** [[file:books.org::*Collège][Collège]]

** TODO [[file:books.org::*Collège][Collège]]

** Centogène
***  Extraction de données
Solution 1 : pdftotext puis parser, par exemple avec arpeggio.

** CentoX
*** Extraction de données
**** Texte
Trop compliqué de travailles sur la structure du pdf
- pdftotext : bon résultats sur page 1. Sur les ségrégations, il n’y a pas de retour à la ligne avant l’indication
- pdfminer donne des résultats légèrement supérieurs, beaucoup d’espaces sur les ségrégations
- pypdf2 : trop de retours à la lignes intempestifs dans le texte
La structure du  tableau est perdue dans tous les cas
**** Parser

Solution 2 : regarder la structure du PDF, par exemple avec i7-rups https://tomassetti.me/parsing-in-python/

#+title: Machine Learning
Methods
- linear model fitted by least squared = stable but possibly inaccurate
- nearest neighbours = precise but unstable
If the data is a set of tightly lustered Gaussians (theirs means are distributed as Gaussian), the optimal will be nonlinear and disjoint
If the data is a mixture of unrelated Gaussian, linear is almost optimal

#+OPTIONS: toc:nil

#+OPTIONS: toc:1

* Microdélétion 22q11.2

* TODO Achondroplasie
* Charcot-Marie Tooth 1A :PMP22:
AD = la plus fréquente des CMT
Atrophie progressive des muscles distaux ->_trouble de la marche et équilibre
pieds creux
évolution lente (< 5% auront besoin d’un fauteuil roulant)
98% ont une dup de 1.4MB dans 17p11.2
De novo 1/3
Surexpression du gènes -> démyélinisation
* Deletion 1qter

Principal
- Cardiopathies 40-75%: surtout conotroncale (CIV, Fallot, atrésie pulmonaire)
- palais 70% : FP 11%, incompétence vélo-pharyngée 30% -> nasonnement
- hypocalcémie néonatale 50%
- difficultés d’apprentissage/retard psychomot 95% : retard de langage surtout 90%, DI 45%
- dysmorphie

- Microcéphalie
- hypotrophie
- Dysmorphie faciale

Dysmorphie (peu évident naissance)
- visage allongé, effacement relief des pomettes
- racine du nez large avec un nez/gros/bulbeux
- FP étroite, en haut et dehors
- oreilles petits, rondes avec *lobules hypoplasiques*
- bouche étroite

#+caption: van bon 2008
[[file:img/1qter.png]]

 #+caption: Habel et al 2014
 [[file:img/22q11.png]]
*** Autre
- Trouble digestif (dysphagie, reflux)
- aplasie/hypoplasie thymus /praathyriodie -> déficit immunitaire
  - mmalades autommiunes
- Hypotonie enfance
- scoliose 45%, polydactylie, varus équin
- TSA, risque de schizophrénique
- malformation rénale 35%
- difficulté d’alimentation
- anomalies dentaires 40% (carie, émail)
- Ophtalmo
- déficit auditif
- génito-urinaire (agénésie rénale)
- déficit hormone croissance
*** Expliqué par anomalie appareil pharyngés (embyro)
[[file:img/22q11-physio.png]]
** Y penser en anténatal
absence de thymus +
-  Malfo cardiaque conotroncale
- ou  FP ou FLP
Ou agénésie rénale unilatérale
** Diagnostic
- CGH ou
- FISH avec sonde spécéfique (TBX1 dans 90%)
** Diagnostic différentiel
- séquence de Pierre-rRobin
- syndrome alagille
- CHARGE
- délétion 11p et 15q24 (mais vu en CGH)

- Triogonocéphaile
- DI constante et sévère
- épilépsie 68%
- atrophie corticale, agénésie corps calleux
- anomalies vertébrales, génito-urinaires
- CIV

4 LCRs : favorise les NAHR.
- reste = délétion proximale LCR A et B ou A et C
- 85% patients deletion 3Mb htz entre LCR A et D (90% des gènes ont une expression cérébrale)
- rarement distale : pénétrance moins importante
Hérité 10% en AD -> étudier les parents
Soit sondes FISH ou sondes MLPA
! ces dernières permettent de diagnostiquer les délétions distales B-D !
[[file:img/22q11-lcr.png]]
* Microduplication 22q11.2

Génotype-phénotype
- AKT3 = microcéphalie
- ZNF238 = agénésie corps calleaux
- C1ORF199 = épi
* Dysplasie campomyélique :SOX9:
AD

- Plus modéré, très variable
- Trouble des apprentissage 97%
- Retard de développement psychomoteur 67%
- Retard de croissance 63%
- +/- hypotonie 43%, malfo (cardiaque, FLP)
* TODO Achondroplasie
* TODO Charcot-Marie-Tooth

- incurvation os long
- dysplasie squelettique : scoliose, doigts court, anomalies du bassin et thorax, 11 paires de côtes
- dysmorphie faciale, fente palatine
- maformations cardiaques, rénales, cérébrales
- réversion sexuelle
Inc
* Délétion 2qter
** Clinique
- Dysmorphie
#+caption: Leroy et al 2013
[[file:img/2qter-dysmorpho.png]]
- DI
- Obésité
- Hypotonie
- Brachymétacarpie
- Brachdactylie
#+caption: 4e surtout et 2,3,4 en P9 (Leroy et al 2013)
 [[file:img/2qter-bones.png]]

* Microduplication 22q11.2
** Clinique
- Plus modéré, très variable
- Trouble des apprentissage 97%
- Retard de développement psychomoteur 67%
- Retard de croissance 63%
- +/- hypotonie 43%, malfo (cardiaque, FLP)
* Microduplication 7q11.23
** Clinique
Tout n’est pas en miroire par rapport à [[*Syndrome de Williams-Burren][Syndrome de Williams-Burren]]
- Retard de langage +/- DI
- Traits autistique
- Fréquemment héritée
- souvent troubles du comportement, attentio, agressivité
*** Dysmorphie
[[file:img/microdup-7q11.png]]
 - Grand front
 - sourcils droits
 - lèvres upérieures fines
 - Philtrum court
 - nez large et long
 - Rarement dilatation aortique
* Microdélétion 22q11.2
** Clinique
Principal
- Cardiopathies 40-75%: surtout conotroncale (CIV, Fallot, atrésie pulmonaire)
- palais 70% : FP 11%, incompétence vélo-pharyngée 30% -> nasonnement
- hypocalcémie néonatale 50%
- difficultés d’apprentissage/retard psychomot 95% : retard de langage surtout 90%, DI 45%
- dysmorphie
Dysmorphie (peu évident naissance)
- visage allongé, effacement relief des pomettes
- racine du nez large avec un nez/gros/bulbeux
- FP étroite, en haut et dehors
- oreilles petits, rondes avec *lobules hypoplasiques*
- bouche étroite
 #+caption: Habel et al 2014
 [[file:img/22q11.png]]
*** Autre
- Trouble digestif (dysphagie, reflux)
- aplasie/hypoplasie thymus /praathyriodie -> déficit immunitaire
  - mmalades autommiunes
- Hypotonie enfance
- scoliose 45%, polydactylie, varus équin
- TSA, risque de schizophrénique
- malformation rénale 35%
- difficulté d’alimentation
- anomalies dentaires 40% (carie, émail)
- Ophtalmo
- déficit auditif
- génito-urinaire (agénésie rénale)
- déficit hormone croissance
*** Expliqué par anomalie appareil pharyngés (embyro)
[[file:img/22q11-physio.png]]
** Y penser en anténatal
absence de thymus +
-  Malfo cardiaque conotroncale
- ou  FP ou FLP
Ou agénésie rénale unilatérale
** Diagnostic
- CGH ou
- FISH avec sonde spécéfique (TBX1 dans 90%)
** Diagnostic différentiel
- séquence de Pierre-rRobin
- syndrome alagille
- CHARGE
- délétion 11p et 15q24 (mais vu en CGH)
** Génétique
4 LCRs : favorise les NAHR.
- reste = délétion proximale LCR A et B ou A et C
- 85% patients deletion 3Mb htz entre LCR A et D (90% des gènes ont une expression cérébrale)
- rarement distale : pénétrance moins importante
Hérité 10% en AD -> étudier les parents
Soit sondes FISH ou sondes MLPA
! ces dernières permettent de diagnostiquer les délétions distales B-D !
[[file:img/22q11-lcr.png]]
* Monosomie 1p36
- Remaniement subtélomérique le plus fréquent
** Clinique
Dysmorphie :
- *enophtalmie + sourcils horizontaux*
- microcéphalie 60%
- nez plat 70%
- fontanelle antérieure large 85%
- oreilles dysplasiques
  #+caption: Gajecka et al 2007
 [[file:img/monosomy1p36.png]]
- DI constante
- Hypotonie 87%
- Dysphasie 72%
- difficulté alimentaires
- +/- épilepsie, cardiopathie
- surdité 82%
** Génétique
- Type et taille variable (1.5 à 10Mb)
- hypothèse = effet de position
- Pas de corélation génotype-phénotype

* Neuropathie héréditaire sensible à la pression :PMP22:
Certains asympto
Perte soudaine de sensibilité non douloureuse, faiblesse musculaire d’un territoire d’un seul nerf
Pieds tombants, faiblesse main/bras
Déclenché trauma minime/compression prolongée de la région
50% récupé en quelques jours/mois mais peut être partielle
Rechutes fréquentes
Rarement paralysie définitive
80% délétion 1.4Mb par NAHR  dans 17p11.2
20% mutation ponctuelle, courte délétéion, autre
FISH possible

* Syndrome de Beckwith-Wiedemann
** Clinique
- Macrosomie
- *Macroglossie*
- ANomalie paroi abdo : **omphalocèle**
- Organomégalie surtout intra-abdo
- Oreille : encoche sur lobules, ptetis puits
- Angiome plan face
- **Hémihypertrophie**
- Hypoglycémie néonatale
- **hyperinsulinisme**
- **nephroplastome** (**multifocal/bilatéral**)
- +/- fente, CNS, rénale, cardiaque malfo
[[./img/beckwith-oreille.png]]
Risque = augmentation tumeurs embryonnaire année de vie
** Score
4 points (en gras) = diag clinique
2 points -> indication analyse moléculaire
Attention: signes parfois isolé -> risque tumoral
** Mécanisme
Voir [[file:bio.org::*11p15][11p15]] pour la situation normale.
En résumé : mère = restriction via CDKN1C, père = croissance via IGF1
- 20% : disomie uniparentale paternel
- 8% mutation perte de fonction CDKN1C sur allèle maternelle
- 2/3 = perte de méthylation sur ICR allèle maternelle -> perte expression CDKN1C
- 8% = gain de méthylation sur ICR allèle maternelle sur ICR-> IGF2
#+attr_html: :width 50%
[[./img/beckwith-moleculaire.png]]
** Risque tumeur
- Haut risque : gain méthylation ICR1, disomie uniparentale paternell = risque néphroblastome majeur
- Intermediaire =
  - score clinique mais sans anomalie moléculaire : néphroblastome
  - mutation CDNK1C -> glande surrénale
** Consensus récent
** Surveillance
  - écho abdo tous les 2 mois si haut risque / intermédaire
  - sinon, pas de screening
** PEC
Endoc: pour hyperinsulinismeg (diazoxyd...)
** DD
Overlap clinique :[[*Syndrome de Simpson-Golabi-Behmel][Syndrome de Simpson-Golabi-Behmel]]
[[*Syndrome de Sotos][Syndrome de Sotos]]
Et bio !
#+attr_html: :width 50%
[[./img/beckwith-differentiel.png]]

* TODO Syndrome de Cornelia de Lange

* Syndrome de Cornelia de Lange

* Syndrome de Kagami-Ogata
** Clinique
- Thorax en forme de hache (insuf respi)
- Hydramnios et prématurité, hypertrophie placentaire
- Anomalies de la paroi abodominable
- Anomalise cranio-faciales
- Difficulté alimentaires
- Retard mental
[[file:img/syndrome-kagami-ogata.png]]

* Syndrome de Perlman :DIS3L2:
- Macrosomie néonatale
- Hypoglycémie/hyperinsulisme
- Néphromégalie avec insufisance rénale
- Tumeurs de Wilms
- Dysmorphie
* Syndrome de Phelan McDermid
** Clinique
- DI
- retard/absence langage
- hypotonie
- trouble comportement (TSA)
- coissance normale / accélérée
- grandes mains
- ongles dysplasique
  #+caption: Petits ongles et malformés (A), Phelan et al 2011
 [[file:img/syndrome-phelan-mcdermid-nails.png]]

Dysmorphie discrète:
- dolicocéphalie
- ptosis
- grandes oreilles
- menton pointu
** Génétique
/SHANK3/ toujours délété , soit mutation ponctuelle, soit remaniement
* Syndrome de Potocki-Lupski :RAI:
** Clinique
- retard global develop
- DI
- hypotonie
- retard staturo pnodéral
- TSA
- trouble comportement
- possible malfo cardiaque
** Génétique
Duplication 17p11.2
- récurrente 70% 3.7Mb
- variable dans le reste
RAI1 surexprimée, ainsi que SREBPF1

* Syndrome de Rett :MECP2:
Dominante liée à l’X

Perte de fonction
Méthylation
** Clinique
Phases :
1. (6-18mois) stagnation = hypotonie, diminution PC
2. 1-3 ans régression = perte de l’usage des mains, stéréotypies, retrait sociale, pas de langage, motricité maladroite
3. 2-10 ans : stabilisation= DI, dysfonctionnement respiratoire, épilepsie
4. détérioration motrice = scoliose, perte de la marche

* Syndrome de Rett :MECP2:
Dominante liée à l’X
Perte de fonction
Méthylation
** Clinique
Phases :
1. (6-18mois) stagnation = hypotonie, diminution PC
2. 1-3 ans régression = perte de l’usage des mains, stéréotypies, retrait sociale, pas de langage, motricité maladroite
3. 2-10 ans : stabilisation= DI, dysfonctionnement respiratoire, épilepsie
4. détérioration motrice = scoliose, perte de la marche

* Syndrome de Perlman :DIS3L2:
- Macrosomie néonatale
- Hypoglycémie/hyperinsulisme
- Néphromégalie avec insufisance rénale
- Tumeurs de Wilms
- Dysmorphie

* Syndrome de Temple
** Clinique
Celle du Silver-Russel
- Retard de croissance : RCIE et post natal
- Asymétrie corporelle
- Macrocéphalie relative
- Grand fromt bombant
- Difficulté alimentaires
Mais aussi suspicion de Prader-Willi
- Puberté précoce
- Hypotonie néonatale précoce
- Petites mains, petits pieds
- Obésité > 2 ans
*** 14q32
Zone soumis à empreinte
- disomie materne chr14
- del paternelle
- épigénitique : perte méthylation
  DD moléculaire du Silver-Russel

* Syndrome de Beckwith-Wiedemann
** Clinique
- Macrosomie
- *Macroglossie*
- ANomalie paroi abdo : **omphalocèle**
- Organomégalie surtout intra-abdo
- Oreille : encoche sur lobules, ptetis puits
- Angiome plan face
- **Hémihypertrophie**
- Hypoglycémie néonatale
- **hyperinsulinisme**
- **nephroplastome** (**multifocal/bilatéral**)
- +/- fente, CNS, rénale, cardiaque malfo

[[./img/beckwith-oreille.png]]
Risque = augmentation tumeurs embryonnaire année de vie
** Score
4 points (en gras) = diag clinique
2 points -> indication analyse moléculaire
Attention: signes parfois isolé -> risque tumoral
** Mécanisme
Voir [[file:bio.org::*11p15][11p15]] pour la situation normale.
En résumé : mère = restriction via CDKN1C, père = croissance via IGF1
- 20% : disomie uniparentale paternel
- 8% mutation perte de fonction CDKN1C sur allèle maternelle
- 2/3 = perte de méthylation sur ICR allèle maternelle -> perte expression CDKN1C
- 8% = gain de méthylation sur ICR allèle maternelle sur ICR-> IGF2
#+attr_html: :width 50%
[[./img/beckwith-moleculaire.png]]
** Risque tumeur
- Haut risque : gain méthylation ICR1, disomie uniparentale paternell = risque néphroblastome majeur
- Intermediaire =
  - score clinique mais sans anomalie moléculaire : néphroblastome
  - mutation CDNK1C -> glande surrénale
** Consensus récent
** Surveillance
  - écho abdo tous les 2 mois si haut risque / intermédaire
  - sinon, pas de screening
** PEC
Endoc: pour hyperinsulinismeg (diazoxyd...)
** DD
Overlap clinique :[[*Syndrome de Simpson-Golabi-Behmel][Syndrome de Simpson-Golabi-Behmel]]
[[*Syndrome de Sotos][Syndrome de Sotos]]
Et bio !
#+attr_html: :width 50%
[[./img/beckwith-differentiel.png]]

* Microduplication 7q11.23

* Syndrome de Wolf-Hirschhorn :del4p:
** Clinique
- RICA et postnat
- microcéphalie
- dysomporhie : hypertélorisme, nez en casque grec
- cardiopathie, fente palatine
- anomalie OGE
- hypotonie, DI sévère +/- épilepsie
  #+caption: Zollino et al 2008
  [[file:img/del4p.png]]
** Génétique
- Deletion subtélomérique, taille variable
- Différent loci
! On peut passer à côté des petites délétion en FISH
** Conseil génétique
- 70% de délétion isolée
- 22% de transloc déséquilibrées
  De novo 85-90% mais vérifier remaniement structure équilibrée au caryo chez parents
* Syndrome du cri du chat :del5p:

Tout n’est pas en miroire par rapport à [[*Syndrome de Williams-Burren][Syndrome de Williams-Burren]]
- Retard de langage +/- DI
- Traits autistique
- Fréquemment héritée
- souvent troubles du comportement, attentio, agressivité
*** Dysmorphie
[[file:img/microdup-7q11.png]]
 - Grand front
 - sourcils droits
 - lèvres upérieures fines
 - Philtrum court
 - nez large et long
 - Rarement dilatation aortique

- retard croissance
- pleurs aigùs (miaulement) via anomalie laryngées dans premières semaines de vie puis disparaite
- hypo pui hypertonoie
- DI avec retard de langage
- malfo cardiaque et oculaire
***  Dysmorphie
  - microcéphalie
  - visage rong
  - hyperétolérisme
  - racine nez large
  - oreille bas implantées
  - microgantie
[[file:img/del5p.png]]
*** Génétique
- Délétion de taille variable (certaines visible sur caryo)
*** Conseil
96 de novo (iso ou transloc )
Faire caryo parent pour éliminer remaniement équilibrée

* Syndrome Kleefstra/Deletion 9qter :EHMT1:
** Clinique
- Dysmorphie :
  - brachycéphalie
  - synophris
  - narines antéversées
  - prognathisme
#+caption: Kleefstra 2009
[[file:img/kleefstra.jpg]]
- DI
- Obésité
- anomalies génitales chez garçon
- troubles comportement, sommeil

* Syndrome de Temple
** Clinique
Celle du Silver-Russel
- Retard de croissance : RCIE et post natal
- Asymétrie corporelle
- Macrocéphalie relative
- Grand fromt bombant
- Difficulté alimentaires
Mais aussi suspicion de Prader-Willi
- Puberté précoce
- Hypotonie néonatale précoce
- Petites mains, petits pieds
- Obésité > 2 ans
*** 14q32
Zone soumis à empreinte
- disomie materne chr14
- del paternelle
- épigénitique : perte méthylation
  DD moléculaire du Silver-Russel
* Syndrome de Kagami-Ogata
** Clinique
- Thorax en forme de hache (insuf respi)
- Hydramnios et prématurité, hypertrophie placentaire
- Anomalies de la paroi abodominable
- Anomalise cranio-faciales
- Difficulté alimentaires
- Retard mental
[[file:img/syndrome-kagami-ogata.png]]
* Dysplasie campomyélique :SOX9:
AD
** Clinique
- incurvation os long
- dysplasie squelettique : scoliose, doigts court, anomalies du bassin et thorax, 11 paires de côtes
- dysmorphie faciale, fente palatine
- maformations cardiaques, rénales, cérébrales
- réversion sexuelle
Inc
* Syndrome de Wolf-Hirschhorn :del4p:
** Clinique
- RICA et postnat
- microcéphalie
- dysomporhie : hypertélorisme, nez en casque grec
- cardiopathie, fente palatine
- anomalie OGE
- hypotonie, DI sévère +/- épilepsie
  #+caption: Zollino et al 2008
  [[file:img/del4p.png]]
** Génétique
- Deletion subtélomérique, taille variable
- Différent loci
! On peut passer à côté des petites délétion en FISH
** Conseil génétique
- 70% de délétion isolée
- 22% de transloc déséquilibrées
  De novo 85-90% mais vérifier remaniement structure équilibrée au caryo chez parents
* Syndrome du cri du chat :del5p:
** Clinique
- retard croissance
- pleurs aigùs (miaulement) via anomalie laryngées dans premières semaines de vie puis disparaite
- hypo pui hypertonoie
- DI avec retard de langage
- malfo cardiaque et oculaire
***  Dysmorphie
  - microcéphalie
  - visage rong
  - hyperétolérisme
  - racine nez large
  - oreille bas implantées
  - microgantie
[[file:img/del5p.png]]
*** Génétique
- Délétion de taille variable (certaines visible sur caryo)
*** Conseil
96 de novo (iso ou transloc )
Faire caryo parent pour éliminer remaniement équilibrée
* Monosomie 1p36
- Remaniement subtélomérique le plus fréquent
** Clinique
Dysmorphie :
- *enophtalmie + sourcils horizontaux*
- microcéphalie 60%
- nez plat 70%
- fontanelle antérieure large 85%
- oreilles dysplasiques
  #+caption: Gajecka et al 2007
 [[file:img/monosomy1p36.png]]
- DI constante
- Hypotonie 87%
- Dysphasie 72%
- difficulté alimentaires
- +/- épilepsie, cardiopathie
- surdité 82%
** Génétique
- Type et taille variable (1.5 à 10Mb)
- hypothèse = effet de position
- Pas de corélation génotype-phénotype
* Syndrome de Phelan McDermid
** Clinique
- DI
- retard/absence langage
- hypotonie
- trouble comportement (TSA)
- coissance normale / accélérée
- grandes mains
- ongles dysplasique
  #+caption: Petits ongles et malformés (A), Phelan et al 2011
 [[file:img/syndrome-phelan-mcdermid-nails.png]]
Dysmorphie discrète:
- dolicocéphalie
- ptosis
- grandes oreilles
- menton pointu
** Génétique
/SHANK3/ toujours délété , soit mutation ponctuelle, soit remaniement
* Deletion 1qter
** Clinique
- Microcéphalie
- hypotrophie
- Dysmorphie faciale
#+caption: van bon 2008
[[file:img/1qter.png]]
- Triogonocéphaile
- DI constante et sévère
- épilépsie 68%
- atrophie corticale, agénésie corps calleux
- anomalies vertébrales, génito-urinaires
- CIV
** Génétique
Génotype-phénotype
- AKT3 = microcéphalie
- ZNF238 = agénésie corps calleaux
- C1ORF199 = épi
* Syndrome Kleefstra/Deletion 9qter :EHMT1:
** Clinique
- Dysmorphie :
  - brachycéphalie
  - synophris
  - narines antéversées
  - prognathisme
#+caption: Kleefstra 2009
[[file:img/kleefstra.jpg]]
- DI
- Obésité
- anomalies génitales chez garçon
- troubles comportement, sommeil
* Délétion 2qter
** Clinique
- Dysmorphie
#+caption: Leroy et al 2013
[[file:img/2qter-dysmorpho.png]]
- DI
- Obésité
- Hypotonie
- Brachymétacarpie
- Brachdactylie
#+caption: 4e surtout et 2,3,4 en P9 (Leroy et al 2013)
 [[file:img/2qter-bones.png]]
* Charcot-Marie Tooth 1A :PMP22:
AD = la plus fréquente des CMT
Atrophie progressive des muscles distaux ->_trouble de la marche et équilibre
pieds creux
évolution lente (< 5% auront besoin d’un fauteuil roulant)
98% ont une dup de 1.4MB dans 17p11.2
De novo 1/3
Surexpression du gènes -> démyélinisation
* Neuropathie héréditaire sensible à la pression :PMP22:
Certains asympto
Perte soudaine de sensibilité non douloureuse, faiblesse musculaire d’un territoire d’un seul nerf
Pieds tombants, faiblesse main/bras
Déclenché trauma minime/compression prolongée de la région
50% récupé en quelques jours/mois mais peut être partielle
Rechutes fréquentes
Rarement paralysie définitive
80% délétion 1.4Mb par NAHR  dans 17p11.2
20% mutation ponctuelle, courte délétéion, autre
FISH possible
* Syndrome de Potocki-Lupski :RAI:
** Clinique
- retard global develop
- DI
- hypotonie
- retard staturo pnodéral
- TSA
- trouble comportement
- possible malfo cardiaque
** Génétique
Duplication 17p11.2
- récurrente 70% 3.7Mb
- variable dans le reste
RAI1 surexprimée, ainsi que SREBPF1

* Anomalies génétiques à l’échelle du gène (Collège)
** Types :
*** substitution nucléotidique
Transitions [fn:1] 2x plus fréquentes que les transversions (l’inverse des transversion). Contre-intuitif car il y a plus de possibilités de transversion.
  Probablement du à des incorporations erronnées des ADN polymérases et correction plus efficace si transversion

  CpG -> TpG ou CpA surrerprésentées
*** Petites délétions/insertion
- Quelques nucléotides.
- Fréquentes
- frameshift (non multiple de 3) : codon sto prématuré -> protéine tronquée, la plupart du temps non foncitonnelle
- sur de courtes répétitions en tandem, probablement par slippages de l’ADN polymérase
*** Grandes délétion/duplications/inversion
Du à
- Répétitions en tandemde 1 à 4 nuclétodie = hotspot de dérapage réplication-> courtes indel
- Low Copy Repeats = dispersées ou dupliquées en tandem
  - sur le même bras chromosomique et très similaire -> mésappariement possible par NAHR, échange cromatide soeurs ou intrachromatidienne. Voir [[*NAHR (recombinaison homologue non alléliques)][NAHR (recombinaison homologue non alléliques)]]
*** Expansion de triplet
- Neurodégénératif surtout : Xfra, Steinert, Huntington
- Avec les générations : de plus en plus précoce et clinique augment en gravité (=anticipation)
-  si > 50 répétition, probablement structure anormales (épinges à chevexu, triple hélice) -> perturbe réplication, favorie dérapage
*** Rares
**** Séquences répétées dispersées :
- courtes (300bp)= Alu (apparetenet SINE = short interspede elements)
- longue 3-7bk (LINE = long interspede elements)
Vont être introductie après la rétrotrnascription d’ARN
Rares mais décrits l’exon/intron
**** Conversion géniques
Régions homoligues proches : transert (unilatéral !) des changements nucléotidiques dans gène receveur
Ex: /CYP21A2/ recoit du pseudogènes /CYP21AP/ des variants perte de fonction -> 25% des cas de déficiton en 21-hydroxylase (hyperplasie congénitale des surrénale)
NB: les 75% % croissing-over inégaux, échanges entre chromatides soeurs

** Région 17pp12

** Région 17p12

* Footnotes
[fn:1] C<->T ou A <-> G

*** Chap 9 Anomalies génétiques à l’échelle du gène