- [X] dbSNP common
- [ ] dbSNP common

****** DONE dbSNP common
****** TODO common dbSNP not clinvar patho
 - [ ] normaliser les noms de chromosomes
 - [ ] packager rgttools avec nix (utilise ant)
 - [ ] UTiliser vcfeval pour intersection (permet de gérer les représentations différentes)

***** WAIT Haplotype caller
***** TODO Filter variants
***** TODO Refine genotype

***** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
***** DONE Filter variants
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:40]
***** TODO Filter common snp not clinvar path
***** TODO Filter variant only in consensual sequence
***** TODO Filter technical variants

**** TODO Divers
***** DONE Vérifier nobmer de reads fastq - bam
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:31]

Fix pour SGE et nextflow

*** TODO Version avec gradle

*** KILL Version avec gradle
CLOSED: [2022-10-09 Sun 22:51]

** TODO rtgtools