***** Choix du génome de référence
  - inclusion de zones hypervariables (HMC = histocmopatibility locas), PAR du chrY -> perte de l'aliggenent donc diminution sensibilité
  - contigé non placés et non localisité : permet d'éviter le mauvais alignement de ces régions donc diminue les faux positif
  - reco : référence "primaire" (chr, mitochondriae, contig non placé et non localisé)

#+title: Zverinova2022
* Choix du génome de référence
 inclusion de zones hypervariables (HMC = histocmopatibility locas), PAR du chrY -> perte de l'aliggenent donc diminution sensibilité
 contigé non placés et non localisité : permet d'éviter le mauvais alignement de ces régions donc diminue les faux positif
 reco : référence "primaire" (chr, mitochondriae, contig non placé et non localisé)

  - Exome = la plus populaire et la plus rentable (prix proportionnel aux nombre de variants)
  - Liste appels de variants
***** Alignement
Privilégier sensbilité à la spécificité (ex: GATK)
***** difficulté : duplicats PCR
  = reads du même fragment ADN pendant amplification PCR. Solution : pas d'amplification si suffisament de matériel, utilisation de "barcode" (UMI) si peu de materiel. Sinon on marque les reads qui partagent les même coordonnées comment potentientls doublons (mais risque de trop corriger dans les régions dupliquée) ou manquant les vrais doublons (régions répétée)
***** Algorithms

 Exome = la plus populaire et la plus rentable (prix proportionnel aux nombre de variants)
 Liste appels de variants
* Alignement
vilégier sensbilité à la spécificité (ex: GATK)
* difficulté : duplicats PCR
 reads du même fragment ADN pendant amplification PCR. Solution : pas d'amplification si suffisament de matériel, utilisation de "barcode" (UMI) si peu de materiel. Sinon on marque les reads qui partagent les même coordonnées comment potentientls doublons (mais risque de trop corriger dans les régions dupliquée) ou manquant les vrais doublons (régions répétée)
* Algorithms

#+title: Yen2017

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: AFP
#+filetags: biochimie immuno
Indication:: cancers foie, testicules, digestifs, poumons

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: LH
#+filetags: biochimie immuno
Indication: dysfonction gonade

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: FSH
#+filetags: biochimie immuno
Indication: fertilité

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:END:
#+title: estradiol
#+filetags: biochimie immuno
Indication : Hormone féminine

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: CA 125
#+filetags: biochimie immuno
Indication: cancer overs

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: CA 19-9
#+filetags: biochimie immuno
Indication: cancer digestif

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:END:
#+title: CA 15-3
#+filetags: biochimie immuno
Indication: Cancer sein

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:END:
#+title: β2-microglobuline
#+filetags: biochimie immuno
Indication: lymphopathies

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: Biotine
#+filetags: biochimie
Traitement: déficit grossesses, SEP, maladies métabolique
Interférence dosage immuno (excès/défaut) [si échantillon ajouté avant la formation du complexe avdine-biotine]
Pas sur Abbot mais sur Roche+++
Rnedre interférence

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: Cryoglobuline
#+filetags: biochimie
Ig précipitant à moins de 37°
10 asymptomatiue, sinon clinique vascularite
3 types: I = monoclonae, II = mono et polyclonale, III = polyclonale
I = lymphoproliréfative, II = HCV, III = auto-immun, viral chronique
Seul le type III est transitoire

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: Facteur rhumatoïde
#+filetags: biochimie immuno
Facteur rhumatoïde = auto-anticorps Ig M/G/A

:PROPERTIES:
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:END:
#+title: Immuno-analyse
#+filetags: biochimie
* Anticorps
Structure en Y avec les extrémités des branches = chaînes lourdes, le reste = chaîne légère
| _Classe      | G                 | A                | M              | E              | D             |
|--------------+-------------------+------------------+----------------+----------------+---------------|
| Localisation | Sang              | Sécrétion        | Lymphocytes B  | Basophiles     | Lymphocytes B |
|              |                   | muqueurs         |                | Mastocytes     |               |
|--------------+-------------------+------------------+----------------+----------------+---------------|
| Rôle         | Neutralise        | Agglutination    | Agglu          | Allergie       | Active LB     |
|              | Bactéries , virus | Neutralisation   | Voie classique | Neutralisation |               |
|              | toxine            | Bactiries, virus | complément     | parasite       |               |
IgG= 75% serum, IgA=15%, IgM = 10%
Zone vavariation: Isotopie (domaine constant), allotypie (jonction), idiotopie (domaines variables)
Ag-AC  liason faible. La partie Ag est l'épitope, la partie Ac le paratope
** Ac monoclonaux
Ag humonai dans souris puis prélèvement lymphocytes B activés
Création de cellules hybrides (cellules myélome + lymphocytes) mises en culture
** Type utilisé dans dosage
Ac monoclonale = 3-6mois de synthèse, cher, spécifique, forte affinite, pas de réaction croisée
Ac polyclonale : 1-2mois production, peu spécfiqiue,  affinité variable, réaction croissées
* Méthodes
- Direct = "sandwitch": Ag est "coincé" entre un Ac et un autre Ac avec un marqueur -> le signal est proportionnel
- Indirecte : mélange d'Ag à doser et d'Ag marqués
  - peu d'Ag à doser, les Ag marqués vont se fixer : signal important
  - sinon, ils vont "prendre la place" sur les Ac -> signal faible
 Phases: homogone (liquide) , hétérogène (complexe fixé sur support solide)
 Luminescence >> autre marquage
* Interférence
- Effet crochet: forte quantité d'Ag à doser mais le signal va diminuer (paradoxal !)
- Effet matrice : impact pH, température, concentration Ag ... sur la liason Ag-Ac
  NB: stéroïdes = sensibles !
- Ac hétérophiles: contact fréquent avec animaux, maladies auto-immunes, immunothérapies/scintigarphies
- Auto-Ac : réagissent au lieu de l'anticorps réactionnel
- [[id:38c45f8a-6855-4984-9b84-5e67165d4b5c][Facteur rhumatoïde]]
- [[id:f1bbc829-f5dc-49f8-97b5-0d6ce1d9ef59][Cryoglobuline]]
- réaction croisée avec un autre antigène (ex: cortisone)
- [[id:03d7f0cf-4383-49df-ae84-5526ce8c304a][Biotine]]
- Hétérogénéité moléculaire = mauvaise reconnaissanec Ag- par Ac du fait de la variabilité inter ou intra-individuelles
* Détection interférences
- dilution: effet crochet/matrice
- surchage : autoAC et dosaeg sans étalon
- cryoglobuilne : 7 jours à 4``
* Principe éléctrochimiluminescence
Ag à doser = en sandwitch entre 1 Ac marqué biotine et un détection marqué ruthénium
Ces complexes sont captusé sur des microparticules magnétiques (streptavidine) puis plaquées contre la paroi
Enfin un courant électrique eexcite de ruthénium qui émet des photons proportionnellement quantié Ag à doser
* Exemples
- [[id:b13e043b-bf21-422a-98e7-efb3c5efd5a5][β2-microglobuline]]
- [[id:7bb9024e-649c-4382-abf6-9db0be217d4d][CA 15-3]]
- [[id:d83dec28-0537-46a0-beb0-8f6e09c78f1e][CA 19-9]]
- [[id:d59e007e-2d26-42ef-b349-cade464c37f9][CA 125]]
- [[id:44fc26b7-6245-4e58-8d1e-6cb376fecd3a][estradiol]]
- [[id:e93a2599-8f0f-42aa-81f4-e276917dd322][FSH]]
- [[id:1dff1823-fb97-4ba5-90fc-c982f20fb47b][LH]]
- troponine : IDM
- NT-proPNB insuffisance cardiaque
- cortisol
- progestérone
- PTH
- Folates (synthèse ADN)
- B12 (synthèse ADN)
- [[id:763dc0db-c8f4-4b29-a9a4-ec096c8e9d81][AFP]]

- [[id:e5519b58-b8fd-4ae1-9585-aa5223d72431][Cholestérol HDL]]
- [[id:b2e9a998-da30-4b85-8f7d-6af80ce3c059][Cholestérol total]]
- [[id:3093198d-a9d2-4464-a453-9b6bffb03841][Cholestérole LDL]]
- [[id:f7fa1113-bc2f-4ca2-b99f-eb4a7f4ed346][Triglycérides]]

[[id:29e12e8e-5d9f-4e2f-b8cb-97b38dc19bbd][Immuno-analyse]]

- [[id:e618c88d-3a3a-483a-bb75-30dde2738c01][Calcium]]
- [[id:f7fa1113-bc2f-4ca2-b99f-eb4a7f4ed346][Triglycérides]]

- [[id:e618c88d-3a3a-483a-bb75-30dde2738c01][Calcium]]

- [[id:b2e9a998-da30-4b85-8f7d-6af80ce3c059][Cholestérol total]]
- [[id:3093198d-a9d2-4464-a453-9b6bffb03841][Cholestérole LDL]]

- [[id:b13e043b-bf21-422a-98e7-efb3c5efd5a5][β2-microglobuline]]
- [[id:7bb9024e-649c-4382-abf6-9db0be217d4d][CA 15-3]]
- [[id:d83dec28-0537-46a0-beb0-8f6e09c78f1e][CA 19-9]]
- [[id:d59e007e-2d26-42ef-b349-cade464c37f9][CA 125]]
- [[id:44fc26b7-6245-4e58-8d1e-6cb376fecd3a][estradiol]]
- [[id:e93a2599-8f0f-42aa-81f4-e276917dd322][FSH]]
- [[id:1dff1823-fb97-4ba5-90fc-c982f20fb47b][LH]]
- [[id:763dc0db-c8f4-4b29-a9a4-ec096c8e9d81][AFP]]