** Relecture d’exome
*** TODO Installer le pipeline d’Alexis
SCHEDULED: <2022-07-30 Sat>
*** TODO Utiliser docker

*** WAIT Add Bioperl to nixpkgs
SCHEDULED: <2022-08-08 Mon>
/Entered on/ [2022-08-08 Mon 17:49]
- [X] run tests locally
  - [X] basic evaluation tests
  - [X] list all derivatons
  - [X] build
PL https://github.com/NixOS/nixpkgs/pull/185691

*** TODO Installer le pipeline d’Alexis
SCHEDULED: <2022-07-30 Sat>
**** KILL Utiliser docker
**** STRT Utiliser nix
***** DONE BioPerl
***** DONE BioDBBigFile
*** TODO Essayer le pipeline de GATK
https://broadinstitute.github.io/warp/docs/Pipelines/Exome_Germline_Single_Sample_Pipeline/README

* Nix
** WAIT Nix pkg for GATK
SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
** DONE Nix pkg for BioPerl
SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]
PR submitted
** TODO Nix pkg for BioDBBigFile
SCHEDULED: <2022-08-10 Wed>
/Entered on/ [2022-08-10 Wed 14:28]

Pour ajouter des logiciels au niveau global, il sufit de modifier
#+begin_src
  environment.systemPackages
#+end_src
et de lancer ensuite

** 1. Emacs nativecomp + flakes + WSL
Il faut rajouter un overlay. Cela va compiler emacs

nix-os rebuild switch
#+end_src
NB: il manque man par défaut !.
Doc officielle : https://nixos.org/manual/nixos/stable/
** Emacs nativecomp
Il faut rajouter un overlay. Option 1 avec
[[https://gist.github.com/mjlbach/179cf58e1b6f5afcb9a99d4aaf54f549][ces instructions]].
Cela fonctionne mais
- Je n’ai pas réussi à éviter la compilation malgré l’utilisation de cachix.
- La version locale n’a pas l’air de marcher non plus.
Résultat:
#+begin_src sh

    ./cachix.nix

  nix.trustedUsers = [ "root" "nixos" ];

  # Emacs28 with nativecomp

       url = https://github.com/nix-community/emacs-overlay/archive/master.tar.gz;

      url = https://github.com/nix-community/emacs-overlay/archive/master.tar.gz;

  # Define here the package you want installed
  environment.systemPackages = [
     pkgs.emacsNativeComp
     pkgs.man

  environment.systemPackages = with pkgs; [
          emacsNativeComp

#+end_src
Puis installer avec
#+begin_src
nixos-rebuild switch

** 2. Ajouter des logiciels au niveau global
il sufit de modifier
#+begin_src
  environment.systemPackages
#+end_src
et de lancer ensuite
#+begin_src sh
nix-os rebuild switch
#+end_src
NB: il manque man par défaut !.
Doc officielle : https://nixos.org/manual/nixos/stable/

* TODO Nix pkg for GATK
/Entered on/ [2022-08-09 Tue 10:57]