# root = Path("/mnt/c/Users/alexi/Documents/mustard")

def readExome(root):
    e = pd.read_csv(root /
                    "Suivi exomes_2022-02-02_12-34-15.tsv",
                    sep= "\t")
    # Clean up data first
    e = e[['patientID', 'specimenID',
           'presta', 'capture', 'sequencage',
           'date_reception',
           'resultat', 'incidental', 'commentaires', 'runComments']]
    return e
def readDNA(root):
    dna= pd.read_csv(root /
                     "DNAThèque_2022-02-02_11-46-28.tsv",
                     sep="\t")
    dna = dna [['patientID',
                'sampleID',
                'sampleIDdate_de_reception',
                'sampleIDorigine_de_l_echantillon',
                'commentaires']]
    # Clean column name
    dna.columns = dna.columns.str.replace('dataSetsPatients', '')
    return dna
def readPatients(root):
    patients = pd.read_csv(root / "Patients_2022-02-02_11-44-03.tsv",
                           sep = "\t")
    patients = patients[['patientID', 'nom', 'prenom', 'date_de_naissance',
                         'date_de_deces', 'sexe', 'parente', 'statut', 'foetus', 'consanguinite',
                         'clinicien_referent', 'clinicien_referentinstitution', 'pathologie',
                         'gene', 'commentaires']]
    return patients
def cleanExome(d):
    cols = ['nom', 'prenom', 'date_de_naissance',
        'sexe', 'parente', 'statut',
        'clinicien_referent', 'clinicien_referentinstitution', 'pathologie',
        'gene',
        'sampleIDdate_de_reception', 'sampleIDorigine_de_l_echantillon',
        'patientIDexome', 'presta', 'capture', 'sequencage',
        'date_reception', 'resultat', 'incidental', 'commentairesexome',
        'commentaires' ,
        'commentairesdna']
    d = d[cols].rename(columns = {"gene": "gene_responsable"})
    # Remove none
    d['gene_responsable'].replace("None", "", inplace=True)
    return d

dna= pd.read_csv(root /
                      "DNAThèque_2022-02-02_11-46-28.tsv",
                      sep="\t")
e = pd.read_csv(root /
"Suivi exomes_2022-02-02_12-34-15.tsv",
                sep= "\t")

e = readExome(root)
dna = readDNA(root)
p = readPatients(root)

                                  lsuffix="dna", rsuffix="exome")
# Clean column name
d.columns = d.columns.str.replace('dataSetsPatients', '')

                                   how="inner",
                                   lsuffix="dna", rsuffix="exome")
d2 = d.set_index('patientIDdna').join(p.set_index("patientID"),
                                      how="inner")
# Reorder columns
d2 = cleanExome(d2)
d2.to_excel(root / "exome dijons.xlsx")
# panel = pd.read_csv(root / "MiSeq coverage_2022-02-02_12-31-54.tsv",
#                     sep = "\t")
# panel = panel[[]]
# print(panel.columns)
#+end_src
#+RESULTS:
:
#+begin_src python

d2.to_csv(root / "test.tsv", sep="\t")
# p = pd.read_csv(root /
#                 "Patients_2022-02-02_11-44-03.tsv",
#                 sep= "\t")
#+end_src

#+RESULTS:
: Index(['nom', 'prenom', 'date_de_naissance', 'sexe', 'parente', 'statut',
:        'statut', 'provenance', 'Malformation', 'Date prélèvement', 'Biopsie',
:        'gene_individuel', 'panel_de_gene', 'exome', 'capture', 'sequencage',
:        'Date réception', 'resultat', 'incidental', 'commentairesdna',
:        'commentairesexome'],
:       dtype='object')

#+end_src