* <2023-05-30 Tue> Workout
** RTO
- 30
15
15
** L-sit
- 3x2
** Muscle-up
- 2+1+1+1 3 neg
- 2+1+1 4neg
- 2+1+1 4neg
** Extension:
-  3x22
** FL tucked row :
- 3+2
- 3+2
- 3+2
** Pistols :
- 3x4
** Planche tucked push-up:
- 5+5
5+5
5+3+2 (contrôle forme)
** Compression:
- 3x10
** Norwegian roll
- 3x4

** TODO XAMscissors.jl

** TODO XAMscissors.jl :xamscissors:

**** TODO Tests unitaires

**** WAIT Tests unitaires

***** TODO NA12878: 1 gène sur chromosome 22

***** DONE NA12878: 1 gène sur chromosome 22
CLOSED: [2023-05-30 Tue 23:55]

SCHEDULED: <2023-05-11 Thu>

SCHEDULED: <2023-07-30 Sun>

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:END:
#+title: Infections urinaires
#+filetags: personal medecine
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
* Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
* Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte

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#+filetags: microbio

#+filetags: personal medecine

** TODO Infection urinaire
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
*** Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
**** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
**** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte

- [[./20230531000449-infections_urinaires.html][Infections urinaires]]
- [[./20230531000409-gastro_enterites.html][Gastro-entérites]]