***** TODO R + packages

*** Améliorations
**** TODO Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)
**** TODO Utiliser T-to-T comme références
**** TODO Digenisme (cf nomenclature omim)
C’est dans le nom de la maladie
**** TODO Macro excel

**** DONE Ajouter clinvar
CLOSED: [2022-11-13 Sun 19:37]
**** WAIT Ajouter common snp not clinvar path
Problème avec la liste des ID
**** DONE Alignement
CLOSED: [2022-11-13 Sun 12:52]
**** TODO Variant calling
***** DONE Haplotype caller
CLOSED: [2022-11-13 Sun 13:00]
***** TODO Filter
- [X] depth
- [X] comon snp not path
Problème avec liste des ID
**** TODO variant annotation
Besoin de vep

**** TODO Test de non régression avec version ALexis
- alignement + variant:
  Alexis : 886164
  nouveau : 958401
  Vient du génome de référence ??

**** TODO Non-régression avec alexis

**** TODO Test de non régression

*** Améliorations
**** TODO Utilise une versionn allégée de GnomAD (une seule colonne)
**** TODO Utiliser T-to-T comme références
**** TODO Digenisme (cf nomenclature omim)
C’est dans le nom de la maladie
**** TODO Macro excel

**** TODO GATK

**** KILL GATK
CLOSED: [2022   -11-11 Fri 20:01]

**** KILL Essayer snamke avec bonne pratiques

**** KILL Essayer snmake avec bonne pratiques