* KILL SGE: sur ancien cluster donc plus d’actualité
:PROPERTIES:
:ARCHIVE_TIME: 2022-09-10 Sat 12:46
:ARCHIVE_FILE: ~/org/projects.org
:ARCHIVE_OLPATH: Recherche/Pipeline exome/Nouveau workflow/Bases de données/Processing bases de données
:ARCHIVE_CATEGORY: recherche
:ARCHIVE_TODO: KILL
:END:

*** TODO Rendre le workflow compatible avec Nix
**** DONE Nix pour les dépendences
**** DONE Nix pour télécharger les données brutes

**** Pipelines prêt-à-l’emploi nextflow
Problème : nécessite singularity ou docker (ou conda)
Potentiellement utilisable avec nix...

**** Dépendences

***** TODO Processing bases de données
****** TODO Problème de scheduling Slurm sur helios :
- squeue ne fonctionne pas
- nextflow finit par quitter alors que le job tourne
Issue soumis sur github: https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1644
Fonctionne avec la version du module 22.04.0
****** TODO Utiliser nf-core plutôt que nos fonction
**** DONE Dépendences
CLOSED: [2022-09-10 Sat 12:41]

****** TODO Processing bases de données
******* KILL SGE: sur ancien cluster donc plus d’actualité
******* TODO Slurm sur Helios
******** TODO Problème de scheduling :
- squeue ne fonctionne pas
- nextflow finit par quitter alors que le job tourne
Issue soumis sur github: https://github.com/nextflow-io/nextflow/issues/1644

**** DONE Essayer snamke avec bonne pratiques

**** KILL Essayer snamke avec bonne pratiques

**** TODO Les pipeline de nf-core:
***** Sarek