** TODO Nixpkg for GATK

** WAIT Nixpkg for GATK

** TODO Nextflow, version script seule
** DONE Nix pkg for BioPerl

** TODO Nextflow
*** WAIT version script seule
https://github.com/NixOS/nixpkgs/issues/192396
*** TODO Version avec gradle
** TODO Multiqc
** DONE BioPerl

** Python

** Upgrade
Après avoir ajouté un channel:
nix.package = (import <nixos-unstable-small> {}).nix
** Patcher
#+begin_src
    nixpkgs.overlays = [
      # Patch to avoid out-of-memory errors in nix
      (final: prev: {
        nix = prev.nix.overrideAttrs (old: {
          patches = (old.patches or []) ++ [./0001-don-t-read-outputs-into-memory-for-output-rewriting.patch ];
        });
      })
      ] ;
#+end_src
** Nix profile
(Il faut choisir entre nix profile et nix-env !)
Cherche un programme, l’installer
Installer un programme
#+begin_src sh
nix profile search nixpkgs#zoxide
nix profile install nixpkgs#zoxide
#+end_src
Tout supprmier
#+begin_src sh
nix profile remove '.*'
#+end_src
* Nixpkgs
** Ajoutr un nouveau paquet
https://nixos.wiki/wiki/Nixpkgs/Contributing
Tester dans nixpkgs qu’il compiler
#+begin_src sh
nix-shell -A mypackage
#+end_src
Tester les dépendenances
#+begin_src sh
nix-shell -p nixpkgs-review --run "nixpkgs-review rev HEAD"
#+end_src
* Avertissements
Ne jamais modifier les fichiers dans /nix/store
* Langage
** Projet en Python

#+end_src
** Upgrade
Après avoir ajouté un channel:
nix.package = (import <nixos-unstable-small> {}).nix
** Patcher
#+begin_src
    nixpkgs.overlays = [
      # Patch to avoid out-of-memory errors in nix
      (final: prev: {
        nix = prev.nix.overrideAttrs (old: {
          patches = (old.patches or []) ++ [./0001-don-t-read-outputs-into-memory-for-output-rewriting.patch ];
        });
      })
      ] ;

** Nix profile
(Il faut choisir entre nix profile et nix-env !)
Cherche un programme, l’installer
Installer un programme
#+begin_src sh
nix profile search nixpkgs#zoxide
nix profile install nixpkgs#zoxide
#+end_src
Tout supprmier
#+begin_src sh
nix profile remove '.*'
#+end_src
* Nixpkgs
** Ajoutr un nouveau paquet
https://nixos.wiki/wiki/Nixpkgs/Contributing
Tester dans nixpkgs qu’il compiler
#+begin_src sh
nix-shell -A mypackage

** Librairies en pythonProjet en Python
On package l’exécutable python avec les libraries. Mettre dans =default.nix=
#+begin_src nix
with (import <nixpkgs> {});
let
  my-python-packages = python-packages: with python-packages; [
    pandas
    requests
    # other python packages you want
  ];
in
python3.withPackages my-python-packages

Tester les dépendenances

Puis

nix-shell -p nixpkgs-review --run "nixpkgs-review rev HEAD"

nix-build default.nix
result/bin/python
>>> import pandas

* Avertissements
Ne jamais modifier les fichiers dans /nix/store