:PROPERTIES:
:ID:       49cb0f96-854c-4a00-b072-4d98a06d6dda
:END:
#+title: Bactéries
- [[id:ba0e9c3b-1479-40b1-9d29-49e2ae37a0b2][Staphylocoques]]
- [[id:b91599e0-badb-4004-a07b-7261a6b33f81][Campylobacter]]
- [[id:0e98750e-686d-43c0-b9e1-3cce3750e66a][Pseudomonas aeruginosa]]
- [[id:7499182a-5937-4e81-9e02-119607120c1c][Streptocoque]]
TODO
[[Entérobactéries]] [[Entérocoques]]
[[Neisseria]] [[Listeria]] [[Haemophilus]]
[[file:Classification%20bactéries.md][Classification bactéries]]

:PROPERTIES:
:ID:       e6fc90b1-6aa5-4397-9d9a-82e72a96ef07
:END:
#+title: Infections sexuellement transmissibles
[[id:ca8a5473-df68-4afe-a383-91846a928043][Chlamydia trachomatis]]
[[id:7c471f75-d021-43b3-ba2a-9947f3db12a0][Syphilis]]
[[id:77350f3c-8ae1-48ea-8460-ea6de3a3e975][Neisseria gonorrhoeae]]
[[id:2a7a609e-50c5-45c3-a5d2-a6c509bb91ea][Mycoplasmes]]

- Bacille gram positif à bout carré, spores subterminales
- Anaérobie strict
- 1re cause diarrhées associées aux soins
*** Préanaytique
- seulement si diarrhée et >= 3 ans
*** Pathologies associée
- diarrhées : 10% nosocomiale, 10-25% post-antibio
- colite pseudo-membraneuse 95%
- complications: mégacôlin toxiuqe, perforation, choc toxique
- portage *asymptomatique*: 20-70% *nourrissons jusque 3 ans*, adulte <
  3%
*** Facteur de virulence
- *toxines* A, B, adhésien, enzymes, spores
*** Diagnostic
- référence (fastidieux) = culture toxigénique, test de toxicité en
  culture
*** Post-analytique
- pas de contrôle
- 6 jours redondance
*** Traitement
- *pas d'antibiogramme* = sensible métronidazole + vanco
- hygène = *contact*, isolement, lavage *mécanique* des mains, *Javel*.
  Isolement levé 48h après arrêt des diarrhées
GEA Adulte : norovirus > rotavirus > adénovirus > astrovirus
*** Rotavirus
- Épidémies hivernales 6-24mois
- pas de vaccin
*** Norovirus
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: norovirus-1
:END:
- Clinique:
  - immunodéprimé : risque diarrhée chronique
- épidémies++ (collectivités)
- vaccin: 6semaine-6mois de vie
*** Autre
- Astrovirus : GEA modérée, tous les âges
- Adénovirus (40-41) : test rapide/RT-pcr, ttt sympto
- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2 j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après symptômes
  - début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2 jours)
- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5 ans
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche également adulte (ID, voyageur, contact enfant)
* Virale
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction hydroélectrique
- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN => souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou immunoenzymatique (spécifique)
  => *(GDH + ou PCR+) et toxine immuno + = diag*
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène ou colite pseudo-membraneuse
:PROPERTIES:
:ID:       d19455f2-4d40-4d55-a5a5-e6143a37d0ed
:END:
#+title: Diarrhées
#+filetags: bacterio viro
* Bactéries
** Clostridium difficile

#+title:      Hæmophilus influenza
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:19]
#+filetags:   :bactérie:bactério:
#+identifier: 20240816T121919
Résistance : regarder penicilline G
- suspicion beta lactamase, tester par cefinase
- PLP3 : faire CMI

#+title:      Listeria monocytogenes
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:17]
#+filetags:   :bactérie:bactério:
#+identifier: 20240816T121758
Résiste à 4° ! ^
* Clinique
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: clinique-4
:END:
- non invasive = gastro
- invasive: *bactériémie*, neurolistériose, infection materno-foetale
  avec forme néonatale précoce ou > 7j
* Diagnostic
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: diagnostic-5
:END:
- hémoc, PL
- non exigeant
* Résistance
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: résistance-4
:END:
- résistance naturelle *C3G*, fosfomycine, quinolone
* Traitement
:PROPERTIES:
:CUSTOM_ID: traitement-2
:END:
- amox + genta

​#bacterio ## Neisseria meningitidis

#+title:      Neisseria meningitidis
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:16]
#+filetags:   :bactérie:bactério:
#+identifier: 20240816T121647

*** Habitat

* Habitat

​#bacterio Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des
streptocoques

#+title:      Entérocoques
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:15]
#+filetags:   :bactérie:bactério:
#+identifier: 20240816T121538
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques

*** Habitat

* Habitat

*** Facteurs de virulence

* Facteurs de virulence

*** Résistance

* Résistance

*** Clinique

* Clinique

​#bacterio ## Gram

#+title:      Classification des bactéries
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:14]
#+filetags:   :bactério:
#+identifier: 20240816T121426

** Catalase

* Catalase

** Oxydase

* Oxydase

** Mobile :

* Mobile :

** Fermentant

* Fermentant

​#bacterio ### Résistances et groupe

#+title:      Entérobactéries
#+date:       [2024-08-16 Fri 12:13]
#+filetags:   :bactérie:bactério:
#+identifier: 20240816T121324

*** Escherichia coli

* Escherichia coli

*** KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia

* KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia

*** Salmonelle, Shigelle

* Salmonelle, Shigelle

Attention à la [[denote:20240722T222950][Polyglobuline de Vaquez]] masquée

4 critères majeurs ou 1+2+3 et le critère mineur
1. plaquettes > 450G/L persistante
2. BOM: prolifération surtout lignée mégacaryocytaire (majorité éléments matures, sans augmentation granulopoïèse ni érythropoïèse)
3. pas de critères d'autre néoplasie myéloïde [[denote:20240722T222950][Polyglobuline de Vaquez]],[[denote:20240815T210617][Myélofibrose primitive]], [[denote:20240815T211015][Syndromes myélodysplasiques]])
4. JAK2, CALR ou MPL

4 critères majeurs ou A1+A2+A3 et le critère mineur
- A1. plaquettes > 450G/L persistante
- A2. BOM: prolifération surtout lignée mégacaryocytaire (majorité éléments matures, sans augmentation granulopoïèse ni érythropoïèse)
- A3. pas de critères d'autre néoplasie myéloïde [[denote:20240722T222950][Polyglobuline de Vaquez]],[[denote:20240815T210617][Myélofibrose primitive]], [[denote:20240815T211015][Syndromes myélodysplasiques]])
- A4. JAK2, CALR ou MPL

Mineur : marqueur de clonalité ou absence de cause de [[denote:20240722T223056::#h:83b0d1ec-34fe-4ea4-b0a8-59423cadc7dd][Thrombocytose::Réactionnelle]]

- B. marqueur de clonalité ou absence de cause de [[denote:20240722T223056::#h:83b0d1ec-34fe-4ea4-b0a8-59423cadc7dd][Thrombocytose::Réactionnelle]]

Attention à la PV masquée par une[[denote:20240815T210446][Thrombocytémie essentielle]]

3 majeurs (ou 1./2. et 1 mineur() et 2 mineurs)
Majeurs
1. Hb > 18.5 (> 16.5 chez femmes) ou Hct > 0.49 (0.48) ou masse globulaire totale > 125%
2. biopsie médullaire : hypercellularité touchant les 2 lignées (panmyélose) avec prolifération érythroblastique, granuleuse et mégacaryocytaire + mégacaryocytes mature pléiomorphe
3. JAK2 V617F ou exon 12

3 majeurs (A1,A2,A3) ou A1 et A2 et B:

Mineurs
1. diminution EPO

- A1. Hb > 18.5 (> 16.5 chez femmes) ou Hct > 0.49 (0.48) ou masse globulaire totale > 125%
- A2. biopsie médullaire : hypercellularité touchant les 2 lignées (panmyélose) avec prolifération érythroblastique, granuleuse et mégacaryocytaire + mégacaryocytes mature pléiomorphe
- A3. JAK2 V617F ou exon 12
- B. diminution EPO

- vasculaire (court terme) : thromobse art/vein, hémorragie (!)
- hémato (long terme) : myélofibrose, myélodysplasie, leucémie aigue

- vasculaire (court terme) : thrombose artérielle/veineuse, hémorragie (!)
- hémato (long terme) : myélofibrose, myélodysplasie, leucémie aigüe

1. aspirine/saignée
2. si haut risque : hydroxyurée ou ropeginterferon

1. aspirine
2. selon le risque
   - faible : saignée
   - haut : hydroxyurée ou ropeginterferon

:PROPERTIES:
:ID:       0e98750e-686d-43c0-b9e1-3cce3750e66a
:END:
#+title: Pseudomonas aeruginosa
#+filetags: bacterio

#+title:      Pseudomonas aeruginosa
#+filetags:   :bactérie:bactério:

#+title: Bactéries
[[denote:20240816T121426][Classification des bactéries]]
- [[denote:20240515T224650][Campylobacter]]
- [[denote:20240601T183012][Chlamydia trachomatis]]
- [[denote:20240816T121324][Entérobactéries]]
- [[denote:20240816T121538][Entérocoques]]
- [[denote:20240816T121919][Hæmophilus influenza]]
- [[denote:20240515T225630][Légionelle]]
- [[denote:20240816T121758][Listeria monocytogenes]]
- [[denote:20240731T205020][Méningites bactériennes]]
- [[denote:20240608T182904][Mycoplasmes]]
- [[denote:20240515T224930][Neisseria gonorrhoeae]]
- [[denote:20240816T121647][Neisseria meningitidis]]
- [[denote:20240515T225940][Proteus]]
- [[denote:20240612T233531][Pseudomonas aeruginosa]]
- [[denote:20240612T233631][Staphylocoques]]
- [[denote:20240612T233731][Streptocoque]]

:PROPERTIES:
:ID:       2a7a609e-50c5-45c3-a5d2-a6c509bb91ea
:END:
#+title:  Mycoplasmes
#+filetags: bacterio ist

#+title:      Mycoplasmes
#+filetags:   :bactérie:bactério:ist:

:PROPERTIES:
:ID:       2929b4d1-d0a3-475c-8a15-2e427c0bbfef
:END:
#+title: Endocardites infectieuses
#+filetags: bacterio cardio

#+title:      Endocardites infectieuses
#+filetags:   :bactério:

:PROPERTIES:
:ID:       e4807368-00e0-4e3b-81e5-8231002de347
:END:
#+title: Gastro-entérites
#+filetags: bacterio viro

#+title:      Gastro-entérites
#+filetags:   :bactério:viro:

#+title:      Infections sexuellement transmissibles
#+filetags:   :bactério:ist:
- [[denote:20240515T224930][Neisseria gonorrhoeae]]
- [[denote:20240601T183012][Chlamydia trachomatis]]
- [[denote:20240601T183122][Syphilis]]
- [[denote:20240608T182904][Mycoplasmes]]

:PROPERTIES:
:ID:       7c471f75-d021-43b3-ba2a-9947f3db12a0
:END:

#+filetags: ​bacterio ist

#+filetags: :bactério:ist:

:PROPERTIES:
:ID:       e13241ae-370c-404e-9b1b-3e8619806dcd
:END:

​#+filetags: bacterio

​#+filetags: :bacterio: