apraga/org - Change UKSZDP2IYDPAH3JESIVXTHXUJRDIJWB3HOTIFEHUJAM7KFEY2VOQC

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Created by Alexis Praga on June 14, 2024

UKSZDP2IYDPAH3JESIVXTHXUJRDIJWB3HOTIFEHUJAM7KFEY2VOQC

Dependencies

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Change contents

Replacement in projects.org at line 79 [4.179]
B:BD[3.318] → [2.309:342]
```
SCHEDULED: <2024-06-12 Wed .+1d>
```
[3.318]
[4.572]
```
SCHEDULED: [2024-06-14 Fri .+1d]
```

Insertion in projects.org at line 84 [4.179]

[4.645]

[2.343]

- State "DONE"       from "TODO"           [2024-06-13 Thu 10:01]
- State "DONE"       from "TODO"           [2024-06-12 Wed 10:01]

Replacement in projects.org at line 127 [4.179]

B:BD[5.1246] → [2.542:623]

** TODO Envoyer dossier expert (remboursement Mazda)
SCHEDULED: <2024-06-11 Tue>

[5.1246]

[2.623]

** DONE Envoyer dossier expert (remboursement Mazda)
CLOSED: [2024-06-14 Fri 22:53] SCHEDULED: <2024-06-11 Tue>

Insertion in projects.org at line 199 [4.179]

[3.2264]

[6.524]

** TODO PR doc nushell query
SCHEDULED: <2024-06-14 Fri>
/Entered on/ [2024-06-14 Fri 22:54]

File deletion: article_joss_bisonex.org

BF:BFD[7.188] → [8.1963:2011]

BF:BFD[8.2011] → [8.689:689]

B:BD[8.689] → [8.690:1378]

∅:D[9.2382] → [8.1391:1962]

B:BD[8.1391] → [8.1391:1962]

B:BD[8.1962] → [9.2383:2671]

B:BD[8.1378] → [9.2358:2382]

:PROPERTIES:
:ID:       e2286a36-c6dd-45ae-b887-7feec35aa929
:END:
#+title: Article JOSS bisonex
#+filetags: bisonex recherche article
Avantages:
- Publication "facile" dans JOSS : 1h max pour écrire les contributions d'après le journal.
- critère : >= 3 mois de travail.
- Contributions dans un project acceptés
- Continuation logique de la thèse
Objectifs :
- dépendences de sarek
- fournir les basse de données avec scidataflow (CLI en rust)
Quantité de travail :
- quelques logiciels restants à packager (deepvariant = difficile par contre)
- créer un répo pour les /assets/ et mettre en issue
Stratégie
1. packages nix vu le délai d'acceptation...
2. repo /assets/
- [-] Aligneur
  - [X] (BWA-mem/mem2 : déjà disponibles)
  - [X] (Sentieon : payant)
  - [ ] Dragmap
- [X] mosdepth
- [-] Appel de variants (constit !)
  - [X] (CNVkit : déjà disponible)
  - [ ] Deepvariant
  - [X] (freebayes : déjà disponible)
  - [X] GATK HaplotypeCaller: fait
  - [X] (Manta : déjà disponible)
  - [X] (mpileup : déjà disponible dans samtools
  - [X] (Sentieon Haplotyper : payant)
  - [X] (Strelka2 : déjà disponible)
  - [ ] Tiddit
- [-] Annotation
  - [X] (snpeff : déjà disponible)
  - [ ] vep : PR soumiss
- [ ] multiqc : PR soumis
* Assets avec scidataflow
Problèmes :
- pull sur seulement un sous-dossier (à implémenter)
- préparer les données : script bash ?
  - extraire fna.gz -> fna
   #+begin_src sh
find . -name *.fna.gz -exec gunzip {} \;
find . -name *.bwa_index.tar.gz -exec tar xvzf {} \;
   #+end_src
* Dépendences avec Nix

Replacement in notes/base_de_donnees_pour_pipeline_constit.org at line 8 [5.11222]

B:BD[5.11389] → [5.11389:11553]

Galaxy = juste un wrapper autour de SRA https://usegalaxy.org/?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu%2Frepos%2Fiuc%2Fsra_tools%2Fsam_dump%2F3.1.1%2Bgalaxy0&version=latest

[5.11389]

[5.11553]

* Base de tests (intéressant)
** Google brain sur AWS
Une copie des données de Baid2020
https://genomics-benchmark-datasets.s3.amazonaws.com/README.txt
#+begin_src
aws s3 ls s3://genomics-benchmark-datasets/google-brain/fastq/hiseq4000/ --no-sign-request
                           PRE wes_agilent/
                           PRE wes_idt/
                           PRE wes_truseq/
#+end_src
** GATK test data sur AWS: non
https://s3.amazonaws.com/gatk-test-data/gatk-test-data-readme.html
Quasiment rien en bam
#+begin_src sh
❯ aws s3 ls s3://gatk-test-data/exome_bam/1000G_wex_hg38/ --no-sign-request
2019-03-01 22:33:36    4379640 HG00133.alt_bwamem_GRCh38DH.20150826.GBR.exome.bai
2019-03-01 22:33:38 13105459770 HG00133.alt_bwamem_GRCh38DH.20150826.GBR.exome.bam
#+end_src
IL y a NA12878 BAM
* Galaxy: non
Juste un wrapper autour de SRA https://usegalaxy.org/?tool_id=toolshed.g2.bx.psu.edu%2Frepos%2Fiuc%2Fsra_tools%2Fsam_dump%2F3.1.1%2Bgalaxy0&version=latest

Replacement in notes/base_de_donnees_pour_pipeline_constit.org at line 33 [5.11222]

B:BD[5.11636] → [5.11636:12023]

# Données
SRA = dispon sur AWS également https://registry.opendata.aws/ncbi-sra/
1000 génomes sur AWS https://registry.opendata.aws/1000-genomes/
broad genomes = (pas les version intermédiaires ?) https://s3.amazonaws.com/broad-references/broad-references-readme.html
GIAB https://registry.opendata.aws/giab/
1000 génomes avec dragen https://registry.opendata.aws/ilmn-dragen-1kgp/

[5.11636]

[5.12023]

* Données
- SRA = dispon sur AWS également https://registry.opendata.aws/ncbi-sra/
- 1000 génomes sur AWS https://registry.opendata.aws/1000-genomes/
- broad genomes = (pas les version intermédiaires ?) https://s3.amazonaws.com/broad-references/broad-references-readme.html
- GIAB https://registry.opendata.aws/giab/
- 1000 génomes avec dragen https://registry.opendata.aws/ilmn-dragen-1kgp/

Deletion in notes/base_de_donnees_pour_pipeline_constit.org at line 40 [5.11222]

B:BD[5.12024] → [5.12024:12170]

# Base de test
https://genomics-benchmark-datasets.s3.amazonaws.com/README.txt
https://s3.amazonaws.com/gatk-test-data/gatk-test-data-readme.html

Replacement in notes/base_de_donnees_pour_pipeline_constit.org at line 41 [5.11222]
B:BD[5.12171] → [5.12171:12203]
```
# tangente: et Apache parquet ?
```
[5.12171]
[5.12203]
```
* Tangente: et Apache parquet ?
```

Insertion in notes/articles_bisonex.org at line 6 [11.868082]

[10.1205]


[[id:6f89f301-1b55-43cb-b3be-bf954bbc079e][Base de données pour pipeline constit]]

Replacement in notes/articles_bisonex.org at line 9 [11.868082]
B:BD[10.1206] → [10.1206:1213]
```
* JOSS
```
[10.1206]
[5.12695]
```
* Dépendences + donénes (JOSS)
```
Insertion in notes/articles_bisonex.org at line 39 [11.868082]
[5.12923]
```
* Exomevalidator
```