* KILL Télécharger les données avec makefile
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:27]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-10-09 Sun 22:28
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome/Nouveau workflow/Bases de données
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: KILL
:END:

* DONE Problème de scheduling Slurm sur helios :
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:27]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-10-09 Sun 22:28
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome/Nouveau workflow/Bases de données/Processing bases de données
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: DONE
:END:
- squeue ne fonctionne pas
- nextflow finit par quitter alors que le job tourne
Issue soumis sur github: https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1644
Seule la version Nix ne fonctionne pas alors que c’est le même executable... !!
* DONE Utiliser nf-core plutôt que nos fonction
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:27]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-10-09 Sun 22:28
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome/Nouveau workflow/Bases de données/Processing bases de données
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: DONE
:END:
* KILL Utiliser 1000 genome pour known_snp ?
CLOSED: [2022-09-19 Mon 22:37]
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-10-09 Sun 22:30
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome/Améliorations
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: KILL
:END:
Apparement, déjà dans dbSNP
https://www.internationalgenome.org/category/dbsnp/

**** Bases de données

**** TODO Bases de données

***** DONE Télécharger
- [ ] Refseq 20G

***** STRT Télécharger
- [X] Genome de référence
- [X] dbSNP
- [X] OMIM

***** STRT Télécharger les données avec makefile
****** TODO MD5sum

****** TODO Problème de scheduling Slurm sur helios :
- squeue ne fonctionne pas
- nextflow finit par quitter alors que le job tourne
Issue soumis sur github: https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1644
Seule la version Nix ne fonctionne pas alors que c’est le même executable... !!
****** TODO Utiliser nf-core plutôt que nos fonction

- [X] dbSNP common
- [ ] dbSNP common

**** WAIT Preprocessing avec nextflow
***** WAIT Map to reference
***** WAIT Mark duplicate
***** WAIT Recalibrate base quality score

**** DONE Preprocessing avec nextflow
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
***** DONE Map to reference
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
***** DONE Mark duplicate
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]
***** DONE Recalibrate base quality score
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:30]

**** KILL Utiliser 1000 genome pour known_snp ?
CLOSED: [2022-09-19 Mon 22:37]
Apparement, déjà dans dbSNP
https://www.internationalgenome.org/category/dbsnp/

**** TODO Non-régression avec alexis