apraga/org - Change CFGPOVFHRP527X2S7R4ITR2G5RUA6T3264FY2L74BH6IP54VGYIAC

Syndromes microdeletionnels

Created by Alexis Praga on July 14, 2022

CFGPOVFHRP527X2S7R4ITR2G5RUA6T3264FY2L74BH6IP54VGYIAC

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Change contents

Replacement in todo.org at line 35 [4.117455]

B:BD[4.119288] → [5.821:838]

B:BD[5.838] → [3.10:116]

** TODO Collège
*** DONE Chap 10: Principales techniques d’analyses des anomalies génétiques à l’échelle du gène

[4.119288]

[5.838]

** [[file:books.org::*Collège][Collège]]

Replacement in todo.org at line 68 [4.117455]
B:BD[5.1534] → [5.1534:1570]
```
*** TODO Presentiel session 1 [2/9]
```
[5.1534]
[5.1570]
```
*** TODO Presentiel session 1 [5/9]
```

Replacement in todo.org at line 70 [4.117455]

B:BD[5.1614] → [5.1614:1717]

**** TODO Structuration du génome et mécanismes mutationnels
**** TODO Oncogénétique: introduction

[5.1614]

[5.1717]

**** DONE Structuration du génome et mécanismes mutationnels
**** DONE Oncogénétique: introduction

Replacement in todo.org at line 74 [4.117455]

B:BD[5.1798] → [5.1798:1845]

**** TODO Aspects réglementaires et éthiques

[5.1798]

[5.1845]

**** DONE Aspects réglementaires et éthiques

Insertion in todo.org at line 291 [4.117455]

[6.1952]

* Machine learning
** [[file:books.org::*The elements of statistical learning (217)][The elements of statistical learning (217)]]

Replacement in genetique/maladies.org at line 2 [7.4498459]
B:BD[7.4498478] → [8.143:160]
```
#+OPTIONS: toc:1
```
[7.4498478]
[9.143]
```
#+OPTIONS: toc:nil
```

Insertion in genetique/maladies.org at line 783 [7.4498459]

[2.837]

* Syndrome de Wolf-Hirschhorn :del4p:
** Clinique
- RICA et postnat
- microcéphalie
- dysomporhie : hypertélorisme, nez en casque grec
- cardiopathie, fente palatine
- anomalie OGE
- hypotonie, DI sévère +/- épilepsie
  #+caption: Zollino et al 2008
  [[file:img/del4p.png]]
** Génétique
- Deletion subtélomérique, taille variable
- Différent loci
! On peut passer à côté des petites délétion en FISH
** Conseil génétique
- 70% de délétion isolée
- 22% de transloc déséquilibrées
  De novo 85-90% mais vérifier remaniement structure équilibrée au caryo chez parents
* Syndrome du cri du chat :del5p:
** Clinique
- retard croissance
- pleurs aigùs (miaulement) via anomalie laryngées dans premières semaines de vie puis disparaite
- hypo pui hypertonoie
- DI avec retard de langage
- malfo cardiaque et oculaire
***  Dysmorphie
  - microcéphalie
  - visage rong
  - hyperétolérisme
  - racine nez large
  - oreille bas implantées
  - microgantie
[[file:img/del5p.png]]
*** Génétique
- Délétion de taille variable (certaines visible sur caryo)
*** Conseil
96 de novo (iso ou transloc )
Faire caryo parent pour éliminer remaniement équilibrée

Insertion in genetique/labo.org at line 103 [10.2145]

[6.4815]


* Nouveaux syndromes microdéletionnels
- souvent hérité parent asympto
- facteur suscepbtibilité/prédisposition aux troubles neurodev
- PIEV
** 16p11.2i
*** del BP4 et BP5 = typique
590kb
**** Clinique
- Difficulté aprentissage ou DI légère, retard langage /develop
- épilepsie, dyskinéie déclenché par le mouvement (début 6-15A)
- Troubles du comportement : TSA, psy
- malfo de Chiari, ectopie amygdale cérébelleuse
- FR obésité
- macrocéphalie fréquente
- scoliose
- risque malfo cardiaque
**** Labo
- de novo 80%
- gènes /PRRT2/, /KCDT13/, /TBX6/
- varabilité phénotypiuqe
**** dup BP4 BP5
  phénotype en miroir
  - di
  - troubles psy : schizo, comportement
  - micorcéphalie,
  - faible poids
  - épilepsie
  parents asympto
*** microdel BP2 et BP3 = atypique
220kb
- Retard de develop
- Hyperactivité
- Épilepsie
- Obésite précoce
40% de novo
Du réciproque : status encore incertaine
** 15q11.2q13 (hors PraderWilli)
*** microdel 15q11.2 BP1 BP2
- 500kb
- le plus souvent hérité
- faible pénétrance
- gènes : /TUBGCP5/, /CYFIP1/, /NIPA1/, /NIPA2/
**** Clinique
Retard de dev, moteur, langage
Hyperactivité
Trouble attention, TSA
+/- épi
*** micro del 15q13.3
- Gène /CHRNA7
- 2Mb le plus souvente
- héritée 85%
**** Clinique
- DI
- retard langage,
- trouble comporteement, hyperactivité
- TSA
- épi
- shizo
- hypotonie
- rarement cardiopathie
**** Dup réciproque
  status incertaine
** 22q11.2
LCR -> déliminte région proximale centrale distale
*** Centrale
- /CRKL/
***** Clinique
- retard croissance
- retard dev, langage
- dysmorphie faciale
- malfo génito-uriaine, cardiaque
- trouble psy
*** Distance type 1
Clinique
- retard croissance
- retard dev, langage
- dysmorphie faciale
- malfo cardiaque
  Risque préma et complication obstétricale !
*** Distance type 3
- SMARC1B
Clinique
  - Risque rhabdomosacrome
  - retard dev/DI
  - microcéphalie
  - malfo cardiaque
* Remaniement subtélomériques
- Région de transition avant répétition télomériques
- Complexe et variable
- Séquences répétées + uniques
- Taille variable entre les chr et individus
** Fonction
- Non indispensable pour viabilité ou ségrég
- Réservoir de ènes ?
- Barrière contre effet de position télomérique (diffusion hétérochromatine)
** Microdel
Mécanismes: aléatoire
Y penser si
- DI
- histoire familiale DI
- retard de croissance
- dysmorphie faciale
- malfo
Diag sur FISH, MLPA, ACPA
- gain et perte terminale en ACPA -> y penser et FISH + caryo parent pour transloc équilbrée
** Syndromes
[[file:maladies.org::*Syndrome de Wolf-Hirschhorn][Syndrome de Wolf-Hirschhorn]]
DÉL

File addition: del5p.png (---x------)
[11.7289]
File addition: del4p.png (---x------)
[11.7289]

Replacement in books.org at line 4 [4.675275]

B:BD[12.462] → [12.462:479]

*** STRT Chap 10

[12.462]

[13.4527]

*** DONE Chap 10: Principales techniques d’analyses des anomalies génétiques à l’échelle du gène

Replacement in books.org at line 131 [4.675275]

∅:D[13.4737] → [14.5228:5374]

B:BD[14.5228] → [14.5228:5374]

** TODO Hastie, T., Tibshirani, R., & Friedman, J. (2009): The elements of
statistical learning Texte de référence pour classification, machine

[13.4737]

[15.1867]

** STRT The elements of statistical learning (217)
Texte de référence pour classification, machine