → [6.450160:450207]

∅:D[5.3765] → [6.450334:450406]

B:BD[6.450334] → [6.450334:450406]

B:BD[6.450474] → [6.450474:450737]

B:BD[6.450810] → [6.450810:450885]

∅:D[5.3779] → [6.451000:451437]

B:BD[6.451000] → [6.451000:451437]

B:BD[6.450885] → [5.3766:3779]

B:BD[6.450207] → [5.3740:3765]

B:BD[6.449920] → [5.3635:3739]

B:BD[6.449320] → [5.3605:3634]

B:BD[6.449276] → [5.3501:3604]


L'alanine transférase est une enzyme transaminase qui va transférer un
groupement amine depuis un acide aminé (alanine) vers un acide cétonique
(acide α-cétoglutarique) selon la réaction
alanine + acide α-cétoglutarique ↔ pyruvate + glutamate
Le pyruvate sera utilisé dans la voie glycolytique et le glutamate dans
le cycle glucose-alanine.
L'ALAT se trouve dans le cytosol des cellules hépatiques et dans une
moindre mesure musculaires.
* Production
La cytolyse de cellules hépatiques va relarguer l'ALAT.
* Principe analytique de mesure
pyruvate + NADH + H^{+} → lactate + NAD^{+}
- homme < 50U/L
- femme < 35U/L
* Principales interactions analytiques
- hémolyse
- hydroxycobalamine (vitamine B12) (diminution)
- sulfasalazine (anti-inflammatoire intestinal: Crohn...)
- gammapathie IgM (très rare)
/Note: les carences en vitamine B_{6} ne sont plus une interaction/
* Vigilance pré-analytiques et analytiques
- Prélèvement non hémolysé
- tube hépariné (lithium, di potassique)
- physiologiques: grossesses (diminution modérée), surcharge pondérale
- iatrogène:
  - aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane
  - chronique : isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique par *cytolyse hépatique*:
  - hépatite virale, autoimmune
  - infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
  - alcoolisme aigü/chronique
  - obstruction voie biliaire, cirrhose
  - inflammation modérée
* Variations
* Valeurs de référence
Photométrie (mesure vitesse formnation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
* Localisation, physiologie
:PROPERTIES:
:ID:       5e5778f1-dfd3-4268-8ddd-05d16957a6c5
:END:
#+title: ALAT
#+filetags: biochimie

File move: asat.org → transaminases_asat_alat.org
BF:BFD[4.188] → [5.3431:3463]
BF:BF[5.3463] → [5.1657:1657]
[4.188]
[5.1657]
Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 2 [5.1657]
B:BD[5.1671] → [5.1671:1719]
```
:ID:       864caae0-07ca-457b-9b67-09a3fed1fdb3
```
[5.1671]
[5.1719]
```
:ID:       90cbcd7e-9606-47b8-ad0b-2c4d38996b1b
```
Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 4 [5.1657]
B:BD[5.1725] → [5.1725:1761]
```
#+title: ASAT
#+filetags: biochimie
```
[5.1725]
[5.1761]
```
#+title: Transaminases (ASAT, ALAT)
```

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 6 [5.1657]

B:BD[5.1762] → [5.1762:2017]

L'aspartate transférase est une enzyme transaminase (voir [[id:5e5778f1-dfd3-4268-8ddd-05d16957a6c5][ALAT]]) qui va transférer un groupement amine depuis un acide aminé (aspartate) vers un acide cétonique (acide α-cétoglutarique) selon la réaction

[5.1762]

[5.2017]

Enzyme transférant un groupement amine depuis un acide aminé vers un acide cétonique

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 8 [5.1657]

B:BD[5.2018] → [5.2018:2085]

aspartate + acide α-cétoglutarique ↔ oxaloacétate + glutamate

[5.2018]

[5.2085]

- ALAT (alanine transférase) :
  alanine + acide α-cétoglutarique ↔ pyruvate + glutamate
  Le pyruvate sera utilisé dans la voie glycolytique et le glutamate dans le cycle glucose-alanine.
- ASAT (aspartate transférase) :
  aspartate + acide α-cétoglutarique ↔ oxaloacétate + glutamate
  L'ASAT est le point de départ de nombreuses réactions métaboliques (ex: pyrimidine) et le glutamate est impliqué dans le cycle glucose-alanine.

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 15 [5.1657]

B:BD[5.2086] → [5.2086:2234]

L'ASAT est le point de départ de nombreuses réactions métaboliques (ex: pyrimidine) et le glutamate est impliqué dans le cycle glucose-alanine.

[5.2086]

[5.2234]

* Localisation
- ASAT: cellules hépatique, cardiaque, (muscles squelettiques, reins, pancréas, globule rouge, cerveaux)
- ALAT : cytosol des cellules hépatiques, (musculaires)

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 19 [5.1657]

B:BD[5.2235] → [5.2235:2511]

Principalement dans les cellules hépatiques et cardiaques.
Dans une moindre mesure dans les muscles squelettiques, reins, pancréas, globules rouges et cerveau.
* Production
cytoplasme et une dans les mitochondries. Une cytolyse va conduire à une libération dans le sang.

[5.2235]

[5.2511]

* Mesure
Photométrie (mesure vitesse formnation de NADH, qui est proportionnelle à l'activité de l'ALAT selon
pyruvate + NADH + H^{+} → lactate + NAD^{+}

Deletion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 23 [5.1657]

B:BD[5.2512] → [5.2512:2615]

* Principe analytique de mesure
Photométrie (voir [[id:5e5778f1-dfd3-4268-8ddd-05d16957a6c5][ALAT]] )

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 25 [5.1657]
[5.2641]
[5.2641]
```
ASAT, ALAT
```

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 32 [5.1657]

B:BD[5.2756] → [5.2756:2825]


/Note: les carences en vitamine B_{6} ne sont plus une interaction/

[5.2756]

[5.2825]

- ALAT:
  -hydroxycobalamine (vitamine B12) (diminution)
  - sulfasalazine (anti-inflammatoire intestinal: Crohn...)

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 41 [5.1657]
[5.2966]
[5.2966]
```
** ASAT
```

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 52 [5.1657]

[5.3430]

** ALAT
- physiologiques: grossesses (diminution modérée), surcharge pondérale
- iatrogène:
  - aigü = IMAO, méthyldopa, isoniazide, halothane
  - chronique : isoniazide, nitrofurantoïne, AINS, sulfamide...
- augmentation pathologique par *cytolyse hépatique*:
  - hépatite virale, autoimmune
  - infections (EBV, CMV, HSV, toxoplasmose)
  - alcoolisme aigü/chronique
  - obstruction voie biliaire, cirrhose
  - inflammation modérée

File addition: mycoplasmes.org (----------)

[4.188]

:PROPERTIES:
:ID:       2a7a609e-50c5-45c3-a5d2-a6c509bb91ea
:END:
#+title:  Mycoplasmes
#+filetags: bacterio ist
* Mycoplasmes urogénitaux
4 espèces
- /ureaplasma/ spp = commensal tracture urogénital
- /mycoplasma genitalium/ = IST, non commensal
** Clinique
- Infection urogénitale basse/haut: *urétrite* (homme), *cervicite* (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare (uértrire masculine, salpingite, grossesse, immunodépression)
** Diagnostic
*** Myc. genitalium
- *direct* non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
- test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
- pas de culture (fastidien)
*** Myc. hominis, Ureaplasma spp
- *direct*: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de gram car pas de paroi)
- TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
*** Prélèvement
 - pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis ! (commensal)
 - site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN =
   endotrachéal, liquide gastrique
** Résistances
- naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine, rifampicine
  - Ureaplasma : lincosamide
  - homiis : certains macrolife
- acquise :
  - M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène /tet/) surtout +/- fluoroquinolones (3%)
  - M. genitalium : macrolides++ !traitement de première intention!, fluoroquinolones
** Traitement
*** Myc. genitalium
- non compliqué : azithromycine
- sinon : moxifloxacine
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
*** Myc. hominis, Ureaplasma
- infection urogénitale: tétracycline
- néonat/grosses : macrolide
- immunodépression: tétra + fluoroquinolones

File deletion: Mycoplasmes.org, Mycoplasmes.org

BF:BFD[4.3988] → [4.5388:5427]

BF:BFD[4.5427] → [6.321832:321832]

BFD:BFD[7.473] → [6.323617:323656]

BF:BFD[6.323656] → [6.321832:321832]

B:BD[6.321832] → [6.321833:323616]

#bacterio #ist ### Mycoplasmes urogénitaux
4 espèce
- /ureaplasma/ spp = commensal tracture urogénital
- /mycoplasma genitalium/ = IST, non commensal
1. Clinique
   - Infection urogénitale basse/haut: *urétrite* (homme), *cervicite*
     (asympto souvent), endométrie, salpingite
   - lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération
     génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
   - opportuniste : rare (uértrire masculine, salpingite, grossesse,
     immunodépression)
2. Diagnostic
   Myc. genitalium
   - *direct* non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
   - test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
   - pas de culture (fastidien)
   Myc. hominis, Ureaplasma spp
   - *direct*: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de gram car
     pas de paroi)
   - TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
   Prélèvement:
   - pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis !
     (commensal)
   - site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN =
     endotrachéal, liquide gastrique
3. Résistances
   - naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine, rifampicine
     - Ureaplasma : lincosamide
     - homiis : certains macrolife
   - acquise :
     - M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène /tet/) surtout +/-
       fluoroquinolones (3%)
     - M. genitalium : macrolides++ !traitement de première intention!,
       fluoroquinolones
4. Traitement
   Myc. genitalium
   - non compliqué : azithromycine
   - sinon : moxifloxacine
   - *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
   Myc. hominis, Ureaplasma
   - infection urogénitale: tétracycline
   - néonat/grosses : macrolide
   - immunodépression: tétra + fluoroquinolones

File deletion: Endocardite_infectieuse.org, Endocardite_infectieuse.org, Endocardite infectieuse.org

BFD:BFD[7.473] → [8.854:905]

BF:BFD[8.905] → [6.390805:390805]

BF:BFD[4.3988] → [4.6402:6453]

BF:BFD[4.6453] → [6.390805:390805]

BFD:BFD[7.473] → [6.391393:391444]

BF:BFD[6.391444] → [6.390805:390805]

B:BD[6.390805] → [6.390806:391392]

#bacterio - Rare (5cas/million), grave (20% décès) - Souvent iatrogène -
Traitement difficile (biofilm) - *Gram positif* - staph aureus/coag
négative : cutané, cathéter, toxico IV - strepto : bucco-dentaire,
digestif - entérocoque = digestif, urinaire - HACCEK = bucco-dentaire
[Bacille gram neg croissance lente + physio = Haemophilus,
Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium hominis, capnocytophaga,
Kingella kingae] - candida = cathéter, toxico - Diag: critère de duke
pour hémoculture : 2 positive à germe typique ou >2 à germe atypique -
négative dans 5-10% E
I

File deletion: IST.org, IST.org
BF:BFD[4.4179] → [4.4360:4391]
BF:BFD[4.4391] → [6.263246:263246]
BFD:BFD[7.661] → [6.263359:263390]
BF:BFD[6.263390] → [6.263246:263246]
B:BD[6.263246] → [6.263247:263358]
```
#bacterio [[file:Chlamydia.md][Chlamydia]]
[[file:Mycoplasmes.md][Mycoplasmes]] [[Gonocoque]]
[[Syphilis]]
```
Replacement in notes/maladies_infectieuses.org at line 16 [10.2783]
∅:D[9.4909] → [10.3045:3051]
B:BD[10.3045] → [10.3045:3051]
B:BD[10.3051] → [11.796:811]
∅:D[11.811] → [10.3161:3214]
B:BD[10.3161] → [10.3161:3214]
```
TODO
[[Diarrhées]]
[[Endocardite infectieuse]] [[Infections cutanées]]
```
[9.4909]
```
[[id:d19455f2-4d40-4d55-a5a5-e6143a37d0ed][Diarrhées]]
[[id:2929b4d1-d0a3-475c-8a15-2e427c0bbfef][Endocardites infectieuses]]
```
Insertion in notes/infections_sexuellement_transmissibles.org at line 9 [10.3789]
[10.4094]
```
[[id:2a7a609e-50c5-45c3-a5d2-a6c509bb91ea][Mycoplasmes]]
```

File addition: endocardite_infectieuse.org (----------)

[4.188]

:PROPERTIES:
:ID:       2929b4d1-d0a3-475c-8a15-2e427c0bbfef
:END:
#+title: Endocardites infectieuses
#+filetags: bacterio cardio
- Rare (5cas/million), grave (20% décès)
- Souvent iatrogène
- Traitement difficile (biofilm)
* Bactéries
-  *Gram positif*
-  staph aureus/coag négative : cutané, cathéter, toxico IV
-  strepto : bucco-dentaire, digestif
-  entérocoque = digestif, urinaire
-  HACCEK = bucco-dentaire
[Bacille gram neg croissance lente + physio = Haemophilus,
Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium hominis, capnocytophaga,
Kingella kingae]
-  candida = cathéter, toxico
*  Diagnostic
critère de duke
pour hémoculture : 2 positive à germe typique ou >2 à germe atypique
négative dans 5-10% E

File move: Diarrhées.org → diarrhees.org
BF:BFD[4.3988] → [4.6455:6493]
BF:BF[4.6493] → [6.391446:391446]
[4.188]
[6.391446]

Replacement in notes/diarrhees.org at line 1 [6.391446]

B:BD[6.391446] → [6.391447:391493]

#bacterio #viro ### Clostridium difficile

[6.391446]

[6.391493]

:PROPERTIES:
:ID:       d19455f2-4d40-4d55-a5a5-e6143a37d0ed
:END:
#+title: Diarrhées
#+filetags: bacterio viro
* Bactéries
** Clostridium difficile

Deletion in notes/diarrhees.org at line 13 [6.391446]
B:BD[6.391636] → [6.391636:391681]
```
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: préanaytique
:END:
```
Deletion in notes/diarrhees.org at line 14 [6.391446]
B:BD[6.391718] → [6.391718:391719]
Deletion in notes/diarrhees.org at line 15 [6.391446]
B:BD[6.391745] → [6.391745:391798]
```
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: pathologies-associée
:END:
```
Deletion in notes/diarrhees.org at line 20 [6.391446]
B:BD[6.392023] → [6.392023:392024]
Deletion in notes/diarrhees.org at line 21 [6.391446]
B:BD[6.392049] → [6.392049:392101]
```
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: facteur-de-virulence
:END:
```

Replacement in notes/diarrhees.org at line 24 [6.391446]

B:BD[6.392162] → [6.392162:392289]

:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-12
:END:
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène
- ou colite pseudo-membraneuse

[6.392162]

[6.392289]

- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène ou colite pseudo-membraneuse

Insertion in notes/diarrhees.org at line 28 [6.391446]

[6.392372]

- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN => souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou immunoenzymatique (spécifique)
  => *(GDH + ou PCR+) et toxine immuno + = diag*

Deletion in notes/diarrhees.org at line 32 [6.391446]

B:BD[6.392373] → [6.392373:392631]

- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN
  => souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou
  immunoenzymatique (spécifique)
  => (GDH + ou PCR+) et toxine immuno + = diag

Deletion in notes/diarrhees.org at line 33 [6.391446]
B:BD[6.392651] → [6.392651:392698]
```
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: post-analytique
:END:
```

Replacement in notes/diarrhees.org at line 37 [6.391446]

B:BD[6.392754] → [6.392754:392888]

:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-7
:END:
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction
  hydroélectrique

[6.392754]

[6.392888]

- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction hydroélectrique

Replacement in notes/diarrhees.org at line 41 [6.391446]
B:BD[6.393071] → [6.393071:393121]
```
*** Virale
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: virale
:END:
```
[6.393071]
[6.393121]
```
* Virale
```

Replacement in notes/diarrhees.org at line 45 [6.391446]

B:BD[6.393198] → [6.393198:393363]

:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: rotavirus-1
:END:
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche
  également adulte (ID, voyageur, contact enfant)

[6.393198]

[6.393363]

- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche également adulte (ID, voyageur, contact enfant)

Replacement in notes/diarrhees.org at line 53 [6.391446]

B:BD[6.393471] → [6.393471:393548]

- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5
  ans

[6.393471]

[6.393548]

- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5 ans

Replacement in notes/diarrhees.org at line 55 [6.391446]

B:BD[6.393560] → [6.393560:393641]

  - début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2
    jours)

[6.393560]

[6.393641]

  - début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2 jours)

Replacement in notes/diarrhees.org at line 58 [6.391446]

B:BD[6.393723] → [6.393723:394018]

- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2
  j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour
  conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après
  symptômes

[6.393723]

[6.394018]

- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2 j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après symptômes

Deletion in notes/diarrhees.org at line 64 [6.391446]
B:BD[6.394061] → [6.394061:394100]
```
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: autre-1
:END:
```

Replacement in notes/biochimie.org at line 6 [12.1130]

B:BD[5.1602] → [5.1602:1652]

B:BD[5.1652] → [13.595:645]

[[id:5e5778f1-dfd3-4268-8ddd-05d16957a6c5][ALAT]]
[[id:864caae0-07ca-457b-9b67-09a3fed1fdb3][ASAT]]

[5.1602]

[13.645]

[[id:90cbcd7e-9606-47b8-ad0b-2c4d38996b1b][Transaminase (ASAT, ALAT)]]

Notes maladies infectieuses

Dependencies

In channels

Change contents

Replacement in projects.org at line 171 [3.179]

File deletion: alat.org, ALAT.org, ALAT.org

File move: asat.org → transaminases_asat_alat.org

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 2 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 4 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 6 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 8 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 15 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 19 [5.1657]

Deletion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 23 [5.1657]

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 25 [5.1657]

Replacement in notes/transaminases_asat_alat.org at line 32 [5.1657]

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 41 [5.1657]

Insertion in notes/transaminases_asat_alat.org at line 52 [5.1657]

File addition: mycoplasmes.org (----------)

File deletion: Mycoplasmes.org, Mycoplasmes.org

File deletion: Endocardite_infectieuse.org, Endocardite_infectieuse.org, Endocardite infectieuse.org

File deletion: IST.org, IST.org

Replacement in notes/maladies_infectieuses.org at line 16 [10.2783]

Insertion in notes/infections_sexuellement_transmissibles.org at line 9 [10.3789]

File addition: endocardite_infectieuse.org (----------)

File move: Diarrhées.org → diarrhees.org

Replacement in notes/diarrhees.org at line 1 [6.391446]

Deletion in notes/diarrhees.org at line 13 [6.391446]

Deletion in notes/diarrhees.org at line 14 [6.391446]

Deletion in notes/diarrhees.org at line 15 [6.391446]

Deletion in notes/diarrhees.org at line 20 [6.391446]

Deletion in notes/diarrhees.org at line 21 [6.391446]