*** Notes
- Sur phénotype mélanocytaire, il peut valoir le coup de faire de la CGH sur biopsie
  Inconvénient du panel : on passe à côté
  Inconvénient de l’exome : faible profondeur
  En général, pas d’ADN suffisant pour les 3 !
- Idée de pipeline : CNV (mais il faut les références)
- 2 approches : exome direct ou CGH + panel
- Exome envoyé à integragen (ou CNR): problème = perte de financement car plus de centre de référence à Dijon
  envoi dans le privé compliqué vu le coût...

* Design d’amorce
1. Variant sur UCS
   - puis "v d" et choisir 500 autour
   - Extended DNA Case/Color Options: "underline" pour repeate masker et "toggle case" pour gènes UCSC
2. Amplifix
   - copier séquences
   - Ne pas prendre des amorces > 21 bp pour éviter des températures trop élevées
   - Chercher de 1-450 (sens) 550-1000 pour commencer
   - Ne pas prendre un amplicon de plus de 700 (max 750 !!)
   - Longueurs 19-21
3. Vérification
   - [[https://genetools.org/SNPCheck/snpcheck.htm][dbSNP]]
   - [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi][Primer-BLast]]: mettre forward et revers + choisir génome
   - [[https://genome-euro.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr][PCR in silico]]
   - calculer la température
** Notes
NB: sur UCSC, "tools->blat" pour vérifier la séquence d’ADN
Sur les amorces, majuscules pour exon, minuscules intron
** Attention
- longueur grand max 750bp
- si taux GC >= 65, il faut une polymérase spécifique avec un calcul de Tm différent
  -> https://tmcalculator.neb.com/#!/main et oneTaq
- Δt <= 6% sur le Tm calculé !
** Astuces
- In silico PCR: plusieurs résultats possibles sur l’X -> prendre HG38 (car correctif)
- Si difficile de prendre l’exon, dans amplifix prendre la borne de l’exon et chercher une amorce à partir de cette borne + 5bp. En baissant un peu la qualité