:PROPERTIES:
:ID:       46dca88b-671f-4f23-a340-5dc564a48659
:END:
#+title: Antibiotiques
#+filetags: personal medecine microbio
* Antibiotiques
** Généralités
- Actifs sur les bactéries en phase de multiplications
- Cibles
  - inhibition synthèse de la paroi bactérienne = \beta-lactamine, glycopeptides, fosfomycine
  - synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
  - synthène ARN : rifampicine
  - synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
Donc :
- \beta-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont une membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie \beta-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque : destruction de la paroi par les \beta-lactamine pour que l'aminoside accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides, fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les bactéries "intracellulaires " (Chlamydia, Coxiella burnetti, Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella )
** Interprétation
Entérobactéries
- pénicillinase acquise :
  - bas niveau = résistant Amoxicilline (pénicilline A) + Ticarcilline (carboxypénicilline), diminue pipéracilline
  - haut niveau = résistant Pipéracilline (uréidopénicilline), diminue pipéracilline+tazobactam
  - résistant aux inhibiteurs (TRI): résistant amox, ticar, pip, tazo + amoxicilline-Acide clavulanique et tircaline-acide clavulanique
- céphalosporinase plasmidique (acquise)
  - résistant amox, amox-acide clavulanique, C1G [céfalotine (CF)], C3G [céfixime (CFM), céfoxatime (CTX), ceftazidime (CAZ)]
  - dimine aztréonam (ATM) [C3G], ticar, pipe, tazo
  - sensibile C4G (céfépime = FEP), carbapénème (imipénème = IMP)
- BLSE
** Aminosides
Action = bactéridice, concentration dépendantes. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
** Sulfamide
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient bactéricide
Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d'acide folique
** Fluoroquinolone
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -> large et homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble nerveur, inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
  - quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes chez l'adulte
  - 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
  - 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus mous
    Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli, Klebsiella)

:PROPERTIES:
:ID:       00e9454a-9a71-4fbd-bfde-0fdf323bce15
:END:
#+title: Maladies infectieuses
#+filetags: personal medecine microbio
* Maladies infectieuses
** TODO Infection urinaire
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
*** Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
**** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
**** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte

:PROPERTIES:
:ID:       a8ad4c3b-9f08-4878-8d9d-febddae20069
:END:
#+title: Culture
#+filetags: personal medecine bacterio
** Culture
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en anaérobie) -> prélèvement profonds, IO
- Chromogène urinaire = non sélectif
  - rose = activité \beta-galactosidase
  - bleue = activité \beta-glucotosidase
  - violet = les 2
  - brun = tryptophane désaminase
*** Autres
- Chocolat enrichi :bactéries exigeants (prélèvmente profond)
- HAE2 :inhibie bactéries gram + -> Haemophilus spp
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine, Triméthoprime)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose ->
  - jaunes = BGN fermentant lactose
  - bleu = BGN ne fermentant pas le lactose
- Cétrimide (ammoniuum)) -> P. aeruginosa (production pycyanine)
- BCSA : inhibe gram+ ->_Burkholderia
- Chappman : NaCL, mannital
  - jaune = fermente mannitol -> S. aureus
- CAP = inhibie Gram - () -> streptocoque+++, listeria, corynebcaterie, uropathogène émergents
- Granada (MTX) : inhibe Gram - -> S. agalactiae
- BCYE : Legionnella)
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas
  - rouge en haut = pas de fermentation de lactose. Sinon jaune
  - rouge en bas = pas de fermentation du glucose. Sinon jaune
    Exemple:
    - Shigella = lactose-, glucose+
    - Pseudomonas aeruginosa = lactose-, glucose - (tout rouge)
    - Salmonella = tout noir (production H2S)
    - E.coli = tout jaune (lactose+, glucose+)
*** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
  - centre noir = formation de H2S ->_Salmonelle
  - vert/bleu = pas de fermetation -> Salmonelle/Shigelle
  - jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shiguelle : inhibiteur gram+, _lactose_
  - centre noir = H2S -> Salmonelle
  - jaune = pas de fermentation -> Salmonelle/Shigelle
  - rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont Pseudomonas aeruginosa)
  - rouge = fermente mannitol -> Yersinia

:PROPERTIES:
:ID:       c6e06bd3-6ecb-4c03-a2eb-05f4c8c77ce0
:END:
#+title: Norovirus
#+filetags: personal medecine viro
* Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures, projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
* Épidémiologie
- Souvent sous forme d'épidéime.
- Surtout en hiver
- Cause la pluséfréquente de gastro-entérite aigüe à tout âge  (90% des GEA virales aux Étati-Unis)
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
- Le virus le plus fréquemmentd responsable de TIAC (eau souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
  Attention: persistance excrétion virale semaine après la guérison
* Physiopathologie
Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire -> malabsorption transitoire (altération système enzymatique des entérocyte)
- nivation épithélium par lymphocytes T CD8+
* Clinique
- Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement déshydratation)
- Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que rotavirus)
- Incubation 4-77heures
- Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
- Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
- Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé (perte de poids, déshydrataition...)
* Diagnostic
- test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
- standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
* Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du voyage, hôpital = iidem
- Pas de vaccin

:PROPERTIES:
:ID:       9160ba80-117b-4434-acc9-13676a534da0
:END:
#+title: Bactéries
#+filetags: personal medecine
* Bactéries
** Staphylocoques
*** Résistances
- > 90% résistance aux pénicillines
- S. aureus : 15-20% résistance méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK)  : modification de la cible surtout (modification/mutation ribosoe)
  - résistant érythromycine : 30% SAMS, 90% SAMR, 65% coagulase négative
- aminoside : inactivation enzymatique = 5% SAMS mais 80-90% SARM
- glycopeptide : résistant = exceptionnel, intermediate = 3-6% (mécanisme complexe)
*** Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non sporulé
**** Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
- *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* :
  - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique dermonécrotique
  - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T)
  - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
  - entérotoxines thermostables -> TIAC
**** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
**** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
**** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à coagulase négative)
**** Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l’hôpital
- β-lactamines :
  - phénotype sauvage sensible
  - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g): résistance pénicilline G, V, A -> ajout d’inhibiteur de β-lactamase
  - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les β-lactamines. Souvent multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
    -> vancomycine en 1ere intention
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
*** Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre de masse/biochimiue
- Sensbilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
** Proteus mirabilis
** TODO Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++
Opportuniste :
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
*** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier les 2
*** Résistance
Faible perméabilité membranaire : résistance naturelle pénicillines, C1G et C2G +/- certaines C3G
+ Catalase positif - lactose négatif
** Streptocoques
*** Classification
- α-hémolytique : hémolyse partielle
  - viridans
  - Pneumocoque: résistance par chimérisme PLP (acquis)
- β-hémolyse : hémolyse totale
  - Groupe A = S. pyogenes surtout. Cause d’angine++. *Pas de résistance aux β-lactamine*
  - Groupe B = S. agalactiae
   Infection materno-foetale ++ (note: l’antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais seulement pour les infections avant 7 jours)
  - Groupe autres: D->H, K-T(Lancefield)
- Non groupable
*** Résistances
- β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité diminuée)
*** Streptococcocus pyogenes
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée, accouchement.
**** Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l’invasion tissulaire)
- exotexonie :  activation et prolifération d’une sous population lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
- Streptolysine = hémolyse β-complète
- toine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
**** Habitat
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin...
Pyogène = responsiable d’infections suppurées
**** Clinique
- non invasive = angine érythémateuse/érythémato-pultacée, otite moyenne aigüe de l’enfant, scalratine, infection cutanée
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc toxique streptococcique
- complications post-streptococciques  (rare) = immunologique :
  - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
**** Diagnostic
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance potochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -
**** Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d’efflux, modiifcation cible ARN23S
*** Pneumocoque
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
**** Habitat
Voie respratoire supérieure
Transmission goutelette, interhumaine
**** Pathogénicité
- adhérence cellules épithéliase rhinopharunx
- facteurs de virulence non caplusaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
**** Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d’ulitiser les inhibiteurs de betalactamase)
- sensbilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
**** Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe, bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d’un foyer pulmonaire
** Entérobactéries
*** Résistances et groupe
Groupe selon la résistance *naturelle* β-lactamine
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella, Shigella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella, Citrobacer koseri
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella, Providencia, Citrobacter freundii
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
*** Escherichia coli
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
- Groupe 1 : céphalosporinase chromosomique de très bas niveau. Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à spectre étundes, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
*** Entérocoques
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
**** Habitat
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène possible.
**** Facteurs de virulence
- Pas d’exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -> adhère à l’endocarde et l’urothelium -> endocardite et infections urinaire
**** Résistance
- Nombreux antibio ...
- Naturelle : C3G
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique sur > 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine, glycopepited, lipopetide) = synergie
Attention: en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
**** Clinique
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
**** Résistances
- résistance naturelle céphalosporine
- E. faecalis : pas résistance pénicilline A (contrairement à E. faecium)
- E. faecium :
  - multiréristance en émergence
  - > 80% faecium résistance pénicillines A
** Neisseria meningitidis
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
  - 2 pics : nourisson < 1 an (système immunitaire immature), ado/jeune adulte (socialisation)
  - ceinture de la ménigitde (Afrique sahel + subusaharanienne)
*** Habitat
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par goutelettes
Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) -> seulement souches
** Listeria monocytègene
*** Résistance
- résistance naturelle céphalosporine, clindamycine, fosfomycine

:PROPERTIES:
:ID:       6b2bf94d-9539-4a64-b15b-9511aa90772c
:END:
#+title: Classification bactéries
#+filetags: personal bacterio medecine
* Classification
** Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l'éthanol de laver la coloration
  Aérobies
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/aerobies.png :exports none
graph {
splines=false;
node [shape=box]
cocciPlus [label="Cocci"]
cocciMoins [label="Cocci"]
bacciPlus [label="Bacilles"]
bacciMoins [label="Bacilles"]
"Aérobies" -- {"Gram +" "Gram -"}
"Gram +" -- {cocciPlus bacciPlus}
cocciPlus   -- {"Amas" "Chaînettes" "Entérocoques"}
bacciPlus -- {"Listeria\nCorynebacterium\nBacillus\nErysipelothrix\nNocardia"}
"Amas" -- "Staph. aureus\nStaph coagulase négative"
"Chaînettes" -- {
                "Strepto hémolytiques"
                "Strepto pneumonia"
                "Autres strepto"
                         }
"Strepto hémolytiques" -- {"Strepto. pyogenes (groupe A)\nStrep. agalactiae (B)\nStrepto dysgalactiae"}
"Gram -" -- {cocciMoins bacciMoins}
cocciMoins -- "Neisseria\nmenigitidis/\ngonorrhoeae"
bacciMoins -- {
              "Entérobactéries\nE. coli, Klebsiella\nEnterobacter\nSerratia\nPretous\nSalmonella\nShigella\nYersinia\nCitrobacter"
              "Autres:\nPseudomonas\nStenotrophomonoas\nAcinetobacter\nCampolybacter\nVibrio\nBordetella\Haemophilius"
              }
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/aerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/anaerobies.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Anaérobies" -- {"Gram+" "Gram-"}
"Gram+" -- "Clostridium tetani, botulinum, perfringens, difficile\nPeptococcus\nPropionibacterium\nActinomyces"
"Gram-" -- "Bacteroides\nFusobacterium\nPrevotella\nPorphyromonas"
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/anaerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/autres.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Autres bactéries" -- {"Atypiques" "Spirochètes" "Mycobactéries" "Autres"}
"Atypiques" -- {"Intracellulaire\nChlamydia\nRickettsiales\nBartonella\nCoxiella" "Sans paroi\nMycoplasma\nUreaplasma"}
"Spirochètes" -- "Treponema\nBorrelia\nLeptospira"
"Mycobactéries" -- "M. tuberculosis\nleprae\atypiques"
"Autres" -- "Tropheryma whipplei"
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/autres.png]]
** Catalase
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par le peroxyde d’oxygène
|                | Catalase +        | Catalase -    |
|----------------+-------------------+---------------|
|                | aérobies strictes |               |
| Cocci gram+    | staph             | strepto       |
| Bacille Gram + | Listeria          | Lactobacillus |
|                | Corynebacterium   |               |
|                | Propionobacterium |               |
** Oxydase
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la plupart des cellules vivante)
| Oxydase +      | Oxydase - |
|----------------+-----------|
| Aeromonas      |           |
| Bordetella     |           |
| Branhamella    |           |
| Brucella       |           |
| Burkholderia   |           |
| Campylobacter  |           |
| Flavobacterium |           |
| Moraxella      |           |
| Neisseria      | staph     |
| Pasteurella    |           |
| Plesiomonas    |           |
| Pseudomonas    |           |
| Vibrio         |           |
** Mobile :
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum; Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
  - Vibior, Aeromonas
  - Legionella
  - Entérobactéries : sauf Shigella, Klebsiella

#+title: Bactériologie

#+title: Microbiologie

* Classification
:PROPERTIES:
:ID:       73fe5cc4-08a6-402a-8237-156e21ef7bc3
:END:
** Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l'éthanol de laver la coloration
  Aérobies
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/aerobies.png :exports none
graph {
splines=false;
node [shape=box]
cocciPlus [label="Cocci"]
cocciMoins [label="Cocci"]
bacciPlus [label="Bacilles"]
bacciMoins [label="Bacilles"]
"Aérobies" -- {"Gram +" "Gram -"}
"Gram +" -- {cocciPlus bacciPlus}
cocciPlus   -- {"Amas" "Chaînettes" "Entérocoques"}
bacciPlus -- {"Listeria\nCorynebacterium\nBacillus\nErysipelothrix\nNocardia"}
"Amas" -- "Staph. aureus\nStaph coagulase négative"
"Chaînettes" -- {
                "Strepto hémolytiques"
                "Strepto pneumonia"
                "Autres strepto"
                         }
"Strepto hémolytiques" -- {"Strepto. pyogenes (groupe A)\nStrep. agalactiae (B)\nStrepto dysgalactiae"}
"Gram -" -- {cocciMoins bacciMoins}
cocciMoins -- "Neisseria\nmenigitidis/\ngonorrhoeae"
bacciMoins -- {
              "Entérobactéries\nE. coli, Klebsiella\nEnterobacter\nSerratia\nPretous\nSalmonella\nShigella\nYersinia\nCitrobacter"
              "Autres:\nPseudomonas\nStenotrophomonoas\nAcinetobacter\nCampolybacter\nVibrio\nBordetella\Haemophilius"
              }
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/aerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/anaerobies.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Anaérobies" -- {"Gram+" "Gram-"}
"Gram+" -- "Clostridium tetani, botulinum, perfringens, difficile\nPeptococcus\nPropionibacterium\nActinomyces"
"Gram-" -- "Bacteroides\nFusobacterium\nPrevotella\nPorphyromonas"
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/anaerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../images/microbiologie/autres.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Autres bactéries" -- {"Atypiques" "Spirochètes" "Mycobactéries" "Autres"}
"Atypiques" -- {"Intracellulaire\nChlamydia\nRickettsiales\nBartonella\nCoxiella" "Sans paroi\nMycoplasma\nUreaplasma"}
"Spirochètes" -- "Treponema\nBorrelia\nLeptospira"
"Mycobactéries" -- "M. tuberculosis\nleprae\atypiques"
"Autres" -- "Tropheryma whipplei"
}
#+END_SRC
[[../images/microbiologie/autres.png]]
** Catalase
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par le peroxyde d’oxygène
|                | Catalase +        | Catalase -    |
|----------------+-------------------+---------------|
|                | aérobies strictes |               |
| Cocci gram+    | staph             | strepto       |
| Bacille Gram + | Listeria          | Lactobacillus |
|                | Corynebacterium   |               |
|                | Propionobacterium |               |
** Oxydase
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la plupart des cellules vivante)
| Oxydase +      | Oxydase - |
|----------------+-----------|
| Aeromonas      |           |
| Bordetella     |           |
| Branhamella    |           |
| Brucella       |           |
| Burkholderia   |           |
| Campylobacter  |           |
| Flavobacterium |           |
| Moraxella      |           |
| Neisseria      | staph     |
| Pasteurella    |           |
| Plesiomonas    |           |
| Pseudomonas    |           |
| Vibrio         |           |
** Mobile :
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum; Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
  - Vibior, Aeromonas
  - Legionella
  - Entérobactéries : sauf Shigella, Klebsiella
* Bactéries
:PROPERTIES:
:ID:       4d393ab4-61bd-48ab-b095-03c6bc16b939
:END:
** Staphylocoques
*** Résistances
- > 90% résistance aux pénicillines
- S. aureus : 15-20% résistance méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK)  : modification de la cible surtout (modification/mutation ribosoe)
  - résistant érythromycine : 30% SAMS, 90% SAMR, 65% coagulase négative
- aminoside : inactivation enzymatique = 5% SAMS mais 80-90% SARM
- glycopeptide : résistant = exceptionnel, intermediate = 3-6% (mécanisme complexe)
*** Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non sporulé
**** Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
- *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* :
  - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique dermonécrotique
  - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T)
  - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
  - entérotoxines thermostables -> TIAC
**** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
**** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
**** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à coagulase négative)
**** Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l’hôpital
- β-lactamines :
  - phénotype sauvage sensible
  - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g): résistance pénicilline G, V, A -> ajout d’inhibiteur de β-lactamase
  - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les β-lactamines. Souvent multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
    -> vancomycine en 1ere intention
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
*** Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre de masse/biochimiue
- Sensbilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
** Proteus mirabilis
** TODO Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++
Opportuniste :
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
*** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier les 2
*** Résistance
Faible perméabilité membranaire : résistance naturelle pénicillines, C1G et C2G +/- certaines C3G
+ Catalase positif - lactose négatif
** Streptocoques
*** Classification
- α-hémolytique : hémolyse partielle
  - viridans
  - Pneumocoque: résistance par chimérisme PLP (acquis)
- β-hémolyse : hémolyse totale
  - Groupe A = S. pyogenes surtout. Cause d’angine++. *Pas de résistance aux β-lactamine*
  - Groupe B = S. agalactiae
   Infection materno-foetale ++ (note: l’antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais seulement pour les infections avant 7 jours)
  - Groupe autres: D->H, K-T(Lancefield)
- Non groupable
*** Résistances
- β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité diminuée)
*** Streptococcocus pyogenes
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée, accouchement.
**** Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l’invasion tissulaire)
- exotexonie :  activation et prolifération d’une sous population lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
- Streptolysine = hémolyse β-complète
- toine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
**** Habitat
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin...
Pyogène = responsiable d’infections suppurées
**** Clinique
- non invasive = angine érythémateuse/érythémato-pultacée, otite moyenne aigüe de l’enfant, scalratine, infection cutanée
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc toxique streptococcique
- complications post-streptococciques  (rare) = immunologique :
  - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
**** Diagnostic
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance potochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -
**** Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d’efflux, modiifcation cible ARN23S
*** Pneumocoque
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
**** Habitat
Voie respratoire supérieure
Transmission goutelette, interhumaine
**** Pathogénicité
- adhérence cellules épithéliase rhinopharunx
- facteurs de virulence non caplusaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
**** Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d’ulitiser les inhibiteurs de betalactamase)
- sensbilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
**** Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe, bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d’un foyer pulmonaire
** Entérobactéries
*** Résistances et groupe
Groupe selon la résistance *naturelle* β-lactamine
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella, Shigella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella, Citrobacer koseri
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella, Providencia, Citrobacter freundii
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
*** Escherichia coli
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
- Groupe 1 : céphalosporinase chromosomique de très bas niveau. Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à spectre étundes, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
*** Entérocoques
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
**** Habitat
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène possible.
**** Facteurs de virulence
- Pas d’exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -> adhère à l’endocarde et l’urothelium -> endocardite et infections urinaire
**** Résistance
- Nombreux antibio ...
- Naturelle : C3G
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique sur > 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine, glycopepited, lipopetide) = synergie
Attention: en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
**** Clinique
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
**** Résistances
- résistance naturelle céphalosporine
- E. faecalis : pas résistance pénicilline A (contrairement à E. faecium)
- E. faecium :
  - multiréristance en émergence
  - > 80% faecium résistance pénicillines A
** Neisseria meningitidis
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
  - 2 pics : nourisson < 1 an (système immunitaire immature), ado/jeune adulte (socialisation)
  - ceinture de la ménigitde (Afrique sahel + subusaharanienne)
*** Habitat
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par goutelettes
Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) -> seulement souches
** Listeria monocytègene
*** Résistance
- résistance naturelle céphalosporine, clindamycine, fosfomycine
* Culture
:PROPERTIES:
:ID:       c191b424-bbcd-4ead-a5ef-2057bd766b60
:END:
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en anaérobie) -> prélèvement profonds, IO
- Chromogène urinaire = non sélectif
  - rose = activité \beta-galactosidase
  - bleue = activité \beta-glucotosidase
  - violet = les 2
  - brun = tryptophane désaminase
** Autres
- Chocolat enrichi :bactéries exigeants (prélèvmente profond)
- HAE2 :inhibie bactéries gram + -> Haemophilus spp
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine, Triméthoprime)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose ->
  - jaunes = BGN fermentant lactose
  - bleu = BGN ne fermentant pas le lactose
- Cétrimide (ammoniuum)) -> P. aeruginosa (production pycyanine)
- BCSA : inhibe gram+ ->_Burkholderia
- Chappman : NaCL, mannital
  - jaune = fermente mannitol -> S. aureus
- CAP = inhibie Gram - () -> streptocoque+++, listeria, corynebcaterie, uropathogène émergents
- Granada (MTX) : inhibe Gram - -> S. agalactiae
- BCYE : Legionnella)
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas
  - rouge en haut = pas de fermentation de lactose. Sinon jaune
  - rouge en bas = pas de fermentation du glucose. Sinon jaune
    Exemple:
    - Shigella = lactose-, glucose+
    - Pseudomonas aeruginosa = lactose-, glucose - (tout rouge)
    - Salmonella = tout noir (production H2S)
    - E.coli = tout jaune (lactose+, glucose+)
** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
  - centre noir = formation de H2S ->_Salmonelle
  - vert/bleu = pas de fermetation -> Salmonelle/Shigelle
  - jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shiguelle : inhibiteur gram+, _lactose_
  - centre noir = H2S -> Salmonelle
  - jaune = pas de fermentation -> Salmonelle/Shigelle
  - rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont Pseudomonas aeruginosa)
  - rouge = fermente mannitol -> Yersinia
* Maladies infectieuses
:PROPERTIES:
:ID:       d8f64639-c70a-419c-8219-4418508a76db
:END:
** TODO Infection urinaire
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
*** Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
**** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
**** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Actinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
Uropathogènes exigeants : Aerococcus, A. shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
/ chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte
* Antibiotiques
:PROPERTIES:
:ID:       2fe3ff58-a4ef-41f0-9d77-b8e895d5474d
:END:
** Généralités
- Actifs sur les bactéries en phase de multiplications
- Cibles
  - inhibition synthèse de la paroi bactérienne = \beta-lactamine, glycopeptides, fosfomycine
  - synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
  - synthène ARN : rifampicine
  - synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
Donc :
- \beta-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont une membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie \beta-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque : destruction de la paroi par les \beta-lactamine pour que l'aminoside accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides, fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les bactéries "intracellulaires " (Chlamydia, Coxiella burnetti, Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella )
** Interprétation
Entérobactéries
- pénicillinase acquise :
  - bas niveau = résistant Amoxicilline (pénicilline A) + Ticarcilline (carboxypénicilline), diminue pipéracilline
  - haut niveau = résistant Pipéracilline (uréidopénicilline), diminue pipéracilline+tazobactam
  - résistant aux inhibiteurs (TRI): résistant amox, ticar, pip, tazo + amoxicilline-Acide clavulanique et tircaline-acide clavulanique
- céphalosporinase plasmidique (acquise)
  - résistant amox, amox-acide clavulanique, C1G [céfalotine (CF)], C3G [céfixime (CFM), céfoxatime (CTX), ceftazidime (CAZ)]
  - dimine aztréonam (ATM) [C3G], ticar, pipe, tazo
  - sensibile C4G (céfépime = FEP), carbapénème (imipénème = IMP)
- BLSE
** Aminosides
Action = bactéridice, concentration dépendantes. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
** Sulfamide
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient bactéricide
Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d'acide folique
** Fluoroquinolone
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -> large et homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble nerveur, inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
  - quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes chez l'adulte
  - 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
  - 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus mous

    Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli, Klebsiella)
* Divers
** Technique
*** PCR 16s

* Bactériologie
[[file:medecine/20230528225221-classification_bacteries.org]]
[[file:medecine/20230528225531-bacteries.org]]
[[file:medecine/20230528235124-culture.org]]
[[file:medecine/20230528235213-maladies_infectieuses.org]]
[[file:medecine/20230528235406-antibiotiques.org]]
** Divers
*** Technique
**** PCR 16s
* Virologie
#+INCLUDE: ./medecine/20230528233600-norovirus.org

* Useful shortcuts:

* Useful shortcuts (doom emacs)

  :ID:       57421762-b8ef-46dd-9145-5152551b81c3

- SPC c d jump to definition
- C-o to go back after jumping

* Useful shortcut (vanilla emacs )