apraga/org - Change SDHADQGZ5ZPH7EBCKSODCEC4FBBNR7DPVQAA4EMNN7EPN5NR6GVAC

Project

Created by Alexis Praga on September 7, 2022

SDHADQGZ5ZPH7EBCKSODCEC4FBBNR7DPVQAA4EMNN7EPN5NR6GVAC

Dependencies

In channels

main

Change contents

Insertion in projects.org_archive at line 1033 [4.9]

[2.279]


* DONE v25.2
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-09-07 Wed 23:26
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: FreeBSD/Kitty
:ARCHIVE_CATEGORY: projects
:ARCHIVE_TODO: DONE
:ARCHIVE_ITAGS: freebsd
:END:
** DONE Soumettre
** DONE PR upstream pour _Static_assert (cf https://bugs.freebsd.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=265393)
SCHEDULED: <2022-08-20 sam.>
Si confirmé, fermé la PR
Sinon, enlevé <assert.h>
** DONE Plus de patch nécessaire ? Réouvert bug sur bugzilla
* DONE Payer amende majorée 75€ , provenance inconnue
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-09-07 Wed 23:27
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Divers/Amendes
:ARCHIVE_CATEGORY: projects
:ARCHIVE_TODO: DONE
:END:
- [X] Chèque envoyé parti <2022-08-20 sam.>
- [X] Envoyer un mail
- [X] Virement boursorama pour anticiper

Replacement in projects.org at line 1633 [5.123895]

B:BD[3.150] → [3.150:250]

Quelle version du génome ? Il y a 2 notations pour les chrosome: Refseq (NC_0001) ou chr1, chr2...

[3.150]

[3.250]

**** Quelle version du génome ?
Il y a 2 notations pour les chrosome: Refseq (NC_0001) ou chr1, chr2...

Replacement in projects.org at line 1642 [5.123895]

B:BD[3.738] → [3.738:854]

∅:D[6.385] → [7.96:153]

∅:D[3.854] → [7.96:153]

∅:D[8.1274] → [7.96:153]

B:BD[9.133] → [7.96:153]

*** Améliorer le workflow
**** STRT Nix pour les dépendences
**** STRT Nix pour télécharger les données brutes
***** KILL Axel au lieu de curl pour gérer les timeout?

[3.738]

[7.153]

**** Performances
Ordinateur de Carine (WSL2) : 4h dont 1h15 alignement (parallélisé) et 1h15 haplotypecaller (séquentiel)
*** Nouveau workflow
**** Bases de données
***** KILL Nix pour télécharger les données brutes
****** Conclusion
Non viable sur cluster car en dehors de /nix/store
On peut utiliser des symlink mais trop compliqué
****** KILL Axel au lieu de curl pour gérer les timeout?

Replacement in projects.org at line 1657 [5.123895]

B:BD[10.88] → [3.855:868]

∅:D[3.868] → [6.412:548]

B:BD[10.88] → [6.412:548]

B:BD[6.548] → [3.870:870]

B:BD[3.870] → [3.871:937]

<<<<<<< HEAD
**** STRT Corriger le script pour nix
*** Améliorer le workflow
**** TODO Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)
**** TODO test Bionix
**** TODO Implémenter execution avec Nix ?

[10.88]

[9.256]

***** TODO Télécharger les données avec nextflow
***** STRT Télécharger les données avec makefile
****** TODO MD5sum
**** Dépendences
***** DONE Nix pour les dépendences
**** Exécution
***** KILL test Bionix
***** KILL Implémenter execution avec Nix ?

Deletion in projects.org at line 1668 [5.123895]
B:BD[9.465] → [6.549:600]
```
**** KILL Télécharger les données avec nextflow
```

Replacement in projects.org at line 1669 [5.123895]

B:BD[6.642] → [6.642:719]

**** TODO Télécharger les données avec makefile + traitement par nextflow

[6.642]

[6.719]

***** TODO nextflow
****** TODO Processing bases de données
******* KILL SGE: sur ancien cluster donc plus d’actualité
******* TODO Slurm sur Helios
******** TODO Problème de scheduling :
- squeue ne fonctionne pas
- nextflow finit par quitter alors que le job tourne
Issue soumis sur github: https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1644
*** Améliorer le workflow
**** TODO Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)

Insertion in projects.org at line 1680 [5.123895]

[6.734]

[11.59]

**** TODO Test de non régression
**** TODO Genome in a bottle

Deletion in projects.org at line 1683 [5.123895]

B:BD[11.87] → [3.938:1412]

=======
Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)
**** HOLD test Bionix
**** KILL Implémenter execution avec Nix ?
CLOSED: [2022-08-31 Wed 11:09]
Voir https://academic.oup.com/gigascience/article/9/11/giaa121/5987272?login=false
pour un exemple.
Probablement plus simple d’utiliser Nix pour gestion de l’environnement et snakemake pour l’exécution
**** STRT Exécution avec nextflow
**** TODO Télécharger données avec Makefile
Pour mésocentre

Replacement in projects.org at line 1698 [5.123895]

B:BD[3.1879] → [3.1879:2064]

∅:D[3.2064] → [12.614:659]

B:BD[8.1465] → [12.614:659]

B:BD[12.659] → [3.2065:2114]

∅:D[13.326] → [8.1465:1499]

∅:D[12.659] → [8.1465:1499]

∅:D[3.2114] → [8.1465:1499]

B:BD[8.1465] → [8.1465:1499]

B:BD[8.1499] → [6.735:764]

**** WAIT Installation nix
*** TODO Installer le pipeline d’Alexis
SCHEDULED: <2022-07-30 Sat>
**** KILL Utiliser docker
**** STRT Utiliser nix avec exactement la même configuration
**** TODO Alignement avec chr
Corriger dbSNP
>>>>>>> 976dbe55316c03b3abd0aed3f42de526b6c793b9
**** TODO Test de non régression
**** TODO Genome in a bottle

[3.1879]

[14.15]

**** DONE Installation nix

Deletion in projects.org at line 1709 [5.123895]

B:BD[14.412] → [13.327:452]

*** Performances
Ordinateur de Carine (WSL2) : 4h dont 1h15 alignement (parallélisé) et 1h15 haplotypecaller (séquentiel)

Replacement in projects.org at line 1724 [5.123895]

B:BD[15.11723] → [2.281:420]

∅:D[2.420] → [16.319:348]

B:BD[16.319] → [16.319:348]

B:BD[16.348] → [2.421:539]

*** TODO v25.2
**** DONE Soumettre
**** WAIT PR upstream pour _Static_assert (cf https://bugs.freebsd.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=265393)
SCHEDULED: <2022-08-20 sam.>
Si confirmé, fermé la PR
Sinon, enlevé <assert.h>
**** WAIT Plus de patch nécessaire ? Réouvert bug sur bugzilla

[15.11723]

[17.33]

*** WAIT Problème sur fetchdir
Commiter au courant, attente de résolution
*** TODO pkg-config problème avec 0.26.1

Deletion in projects.org at line 2106 [5.123895]

B:BD[16.360] → [16.360:487]

B:BD[16.487] → [10.326:367]

*** DONE Payer amende majorée 75€ , provenance inconnue
- [X] Chèque envoyé parti <2022-08-20 sam.>
- [X] Envoyer un mail
- [X] Virement boursorama pour anticiper

Replacement in projects.org at line 2113 [5.123895]
B:BD[11.322] → [18.17:41]
```
** TODO Nixpkg for GATK
```
[11.322]
[19.42]
```
** WAIT Nixpkg for GATK
```

Replacement in projects.org at line 2150 [5.123895]

B:BD[6.1142] → [6.1142:1202]

** TODO Corriger erreur de facturation bouyges + renouveler

[6.1142]

[6.1202]

** DONE Corriger erreur de facturation bouyges + renouveler

Insertion in projects.org at line 2152 [5.123895]

[6.1230]

** TODO Renouveler abonnement
SCHEDULED: <2022-11-14 Mon>
À partir du 14 novembre