import Text.Pandoc

notes = fromList $ ["notes/index.org" , "notes/japonais.org"]

notes :: Pattern
notes = fromList . map (fromFilePath . ("notes/" ++ )) $
  ["japonais.org"
  , "medecine/bacteriologie.org"
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  , "medecine/virologie.org"]
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        compile $ pandocCompiler

        compile $ pandocCompilerWith defaultHakyllReaderOptions withTOC

    -- Don't forget to set the path to temporary files

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withTOC :: WriterOptions
withTOC = defaultHakyllWriterOptions { writerTableOfContents = True }

* Clostridium difficile
- Bacille gram positif à bout carré, spores subterminales
- Anaérobie strict
- 1re cause diarrhées associées aux soins
** Préanaytique
- seulement si diarrhée et >= 3 ans
** Pathologies associée
- diarrhées : 10% nosocomiale, 10-25% post-antibio
- colite pseudo-membraneuse 95%
- complications: mégacôlin toxiuqe, perforation, choc toxique
- portage *asymptomatique*: 20-70%  *nourrissons jusque 3 ans*, adulte < 3%
** Facteur de virulence
- *toxines* A, B, adhésien, enzymes, spores
** Diagnostic
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène
- ou colite pseudo-membraneuse
- référence (fastidieux) = culture toxigénique, test de toxicité en culture
- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN => souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou immunoenzymatique (spécifique)
  => (GDH + ou PCR+) et  toxine immuno + = diag
** Post-analytique
- pas de contrôle
- 6 jours redondance
** Traitement
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction hydroélectrique
* Virale
GEA Adulte : norovirus > rotavirus > adénovirus > astrovirus
** Rotavirus
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche également adulte (ID, voyageur, contact enfant)
- Épidémies hivernales 6-24mois
- pas de vaccin
** Norovirus
- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5 ans
- Clinique:
  - début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2 jours)
  - immunodéprimé : risque diarrhée chronique
- épidémies++ (collectivités)
- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2 j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après symptômes
- vaccin: 6semaine-6mois de vie
** Autre
- Astrovirus : GEA modérée, tous les âges
- Adénovirus (40-41) : test rapide/RT-pcr, ttt sympto
- *pas d’antibiogramme* = sensible métronidazole + vanco
- hygène = *contact*, isolement, lavage *mécanique* des mains, *Javel*. Isolement levé 48h après arrêt des diarrhées

* Chlamydia trachomatis
- 19 génovars
Trachome oculaire
Infection urogénitale sexuellement transmissilbse
*1ere cause d’IST*
** Clinique
- Infection urogénitale basse/haut:  *urétrite* (homme), *cervicite* (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare  (grossesse, immunodépression)
** Résistances
- naturelle = amonisode, glycopeptitde
** Traitement
- Doxycycline (ou azithromycine pour IST non compliqué)
- infection génitale haute : doxycycline + autre
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
** Diagnostic
- *Direct* = PCR, Transcription-Mediation-Amplification
  - remboursé, sensbilité > 95%
- Sérologie : biland infertilité, LGV (immunofluorescence, ELISA)
- culture peu sensible, antigène non recommandé, pas de test de sensibilité antibio en routine
* Mycoplasmes urogénitaux
4 espèce
- /ureaplasma/ spp = commensal tracture urogénital
- /mycoplasma genitalium/ = IST, non commensal
** Clinique
- Infection urogénitale basse/haut:  *urétrite* (homme), *cervicite* (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare  (uértrire masculine, salpingite, grossesse, immunodépression)
** Diagnostic
Myc. genitalium
- *direct* non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
- test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
- pas de culture (fastidien)
Myc. hominis, Ureaplasma spp
- *direct*: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de gram car pas de paroi)
- TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
Prélèvement:
- pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis ! (commensal)
- site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN = endotrachéal, liquide gastrique
** Résistances
- naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine, rifampicine
  - Ureaplasma : lincosamide
  - homiis : certains macrolife
- acquise :
  - M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène /tet/) surtout +/- fluoroquinolones (3%)
  - M. genitalium : macrolides++ !traitement de première intention!, fluoroquinolones
** Traitement
Myc. genitalium
- non compliqué : azithromycine
- sinon : moxifloxacine
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
Myc. hominis, Ureaplasma
- infection urogénitale: tétracycline
- néonat/grosses : macrolide
- immunodépression: tétra + fluoroquinolones

#+title: Pneumopathie à Légionnelle
#+filetags: personal medecine
* Physiopathologie
- Inhalation d'aérosole depuis source hydrotellurique
- Homme = hôte accidentel avec multiplication intracellulaire
- Facteurs de risque:
  - eau contaminée Légionella + aérosol (sanitaire+++)
  - eau chaude insuffisament chaude ou froide mais pas assez
* Importance
- peu fréquente
- risque épidémique
* Clinique
Non spécifique mais y penser si
- hyponatrémie + insuffisance rénale +cytolyse hépatique + rhabdomyolyse + CRP élèvée
- extra-pulmonaire : neuro (confusion), diarrhée, insuf rénale
- pas d'amélioration sous β-lactamine
* Diagnostique
1. antigénurie
   - si positive = confirmé : culture échantillon respiratoire (épidémio)
   - sinon : PCR échantillion respiratoir (immunodéprimé++)
Attention: Antigénurie =
- seulement type 1 (85%) -> PCR si négatif/suspicion
- persiste (parfois 1 an !)
Culture = croissance lente (3-5 jours), sur BCYE
* Antibiotique
- macrolide (azithromycine) si peu sévère 7-14 jours
- sinon FQ ou assoication 2 parmi macrolide, FQ, rifampicine
* Déclaration obligatoire !
- pas de résistance décrite !
- β-lactamine insuffisante

#+title: Méningites
#+filetags: personal medecine  microbio
- Envahissement LCR par bactéries
- Virale sans encéphalite = habituellement bénin, guérit spontanément
- Bactérien = pronostic vital engagé à court term +/- séquelle neuro
- Ttt = ATB IV forte dose
- passage dans le sang : depuis
  - oropharynx (enfant, adulte)
  - tube digestif (E. coli, strepot agalactiae) (néonat > 72h)
  -ou via placenta si bactériémie par la mère [Listeria] (néonat)
- Néonat : non spécifique => PL si fièvre sans cause évidente
- Méningoencéphalitue : +signe neuro/psy
- Autres : Lyme, leptospirose, syphilis, immunodéprimé
* Examens
- Gélose sang cuit + vitamine sous CO_2 +/- anaérobie, bouillon d'enirchissement
- Gram:
  - Cocci G- diplococque : Neisseria meningitidis
  - Bacille G+ : listeria monocytogenes
  - Bacille G- : Haemophilus, E.coli, Brucella, salmonella
    Attention : culture peut être négative si ne pousse pas sur milieu usules (Tuberculose) ou décapité ATB
- Aérobie strict. Fragile. Commensal oropharynx. Humain
- C3G IV, *déclaration obligatoire*, *rifampicine cas contact* +/- vaccins
- Prévention : vaccin sérogorupe C mais pas pour le B.... Voyage : A,C,Y,W
- Vaccin 13 sérotype
- Amox si strepto agalactia, céfotaxime si E.coli (50% pénicillinase), amox si listéria (résistance céphalo)
** Néonatal
- maternofoetal ou transmission tardive (>72h) par IU/translocation digestive
** Streptococcus pneumoniae
- Aéro/anaérobie, fragile, commensal oropharynx
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP)  30-60% => *CMI péni G, amox, céfotaxime*
- C3G IV + cortico. Pas de prophylaxie.
** Neisseria meningitidis
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP)  25 => *CMI péni G, amox, céfotaxime*
  - Cocci G+ diplocoque/chainette : strepto pneumonia, agalactiae
- Cytologie :
  - bactérienne  > 500/mm^3 (rares cas sans pléiocytose en début d'infection)
  - virale = pléiocytose modérée (500 en moyenne)
- MGG après centri :
  - bactérie = majorité de PNN
  - virus, mycobactérie =  majorité mononuclé/lympho
  - virus, listeria, brucella = mixte (panaché)
- Biochimie :
  - bactérie: CRP, PCT élevé, protéinorachie > 1G/L, glycorachie/glycémie < 0.5
  - virale : protéinorachie normale/modérément éleée, glycorachie/glcyémie normale > 0.6 (attention: *absence de pléocytose parfois*)
* Virale
Diag différentiel =
- bactériennes+++, parasitaire, fongique
** Détection génomique spécifique
** Étiologies
  - été, automne
  - 70% sont des enfants
  - tous les types peuvent être respnsable de méningite mais certains types peuvent être associés à des formes sévère
  - bénignes mais formes graves possible (nouveau-né, immunodéprimé)
  - diag = RT-PCR entérovirus dans LCS. Si négatif : gorge, selles, aspiration (attention à l'excrétion prolongée..)
- parechovirus : enfant < 2ans
  - RT-PCR LCS, sang
  - traitement sympto
- HSV2: éruption génitale, ATCD
  - PCR spécifique CLS
  - traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- VZV : zona, paralysie faciale
  - PCR spécifique
  - traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- autres:
  - primo infection VIH (prise de risque): 10% primo-ifection. Diag = séro +/- charge virale
  - LCMV (rongeur), arbovirus (voyage - West nile)
** Herpétique
- *mortelle dans 70%* => urgence thérapeutique
- la plus fréquente des encéphalite sporadiques
 Diagnostic = PCR sur lCS
*** Physiopath
- muqueuses de la fac -> lance ganglion trijumeau. Rarement accès SNC (via muqueuse nasale ?)
- lésions cérébrales : focales (temporales, uni -> bilatérales)
- éncéphalite pure -> méningo-encéphalite
*** Clinique
- Début progressif, fière > 48h
- Céphalées, nausées vomissement
- Aphasie, désorientation, conscience
- Crises convulsives focale -> génralisé
- Déficit neuro focalisé. *Cherche signe HTIC = contre-indication PL*
*** Biologique
- PL: 5-5000 élément, majoritairement lymphocytaire; glycorachie normale, protéinorache modérément élevée (<1.5g/L)
- *PCR HSV* si encéphalite + méningite lymphocytaire. La PCR doit pouvoir différencier HSV1 et 2 (2 = exceptionnel sauf nouveau-né)
  - *PCR peut être négative initialement* : répétér à 48/72h
- Sérologive : utile chez l’enfant (sang + LCS)
*** Autre
- EEG = focal (temporal), imagerie = focal (temporal), nécroto-hémorragique
*** Traitement
- *Après la PL, sans attendre*: aciclovir IV 15 jours
- contrôle par PL : seulement si non amélioration clinique : si PCR positiv, poursuite 7j
  - oreillons (parotidite, vaccins): RT-PCR dans LCS, ttt symptomatique
- *Entérovirus= 90% des cas*
-  néoplasique, inflammatoire, dysimmunitaire, toxique
** Épidémiologie
- enfant, adulte : *Neisseria, Strepto pneumo* +/-- H. influenza, strepto pyogenes, agalactiae, listeria
- néonat : *Strepto agalactia*, E.coli,
** Clinique
- Communautaire = > 39° + syndrome méningé (céphalé, raideur nuque, vomissement, photophobie)
- autres : brèche ostéoméningée, complication infection systémique (borréliose..)
** Physiopathologie
Étiologie
* Bactérienne
- virale = 90%, entérovirus 70-90%, bénigne, arrêt des traitements antibactériens
- bactérienne : 1300cas/an, selon âge/terrain, grave, diagnostic et traitement *urgent*

#+title: Maladies infectieuses
#+filetags: personal medecine microbio
- [[id:9347af68-14c8-4bc0-b986-9dc4da51c13d][Infections urinaires]]
- [[id:a36141db-9bb2-48ff-8c48-f96bbc4aebf6][Gastro-entérites]]
- [[id:c4eaf677-0289-44a3-8223-98888ce157d1][Endocardite infectieuse]]
- [[id:ae7e200a-30e8-44b5-8566-221968f2e464][Infections cutanées]]
- [[file:diarrhees.org][Diarrhées]]
- [[id:ea96632b-27d0-4c90-9320-d2d648c62ead][Pneumopathie à Légionnelle]]
- [[id:2b2994ab-e0e4-42e3-a3d5-1da638a5a69e][IST]]
- [[id:aeb5952d-602e-4ec1-8ce2-304825668eb6][Angines]]
- [[id:7cc7020d-7ac1-42ad-8c90-3b534736924f][Méningites]]

#+title: Infections urinaires
#+filetags: personal medecine
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
* Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
* Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
* Étiologie
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme jeune
* Virulence
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
* Interprération
| Dispositif | Clinique | Leucotyurie | Bactéurie  | IU                   | Antibiogramme |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Non        | oui      | oui         | cf seuils  | oui                  | oui           |
|            | non      | oui/non     | >= 10^3    | colonisation         | non           |
|            | oui      | non         | cf tableau | débutant/neutropénie | oui           |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Oui        | oui      | NC          | >= 10^5    | oui                  | oui           |
|            | non      | NC          | >= 10^3    | colonisation         | non           |
- *colonisation* femme *enceinte* avec bactérurie >= 10^5 groupes 1 à 3* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si > seuil
Clinique > biologique (décapité par antibio, croissance lente)
* Uropathogènes emergents
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
- chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia

#+title: Infections cutanées
#+filetags: personal medecine
Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon, dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
Primaire -> secondaire
- folliculite/furoncle  -> 0
- abcès cutané primaire -> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -> impétigination
Germes = *Staph aureus*, *Strepto. pyogenes*
* Érysipèle
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour *S. pogenes*
- adulte obèse, porte d'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, *sans nécroise*
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement *oui*, amox orale ambulatoire, pas d'AINS ni cortico
* Furoncle, anthra, furonculose
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- *S. aureus producteur de LPV*
- diag clinique = nodlle inflammatoire avec nécrose au centre
- cemplication = abcès secondaire, *staphyloccice maligne de la face* (thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV *inutile*
- traitement: pas d'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC si fièvre, > 5cm...
* Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccoqiue
- INfection aigǜe de la main la plus fréquence (pule doig, sousungéulaire...)
- *S. Aureus*
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d'antibio si inflammation local, *chirurgie* si abcès (douleur intense, pulsatile)
* Impétigo
- Dermo-épidermite superficielle
- *S. aureus* pays développés, *S. pyogènes* pays à faible ressources
- *contagieux*, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pygenes)
- prélvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
  - local si peu étendu et crouteux : antiseptique, aicde fusidique
  - systémique si bulleux, étendu : β-lactamine

#+title: Gastro-entérites
# -	Pour Norovirus et Rotavirus :
# o	Epidémiologie/ transmission, durée d’incubation, physiopathologie, symptômes
# -	Pour Adénovirus, Astrovirus
# o	Epidémiologie/ transmission, symptômes
# -	Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
# -	Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
# -	Principales mesures d’hygiène permettant de lutter contre une épidémie de GEA
Principale complication = déshydratation
* Virale
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine)  ou indirecte (aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l’acadidé gastrique
- toutes tranches d’aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo, vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire), PCR temps réel
  - immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -> technique plus sensible
** Rotavirus
- Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
- Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets contaminés par des feces/vomissure.
  NB: perte de son infectiosité en milieu humide
*** Épidémiologie
- groupe A:
  - France, enfant < 5 ans  140 000 consultations, 18 000 hospitalisaiton, décès exceptionnel
  - *1ere cause de diarrhée aigùe de l’enfant < 5 ans*
- 1ere cause d’infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32% nosocomiales selon les pays
  - monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères, 600 000 morts/an (pays bas/moyens revenus)
- adulte/enfant plus gế : réinfetion commune mais clinique très modérée. Surtout un vecteur de transmission
*** Physiopathologie
*** Clinique
- variable : asymptomatique - diarrhées malabsorption/sécrétoire
- incubation < 48h
- symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut précèder de quelques jours et persister 8-10 jours
  - infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois (immunité maternelle) (NB : immunité secondaire chez adulte)
- diarrhée
  - aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive), vomissement, douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
  - intensité = variable
  - consistance variable (molle - liquide)
*** Diagnostic
- Test immo-chromatographique
- Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans les selles (anticorps monoclonaux)
** Norovirus
*** Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures, projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
*** Épidémiologie
- Surtout en hiver
- *> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit l’âge*
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
  Attention: persistance excrétion virale semaine après la guérison
*** Physiopathologie
*** Clinique
- Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement déshydratation)
- Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que rotavirus)
- Incubation 4-77heures
- Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
- Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
- Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé (perte de poids, déshydrataition...)
*** Diagnostic
- test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
- standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
*** Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Pas de vaccin
** Adénovirus
*** Épidémio
- toute l’année (épidémique ou sporadique)
** Astrovirus
*** Épidémio
- 1-4% GEA enfant et adulte
*** Physiopatho
Entérocytes matures , sommets des villosités
*** Diagnostic
ELISA
RT-qPCR
** Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
- forme sévère de l’enfant: recherche rotavirus
- porteur asymptomatique en pédiatrie
- enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation + symptôme (prévenir infection nosocomiale)
** Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
- immunodétection ou PCR temps réel -> noro, rota, adéno, sapovirus, adénovirus
- Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent -> recherche norovirus
** Principales mesures d’hygiène permettant de lutter contre une épidémie de GEA
Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
- Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
- norovirus :
  - règle d’hygiène en voyage
  - lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus, prélèvement régulé, isolement des patients à risque
- épidémies en hiver, surtout nourrisson
- *3-6% GEA infectieuses du nourrisson*
*** Physiopatho
- Largement répandu dans la population mais pas d’immunité
- Lyse cellule
*** Clinique
- Immunocompétent : *oculaire* (conjonctivite, kérato-conjoctivite), *respiratoire* (ppharyngite, bronchite, pneumotahie), *digestif* (gastro)
- Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie, méningoencéphalite, héptatie) ! potentiellement mortel !
*** Diagnostic
- Formes graves chez l’immunocompétent, dépistage chez immunodéprimé
- PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
*** Traitement
Cifodovir = IV, nombreux effets indésirable
*** Prophylaxie
- Transmission féco-orale, *respiratoire*
- Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
- Endémie avec pics (hivers, printemps)
*** Structure
Capside, non enveloppé, double brin
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du voyage, hôpital = idem
- mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé, immunodéprimé)
- Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire -> malabsorption transitoire (altération système enzymatique des entérocyte)
- invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
- *Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC* (eau souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
- Souvent sous forme d'épidémie.
*** Structure
Capside, non enveloppé, *simple brin* (\approx ARN messager)s
- RT-PCR, RT-qPCR
 Lésions des entérocytes matures de l’intesting grêle (multiplication du virus) : dérégulation puis destruction. Mécanismes :
 1. sécrétion eau, électrolytique ->  diarhée sécrétoire
 2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique -> diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique dans l’intestin)
*** Structure
Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
- multiplication dans les entérocytes de l’intesting grêle
#+filetags: personal medecine

#+title: Endocardite infectieuse
#+filetags: personal medecine
- Rare (5cas/million), grave (20% décès)
- Souvent iatrogène
- Traitement difficile (biofilm)
- *Gram positif*
  - staph aureus/coag négative : cutané, cathéter, toxico IV
  - strepto : bucco-dentaire, digestif
  - entérocoque = digestif, urinaire
  - HACCEK = bucco-dentaire [Bacille gram neg croissance lente + physio = Haemophilus, Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium hominis, capnocytophaga, Kingella kingae]
  - candida = cathéter, toxico
- Diag: critère de duke pour hémoculture : 2 positive à germe typique ou >2 à germe atypique
  - négative dans 5-10% E
I

#+title: Culture
#+filetags: personal medecine bacterio
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Chromogène urinaire = non sélectif
  - rose = activité \beta-galactosidase
  - bleue = activité \beta-glucotosidase
  - violet = les 2
  - brun = tryptophane désaminase
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas
    Exemple:
*** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
  - jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour Salmonelle)
  - rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont Pseudomonas aeruginosa)
  - rouge = fermente mannitol → Yersinia
* Hémocultures
** Contamination ?
Probable si
- positivé lente, cathé (50% réa),
- espèce = staph épi, stap coagulase négative (sauf lugdu !), coryne, strepto α-hémolytique, cutibacte, bacillus
Règle :
- 1 positif parmi 3 paires [prélèvement unique/multiple] = probable faux positif
- >= 2 positifs parmi 3 paires [prélèvement multiple] = vrai positif si clinique non expliquée par autre infection, matériel
- >= 4 positifs parmi 3 paires [prélèvement unique] = idem
- autre = difficile
** Négative
- volume insuffisant, antibiothérapie
- non cultivae : mycobactérie, candida, filmanteux, intracellulaire (rickettsia, coxiella)
** Bacille gram négatif
penser
- bacillus
- corynebacterie
- listeria
- si ana: campylo
** Résultat intermédiaire
- pyo = ceftazidime
- polymicrobine = revoir antibio
- entérobacter groupe 3 = céfépime car risque élevé de céphalosporinase hyperproduite
- Gélose Salmonelle-Shigelle : inhibiteur gram+, _lactose_
  - centre noir = H2S → Salmonelle
  - jaune = pas de fermentation → Salmonelle/Shigelle
  - centre noir = formation de H2S →_Salmonelle
  - vert/bleu = pas de fermetation → Salmonelle/Shigelle
    |            | Bas               | Haut             |
    | Shigella   | glucose+ (jaune ) | lactose- (rouge) |
    | Pyo        | glucose-(rouge)   | lactose-         |
    | Salmonelle | noir (H2S)        | noir             |
    | E.col      | glucose+          | glucose+         |
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine, Triméthoprime)
  une bactérie va d’abord fermenter  le glucose (en bas) puis le lactose (en haut). Donc lactose+ et glucose- n’est pas possible. Passe au jaune si acide.
- BCSA : inhibe gram+ → Burkholderia
- BCYE : Legionnella
  NB: aztreonam inhibe pousse proteus, pseudomonas
- Cétrimide (ammonium) → P. aeruginosa (production pycyanine)
- Chapman : NaCL, mannitol
  - jaune = fermente mannitol → S. aureus
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose →
  - jaunes = BGN fermentant lactose = escherichia, citrobacter, enterobacter, klebsiella
- Granada (MTX) : inhibe Gram - → S. agalactiae
- HAE2 : inhibe bactéries gram + → Haemophilus spp. Prélèvements respiratoires et génitaux
  - bleu = BGN ne fermentant pas le lactose = serratia, salmonella, shigella, proteus, yersinia, pseudomonas
- Chocolat enrichi : bactéries exigeantes (prélèvement profond)
- CAP (colistine + aztreonam) = inhibe Gram - → streptocoque+++, listeria, corynebacterie, uropathogène émergents
** Autres
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en anaérobie) → prélèvement profonds, IO
* Culture
:PROPERTIES:
:ID: 718b876d-2837-41b4-b4a1-e6b0b4236ba7
:END:

#+title: Classification bactéries
#+filetags: personal bacterio medecine
* Classification
** Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l'éthanol de laver la coloration
  Aérobies
graph {
splines=false;
node [shape=box]
cocciPlus [label="Cocci"]
cocciMoins [label="Cocci"]
bacciPlus [label="Bacilles"]
bacciMoins [label="Bacilles"]
"Aérobies" -- {"Gram +" "Gram -"}
"Gram +" -- {cocciPlus bacciPlus}
cocciPlus   -- {"Amas" "Chaînettes" "Entérocoques"}
bacciPlus -- {"Listeria\nCorynebacterium\nBacillus\nErysipelothrix\nNocardia"}
"Amas" -- "Staph. aureus\nStaph coagulase négative"
"Chaînettes" -- {
                "Strepto hémolytiques"
                "Strepto pneumonia"
                "Autres strepto"
                         }
"Strepto hémolytiques" -- {"Strepto. pyogenes (groupe A)\nStrep. agalactiae (B)\nStrepto dysgalactiae"}
"Gram -" -- {cocciMoins bacciMoins}
cocciMoins -- "Neisseria\nmenigitidis/\ngonorrhoeae"
bacciMoins -- {
              }
}
#+END_SRC
graph {
node [shape=box]
"Anaérobies" -- {"Gram+" "Gram-"}
"Gram+" -- "Clostridium tetani, botulinum, perfringens, difficile\nPeptococcus\nPropionibacterium\nActinomyces"
"Gram-" -- "Bacteroides\nFusobacterium\nPrevotella\nPorphyromonas"
}
#+END_SRC
graph {
node [shape=box]
"Autres bactéries" -- {"Atypiques" "Spirochètes" "Mycobactéries" "Autres"}
"Atypiques" -- {"Intracellulaire\nChlamydia\nRickettsiales\nBartonella\nCoxiella" "Sans paroi\nMycoplasma\nUreaplasma"}
"Spirochètes" -- "Treponema\nBorrelia\nLeptospira"
"Mycobactéries" -- "M. tuberculosis\nleprae\atypiques"
"Autres" -- "Tropheryma whipplei"
}
#+END_SRC
** Catalase
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par le peroxyde d’oxygène
|                | Catalase +        | Catalase -    |
|----------------+-------------------+---------------|
|                | aérobies strictes |               |
| Cocci gram+    | staph             | strepto       |
| Bacille Gram + | Listeria          | Lactobacillus |
|                | Corynebacterium   |               |
|                | Propionobacterium |               |
** Oxydase
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la plupart des cellules vivante)
| Oxydase +      | Oxydase - |
|----------------+-----------|
| Aeromonas      |           |
| Bordetella     |           |
| Branhamella    |           |
| Brucella       |           |
| Burkholderia   |           |
| Campylobacter  |           |
| Flavobacterium |           |
| Moraxella      |           |
| Neisseria      | staph     |
| Pasteurella    |           |
| Plesiomonas    |           |
| Pseudomonas    |           |
| Vibrio         |           |
** Mobile :
- Céphalotriches: un cil à chaque extrémités
- Lophotriches: un cil à chaque extrémités
- Péritriches : cils tout autour -> mouvement désordonné
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum; Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
  - Legionella
** Fermentant
BGN:
- non fermentant = environnement (pyo)
- fermenant le lactose = entéro (commensal)
  - *Entérobactéries* : sauf Shigella, Klebsiella
  - Vibrio, Aeromonas
- Monotriche = 1 cil (triche = poil) -> va dans une direction à l’examen direct *pseudomonas*
[[../../images/microbiologie/autres.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/autres.png :exports none
[[../../images/microbiologie/anaerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/anaerobies.png :exports none
[[../../images/microbiologie/aerobies.png]]
              "Entérobactéries\nE. coli, Klebsiella\nEnterobacter\nSerratia\nProteus\nSalmonella\nShigella\nYersinia\nCitrobacter"
              "Autres:\nPseudomonas\nStenotrophomonoas\nAcinetobacter\nCampolybacter\nVibrio\nBordetella\nHaemophilius"
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/aerobies.png :exports none

#+title: Bactéries
#+filetags: personal medecine
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non sporulé
Associé à la paroi:
- *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* :
  - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique dermonécrotique
  - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T)
  - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
  - entérotoxines thermostables -> TIAC
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à coagulase négative)
Résistance fréquent à l’hôpital
- β-lactamines :
  - phénotype sauvage sensible
  - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g): résistance pénicilline G, V, A -> ajout d’inhibiteur de β-lactamase
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre de masse/biochimiue
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
Bacille Gram négatif, très mobile
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier les 2
- Hémolyse : α  partielle, β = totale.
En première approximation :
- α-hémolyse = non-groupable
  - /pneumoniae/ résistance par chimérisme PLP (acquis)
  - autres anginosus, mitis, sanguinis, bovis, salivarius, mutans
- β-hémolyse = groupable. Les plus importants
  - Groupe A = S. pyogenes.
- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne (polyoside C) avec mise en évidence de l'antigène par agglutination.
Infections graves = /pyogenes/, /pneumoniae/.
Commensal mais opportunistes (immunodépression) : oraux (*endocardite*, SDRA)
** Classification
  - Groupe B = S. agalactiae
  - C : /dysagalactia/ (rarement /equi/)
  - G : /dysgalactia/, /canis/
/Note/: certaines sous-espèce de Lancefield peuvente être alpha-hémolytique
** Résistances
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité diminuée)
A. BLSE
   - résistance pénicilline, C1, C2, C3G
   - sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
   - détecté par ceftazidime + acide clavulanique
B. Métallo-beta-lactamases
   - résistance comme B. + carbapénème
C. ampC céphalosporinase
   - résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
   - détecté céfoxitine
D. oxacillinase
   - sensible β-lactamase
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée, accouchement.
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l’invasion tissulaire)
- Streptolysine = hémolyse β-complète
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin...
Pyogène = responsiable d’infections suppurées
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc toxique streptococcique
- complications post-streptococciques  (rare) = immunologique :
  - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Catalase -, oxydase -
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d’efflux, modiifcation cible ARN23S
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
Transmission goutelette, interhumaine
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d’ulitiser les inhibiteurs de betalactamase)
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe, bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d’un foyer pulmonaire
Groupe selon la résistance *naturelle* β-lactamine
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène possible.
- Pas d’exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -> adhère à l’endocarde et l’urothelium -> endocardite et infections urinaire
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique sur > 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine, glycopepited, lipopetide) = synergie
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
  - 2 pics : nourisson < 1 an (système immunitaire immature), ado/jeune adulte (socialisation)
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par goutelettes
Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) -> seulement souches
Résistance : regarder penicilline G
- suspicion beta lactamase, tester par cefinase
- PLP3 : faire CMI
* Listeria monocytègene
Résiste à 4° !
^
** Clinique
- non invasive = gastro
- invasive: *bactériémie*, neurolistériose, infection materno-foetale avec forme néonatale précoce ou > 7j
** Diagnostic
- hémoc, PL
- non exigeant
** Résistance
- résistance naturelle *C3G*, fosfomycine, quinolone
** Traitement
- amox + genta
* TODO Haemophilus influenza
  - ceinture de la méningite (Afrique sahel + subusaharienne)
** Habitat
* Neisseria meningitidis
- glycopeptide
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification cible++, efflux, protection ribosomale
- en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
- attention aux entérococques résistant vancomycine (surtout E. faecium): /vancA/ /vancB/
** Clinique
- multi-résistance chez E. faecium
- aminoside (bas niveau)
** Résistance
- Naturelle : *céphalosporine*
  - faecalis = résistance oxacilline, C3G, ertapénème, lincomycine, acide fusidique
- *E. faecalis = sensible amox*. E. faecium = résistant 80-90%*
Commensal gastrointestinal + génital chez les femmes
Augmentation des infections avec les années
** Facteurs de virulence
** Habitat
- Bacille gram négatif, non sporulé, aéro-anaérobie facultatif
- non exigeat
- catalase, nitrate réductase
- pas dans le microbite digestf normal de l'homme
- porte d'entrée digestive
- responsible de
  - maladie du péril fécal (pays en voie de développement : Salmonelle typique et non typqiue, Shigelle)
  - TIAC : salmonelle non typhique >> shigelle
    - rappel:  TIAC>= 2 cas, déclaration opligatoire
- salmonelle :
  - strictement humain = sér. Typhi, paratyphi => fièvre (para)typhoïde
  - animale = non typhique: gastroentérite
- shigelle : dysenteria... strictement humain => dysentérie bacillaire, gastroentérite sanglante
*Entéro-invasif*
- shigelle : envahissement + destruction cellules épithéliales (syndrome dysentérique)
- salmonelle  : envahissement sans destruction de la muqueuse (sd gastroentéritiques) +/- production de toxique
Clinique:
- salmonelle typhique: 1-2semaine incubation, fièvre continue élevée 40`, bactériémie, tuphos, diarrhée/constipation`
- salmonelle non typhique: incubation 12-36h, diarrhée fébrile, vomissement
- shigelle: incubation 1-3j, fièvre élevée, selle avec sang, glaire, pus, douleurs abdominales violentes
- selles +/- sang pour salmonelle (para)typhique
- diag moléculaire
- culture:
  - Hektoen, Drigalski (BG-) : lactos-, h2s+
  - pour salmonelle : bouillon d'enrichissement
- identification: *salmonelle non différencie d'e. coli*
  - shigelle = immobile
  - shigelle = fermentation manitol ( sauf s. dysenteria )
- BG-
- diarrhée infectieuse aigue = symptom
  - antipyrétique,
  - maintien hydro-élecrique
  - régime sans résidu
  - ! contre-indication ralentisseur du transite (lopéramique)
  - +/- antibio si forme grave > 3 ours, ID... : FQ/azithromycique
- bactériémie : FQ/azithromycine,/ceftriaxone
Déclaration obligatoire : TIAC, fièvre (para)typhoïde
Vaccination en prévention salmonelle typfique
* Entérocoques
*** Traitement
  - "SS" (salmonelle/shigelle): salmonelle = lactose - et SH2+
*** Diagnostic
*** Physiopath
*** Pouvoir pathègene
- Groupe 1 :
  - céphalosporinase chromosomique de très bas niveau.
Vert (β-glucosidase +)
** Salmonelle, Shigelle
  - Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à spectre étendues, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
** KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia
** Escherichia coli
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella, Providencia, Citrobacter freundii, /Klebsiella aerogenes/
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella (pneumonia, oxytoca), Citrobacer koseri, Shigella (!)
* Entérobactéries
** Résistances et groupe
- sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
- Gènes mosaïque avec PLP chimérique
- 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité diminué pénicilline)
*** Clinique
*** Résistance
- adhérence cellules épithélium rhinopharynx
- facteurs de virulence non capsulaire
*** Pathogénicité
Voie respiratoire supérieure
*** Habitat
-Pathogène n.1 des *infections materno-foetales* des pays développement.
 - périphérique = infection probable
 - Mortalité 10%, séquelle 20-30%
 - aérobie-ana facultative
 - catalase négative, *β-hémolytique*
 - groupe B lancefield
 - adulte : infection sujets à risque
 - grossese : chorioamniotite, endométrite
 - nouveau-né: infection néonat précoce <7 j, tardive > 7 jour
 - transmission : sang (mère avec bactériémie -> enfant), vaginal (+/- rupture membrane)
 - 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
   - pneumopathie
   - septicémie, méningite (20%)
- *Naturellement sensible β-lactamine* = 1ere intention
- Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
- 30% macrolide et clinda
- Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
- Mère : hémoc si > 38°, PV
- MALDI/sérogroupage de lancefield
- Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -> antibio si +
- ATB per-partum péni-G/amox
- note: l’antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais seulement pour les infections avant 7 jours)
** Strepto. pneumoniae
*** Prévention
- PCR possible (LCR++, respi)
- ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec < 24h habituellement)
*** Diagnostic
*** Résistance
*** Pathogènicité
 - commensale digestif, génital 10-30%
*** Bactério
 - c+ diplococque/chaînette
 - dans le sang ou lCR = infection certaines
** TODO Strepto agalactiae
*** Sensibilité, résistance
- Résistance optochine, sensbile bacitracine
*** Diagnostic
- non invasive = *angine* érythémateuse/érythémato-pultacée, otite moyenne aigüe de l’enfant, scalratine, infection cutanée
*** Clinique
- toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
*** Habitat
- exotoxine :  activation et prolifération d’une sous population lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
*** Facteurs de pathogénicité
** Streptococcocus pyogenes
   - sensible carbapénème
- pas de β-lactamase
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification cible++, efflux, protection ribosomale
- glycopeptide, linézolide : pas de résistance
** Classification d’Ambler
- α-hémolytique : dépistage disque péniG: si résistant, CMI d’une β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)
- *β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine*
Naturellement plus résistante que d'autres Bacille gram -
  - Catalase positif - lactose négatif
  - amox
  - anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
  - cotrimoxazole
  - nitrofurantoine
  - macrolides
  - azithromycine
Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
- β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
- enzyme modificatrice aminoside
- effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
- imperméabilité (porine OpriF)
- Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine...
- gène codant β-lactamase
- Attention: certaines souches accumulent des résultats
- β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase
  Quand chercher BLSE ?
  - synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
  - synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide clavulanique
  Quand chercher carbapénémase ? (> 90% cabarpénème)
- β-lactamine:
  - ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
  - céfépime
  - ceftolozane + tazobactame
  - imipénème, méropénème
- Aminoside
- FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
- colistine
* Streptocoques
  - ceftazidime +/- avibactame
*** Antibiotique
*** Résistance acquise
  - C1G, C2G, *céfotaxime* (/! utilisé pour mécanisme/), ceftriaxone, *ertapénème*
*** Résistance naturelle :
** Résistance
- suspicion responsable d'infection
- colonisation de patients fragile (ID, intbués)
- pulmonaire isolé de patients muco, BPCO, DDB
** Diagnostic
** Quand réaliser un antibiogramme
- mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique
Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides
*Opportuniste* : 10% des infections en hospitalisation
- Bacille gram négatif, *mobile*, oxydase négatif, nitrate-réductase positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
* TODO Pseudomonas aeruginosa
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses bactériennes communautaires
- transmission animale -> homme par *alimentation* : surtout *jejuni*, *coli*, *fetus*
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
** Pouvoir pathogène
- douleur abdo
- *gastro-entérique aigue fébrile* : (diarrhées aqueuse voire mucosanglange, fièvre , vomissement)
- syndrome de l'intestin irritable
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
  - examen direct : en forme de S, non sporulé, en "vol de moucheron"
- culture : sélectif en microaérobie
- MALDI-TOF
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M, céphalosporine, triméthoprime, streptogramine B
- déshydratation
- si fièvre > 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée, femmes enceintes: *azithromycine*
- systémique : aminoside  + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
** Prévention: hygiène (eau, alimentation)
* Proteus mirabilis
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
** Traitement
** ATBgramme
- *oxydase+*, catalase souvent +
- syndrome de Guillan-barré
** Diagnostic bactério
- bactériémie
- Microbiote digestive de nombreux animaux : /jejuni/ = oisaux, /coli= porc
* Campylobacter
- Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l'hôpital : matériel (prothèse, valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S. ludgunensis (infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
*** Staphylococcus saprophyticus
** Staphylococcus non aureus
*** Traitement habituellement actifs
  - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les β-lactamines *et imipénème*. Souvent multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
    - vancomycine en 1ere intention
    - C4G possible mais pas en france
*** Sensibilité et résistance
*** Diagnostic
*** Clinique
*** Habitat
*** Facteurs de virulence
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative >> aureus) via
  - Nouveau gène mecC: code PLP2c
  - S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK)  : modification de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
- glycopeptide : exceptionnel
** Staphylococcus aureus
  - phénotype MLS_B: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique = 5% SAMS mais 80-90% SARM)
  - la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) [= zone génomique comprenant /mecA/ qui code pour la protéine PLP2a
* Staphylocoques
** Résistances

#+title: Antibiotiques
#+filetags: personal medecine microbio
- \beta-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont une membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie \beta-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque : destruction de la paroi par les \beta-lactamine pour que l'aminoside accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides, fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les bactéries "intracellulaires " (Chlamydia, Coxiella burnetti, Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella )
Entérobactéries
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient bactéricide
Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d'acide folique
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -> large et homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble nerveur, inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
  - quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes chez l'adulte
  - 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
  - 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus mous
    Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli, Klebsiella)
Pour anaérobie strictes
* Métronidazole
* Fluoroquinolone
* Sulfamide
Action = bactéricide, concentration dépendant. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
- C4G = céfépime (FEP)
* Aminosides
* Piège
- SAUR sensible oxa mais résistance peni G => pénicillinase -> résistance à toute les pénicillines
- SARM = résistance à toutes les βlactamanes dont imipénème
- Aminoside
  - résistance gentamicine => forcément résistant tobramycine, amikacine, kanamycine
  - résistance amikacine => forcément résistant kanamycine
- FQ : résistance à ofloxacine => forcément toutes les quinolones
** MSLB
Résistance à l'érythromicine
- sensible pristinamycine : regarder si induction ("interaction"), si oui, MSLB inductible donc possible sélection de mutant.
- résistant pristinamycine : MSLB constitutif
- C1G = céfalotine (CF)
- C2G = céfoxitine (FOX)
- C3G = céfixime (CFM), céfotaxime (CTX), ceftazidime (CAZ)
|               |         | Pénicillinase | Pénicillinase déréprimée | Céphalosporinase | Céphalo. déréprimée | BLSE    | Carbapénémase  |
|---------------+---------+---------------+--------------------------+------------------+---------------------+---------+----------------|
| amoxicilline  | AMC     | R             | R                        | R                | R                   | R       | R              |
| ticarcilline  | TIC     | R             | R                        |                  | R                   | R       | R              |
| piperacilline | PIP     | I/R           | R                        |                  | R                   | R       | R              |
| amox+inhib β  | AMC     |               | I/R                      | R                | R                   | *S/I/R* | R              |
| pipe/ticar    | PCC/PTZ |               | I/R                      |                  | I/R                 | *S/I/R* | R              |
| + inhib β     |         |               |                          |                  |                     |         |                |
|---------------+---------+---------------+--------------------------+------------------+---------------------+---------+----------------|
| C2G           | FOX     |               |                          | I/R              | I/R                 |         | I/R            |
| C4G           | FEP     |               |                          |                  |                     | I/R     | S (OXA-48)/I/R |
| carbapénème   |         |               |                          |                  |                     |         | I/R            |
| C3G           | CTX     |               |                          | I/R              | I/R                 | I/R     | S (OXA-48)/I/R |
| C1G           | CF      |               | I/R                      | R                | I/R                 |  R      | R              |
- Groupe 1: TRI = résistance amox/ticar/pipe + inhibiteur β-lactamase
- *Céphalosporinase* = *inhibée oxacilline*
- *BLSE* = inhibée par acide clavulanique => *"bouchon de champagne"*
  - synergie C3G/C4G - ticar + acide clavulanique
  - ne touche pas les carbapénèmes
  - cefoxitine non touchée => permet de différencer d'une céphalosporinase déréprimée (voir tableau)
* Résumé
PéniM = oxacilline, cloxacilline
PéniA = amox
(1) limité car mauvais biodisponibilité
* Interprétation
|                     | Macrolides (1)                | Lincosamide (2)  | Métronidazole                           | Glycopeptide (3)           |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| Utile               | Intracellulaire, streptocoque | Strepocoque      | Anaérobie (sauf Acineto, cutibacterium) | Streptocoque, pneumocoque  |
|                     | Staphylocoque metiS           | Staphylocoque    | Parasite                                | Entérocoque, staphylocoque |
|                     |                               |                  |                                         | metiS/metiR                |
|                     |                               |                  |                                         | Clostri                    |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| Résistace naturelle | entérobactérie, P. aeruginosa | BGN, E. faecalis | Autres                                  | BGN                        |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| résistance acquise  | staph, pneumocoque, strepo A  | staph, strepto   |                                         |                            |
(1) erythro, azithromycine, clarithromycine
(2) clindamycine
(3) vancomycine
|                      | Carbapénème                              | FQ                        | Aminoside (2)                      |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Utile                | Entérobactérie, P. aeruginosa            | Entérobactérie            | Staphylocoque metiS                |
|                      | Entérocoque, Staphylocoque metiS         | Intracellulaire           | Listeria monocytogenes             |
|                      | Anaérobie                                | Staphylocoque metiS       | BGN                                |
|                      |                                          | P. aeruginosa : ciproflox | Streptocoque, pneumocoque          |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Résistance naturelle | P. aeruginosa, entérocoque: ertapénème ! | entérocoque, L. monocyt   | strepto, pneumo: *bithérapie amox* |
|                      |                                          | anaérobie                 | anaérobie stricte                  |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Résistance acquise   | carbapénémase                            | SAMR, gonocoque (1)       |                                    |
|                      |                                          |                           |                                    |
(1) Pas de monothérpaie pour P. aeruginosa et Staphylocoque aureus (risque mutants)
(2) amikacine, gentamicine
|            | C2G                              | C3G orale (1)      | C3G injectable                  |
|------------+----------------------------------+--------------------+---------------------------------|
| Utile      | Streptocoque, Staphylocoque metS | Streptocoque       | Streptocoque (dont pneumocoque) |
|            | Entérobactérie groupe 1          | entérobactérie 1,2 | Neisseria spp, entérobactérie   |
|            |                                  |                    | Haemophilus                     |
|------------+----------------------------------+--------------------+---------------------------------|
| Résistance | Listeria, entérocoque            | idem               | idem                            |
|            | Staphylocoque metiR              |                    |                                 |
|            | P. aeruginosa, intracellaire     |                    |                                 |
|                    | Péni G/V                   | Péni A                                     | Peni A + inhib βlactamase       | Peni M              |
|--------------------+----------------------------+--------------------------------------------+---------------------------------+---------------------|
| Utile              | Streptocoque               | idem + pneumocoque péniS                   | idem + Staphylocoque metiS      | Staphylocoque metiS |
|                    | Corynebacterium            | E. faecalis, Listeria monocytogenes        | H. influenza + pénicillinase    |                     |
|                    | Diphteria                  | Neisseria menigitidis                      | Enterobactéries + pénicillinase |                     |
|                    |                            | Entérobactéries groupe 1                   | BNG anaérobies                  |                     |
|--------------------+----------------------------+--------------------------------------------+---------------------------------+---------------------|
| Résistance nat     | BGN                        | Entérobactéries groupe 2, 3; P. aeruginosa |                                 | BGN                 |
| Résistance acquise | Staphylocoque, pneumocoque | Staphylocoque +/- pneumocoque              |                                 | Staphylocoque metiR |
|                    |                            | H. influenza, N. gonorrhea                 |                                 |                     |
|                    |                            | N. mengitidis                              |                                 |                     |
** Synthèse paroi
*** β-lactamase
- Les β-lactamine inhibent la synthèse de la paroi bactérienne (peptidoglycane)
  - se fixent sur les PLP (protéine de liaison des pénicillines)
  - mécanisme de compétition
- toutes les β-lactamines ont un cycle commun (β-lactame)
- les β-lactamase vont hydrolyse ce cycle et désactiver les β-lactamines
*** Modification de cible : PLP
- S. aureus : mutation dans le gène mecA : la PLP mutée (=PLP2a) ne permet plus aux β-lactamine de s'y fixer
- Idem pour les PLP mosaïques des pneumocoque
- Idem pour les entérocoque (PLP5)
[[../../images/microbiologie/antibio-ribosome.png]]
* Notes
- aminoside: mauvaise reconnaissance de l'ARN messager (modification de la cible)
- linezolide : mauvaise position de l'ARNt (apporte les acides aminés) (modification de la cible)
- macrolides : bloque la formation du peptide ("tunnel") (enzyme)
** Synthèse acide nucléique
- ADN gyrase va "détordre" la double hélice pour la transcription et traduction
- quinolones vont empêcher cette action (modification de la cible)
** Synthèse protéine bactérienne
* Cibles
- inhibition synthèse de la paroi bactérienne = \beta-lactamine, glycopeptides, fosfomycine
- synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
- synthène ARN : rifampicine
- synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
[[../../images/microbiologie/antibio-action.png]]
* Mécanisme de résistance
- enzymatique
- modification de la cible
- impermeabilité
- efflux
[[../../images/microbiologie/antibio-resistance.png]]
Résistance naturelle
- colistine: bactérie gram+
- vancomycine : bactérie gram -
- aminoside: anaérobie

#+title: Angines
#+filetags: personal medecine
- Virale 60-80%
- Bactérie: S. pyogenes surtout (strepto β-hémolytique)
- Test rapide : positif = en faveur strepto
- Possible de faire un prélèvement de gorge
  - culture milieu enrichi 48h: β-hémolyse + MALDI TOF
  - antibiogramme: sensible β-lactamines
- Cause rare :
  - angine ulcéro-nécrotique : ED = fusiofrme + bactéries spiralées
  - pseudomembraneuse (Corynebacteium diphteria: culture gélose enrichie + CNR)

#+title: Bactériologie
* Antibiotiques
** Cibles
- inhibition synthèse de la paroi bactérienne = \beta-lactamine, glycopeptides, fosfomycine
- synthèse ADN bactérien : quinolone, sulfamide
- synthène ARN : rifampicine
- synthèse protéines bactérienne : aminoside, macrolides, cyclines
[[../../images/microbiologie/antibio-action.png]]
** Mécanisme de résistance
- enzymatique
- modification de la cible
- impermeabilité
- efflux
[[../../images/microbiologie/antibio-resistance.png]]
Résistance naturelle
- colistine: bactérie gram+
- vancomycine : bactérie gram -
- aminoside: anaérobie
*** Synthèse paroi
**** β-lactamase
- Les β-lactamine inhibent la synthèse de la paroi bactérienne (peptidoglycane)
  - se fixent sur les PLP (protéine de liaison des pénicillines)
  - mécanisme de compétition
- toutes les β-lactamines ont un cycle commun (β-lactame)
- les β-lactamase vont hydrolyse ce cycle et désactiver les β-lactamines
**** Modification de cible : PLP
- S. aureus : mutation dans le gène mecA : la PLP mutée (=PLP2a) ne permet plus aux β-lactamine de s'y fixer
- Idem pour les PLP mosaïques des pneumocoque
- Idem pour les entérocoque (PLP5)
*** Synthèse protéine bactérienne
[[../../images/microbiologie/antibio-ribosome.png]]
- aminoside: mauvaise reconnaissance de l'ARN messager (modification de la cible)
- linezolide : mauvaise position de l'ARNt (apporte les acides aminés) (modification de la cible)
- macrolides : bloque la formation du peptide ("tunnel") (enzyme)
*** Synthèse acide nucléique
- ADN gyrase va "détordre" la double hélice pour la transcription et traduction
- quinolones vont empêcher cette action (modification de la cible)
** Notes
- \beta-lactamine inefficaces sur les mycoplasme car pas de paroi !
- glycopeptides inefficaces sur bactérie Gram négatif car elles ont une membrane externe qui ne laisse pas passer les grosses molécules
- synergie \beta-lactamine - aminoside sur strepto et entérocoque : destruction de la paroi par les \beta-lactamine pour que l'aminoside accède au ribosome
- seules les antibio pénétrant dans les cellules (macrolides, fluoroquinolones, rifampicine, cycline ) sont actives contre les bactéries "intracellulaires " (Chlamydia, Coxiella burnetti, Rickettsia, Legionella pneumophilia, Brucella meltiensi, Bartonella )
** Résumé
|                    | Péni G/V                   | Péni A                                     | Peni A + inhib βlactamase       | Peni M              |
|--------------------+----------------------------+--------------------------------------------+---------------------------------+---------------------|
| Utile              | Streptocoque               | idem + pneumocoque péniS                   | idem + Staphylocoque metiS      | Staphylocoque metiS |
|                    | Corynebacterium            | E. faecalis, Listeria monocytogenes        | H. influenza + pénicillinase    |                     |
|                    | Diphteria                  | Neisseria menigitidis                      | Enterobactéries + pénicillinase |                     |
|                    |                            | Entérobactéries groupe 1                   | BNG anaérobies                  |                     |
|--------------------+----------------------------+--------------------------------------------+---------------------------------+---------------------|
| Résistance nat     | BGN                        | Entérobactéries groupe 2, 3; P. aeruginosa |                                 | BGN                 |
| Résistance acquise | Staphylocoque, pneumocoque | Staphylocoque +/- pneumocoque              |                                 | Staphylocoque metiR |
|                    |                            | H. influenza, N. gonorrhea                 |                                 |                     |
|                    |                            | N. mengitidis                              |                                 |                     |
PéniM = oxacilline, cloxacilline
PéniA = amox
|            | C2G                              | C3G orale (1)      | C3G injectable                  |
|------------+----------------------------------+--------------------+---------------------------------|
| Utile      | Streptocoque, Staphylocoque metS | Streptocoque       | Streptocoque (dont pneumocoque) |
|            | Entérobactérie groupe 1          | entérobactérie 1,2 | Neisseria spp, entérobactérie   |
|            |                                  |                    | Haemophilus                     |
|------------+----------------------------------+--------------------+---------------------------------|
| Résistance | Listeria, entérocoque            | idem               | idem                            |
|            | Staphylocoque metiR              |                    |                                 |
|            | P. aeruginosa, intracellaire     |                    |                                 |
(1) limité car mauvais biodisponibilité
|                      | Carbapénème                              | FQ                        | Aminoside (2)                      |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Utile                | Entérobactérie, P. aeruginosa            | Entérobactérie            | Staphylocoque metiS                |
|                      | Entérocoque, Staphylocoque metiS         | Intracellulaire           | Listeria monocytogenes             |
|                      | Anaérobie                                | Staphylocoque metiS       | BGN                                |
|                      |                                          | P. aeruginosa : ciproflox | Streptocoque, pneumocoque          |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Résistance naturelle | P. aeruginosa, entérocoque: ertapénème ! | entérocoque, L. monocyt   | strepto, pneumo: *bithérapie amox* |
|                      |                                          | anaérobie                 | anaérobie stricte                  |
|----------------------+------------------------------------------+---------------------------+------------------------------------|
| Résistance acquise   | carbapénémase                            | SAMR, gonocoque (1)       |                                    |
|                      |                                          |                           |                                    |
(1) Pas de monothérpaie pour P. aeruginosa et Staphylocoque aureus (risque mutants)
(2) amikacine, gentamicine
|                     | Macrolides (1)                | Lincosamide (2)  | Métronidazole                           | Glycopeptide (3)           |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| Utile               | Intracellulaire, streptocoque | Strepocoque      | Anaérobie (sauf Acineto, cutibacterium) | Streptocoque, pneumocoque  |
|                     | Staphylocoque metiS           | Staphylocoque    | Parasite                                | Entérocoque, staphylocoque |
|                     |                               |                  |                                         | metiS/metiR                |
|                     |                               |                  |                                         | Clostri                    |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| Résistace naturelle | entérobactérie, P. aeruginosa | BGN, E. faecalis | Autres                                  | BGN                        |
|---------------------+-------------------------------+------------------+-----------------------------------------+----------------------------|
| résistance acquise  | staph, pneumocoque, strepo A  | staph, strepto   |                                         |                            |
(1) erythro, azithromycine, clarithromycine
(2) clindamycine
(3) vancomycine
** Interprétation
Entérobactéries
- Groupe 1: TRI = résistance amox/ticar/pipe + inhibiteur β-lactamase
- *Céphalosporinase* = *inhibée oxacilline*
- *BLSE* = inhibée par acide clavulanique => *"bouchon de champagne"*
  - synergie C3G/C4G - ticar + acide clavulanique
  - ne touche pas les carbapénèmes
  - cefoxitine non touchée => permet de différencer d'une céphalosporinase déréprimée (voir tableau)
|               |         | Pénicillinase | Pénicillinase déréprimée | Céphalosporinase | Céphalo. déréprimée | BLSE    | Carbapénémase  |
|---------------+---------+---------------+--------------------------+------------------+---------------------+---------+----------------|
| amoxicilline  | AMC     | R             | R                        | R                | R                   | R       | R              |
| ticarcilline  | TIC     | R             | R                        |                  | R                   | R       | R              |
| piperacilline | PIP     | I/R           | R                        |                  | R                   | R       | R              |
| amox+inhib β  | AMC     |               | I/R                      | R                | R                   | *S/I/R* | R              |
| pipe/ticar    | PCC/PTZ |               | I/R                      |                  | I/R                 | *S/I/R* | R              |
| + inhib β     |         |               |                          |                  |                     |         |                |
|---------------+---------+---------------+--------------------------+------------------+---------------------+---------+----------------|
| C1G           | CF      |               | I/R                      | R                | I/R                 |  R      | R              |
| C2G           | FOX     |               |                          | I/R              | I/R                 |         | I/R            |
| C3G           | CTX     |               |                          | I/R              | I/R                 | I/R     | S (OXA-48)/I/R |
| C4G           | FEP     |               |                          |                  |                     | I/R     | S (OXA-48)/I/R |
| carbapénème   |         |               |                          |                  |                     |         | I/R            |
- C1G = céfalotine (CF)
- C2G = céfoxitine (FOX)
- C3G = céfixime (CFM), céfotaxime (CTX), ceftazidime (CAZ)
- C4G = céfépime (FEP)
*** MSLB
Résistance à l'érythromicine
- sensible pristinamycine : regarder si induction ("interaction"), si oui, MSLB inductible donc possible sélection de mutant.
- résistant pristinamycine : MSLB constitutif
** Piège
- SAUR sensible oxa mais résistance peni G => pénicillinase -> résistance à toute les pénicillines
- SARM = résistance à toutes les βlactamanes dont imipénème
- Aminoside
  - résistance gentamicine => forcément résistant tobramycine, amikacine, kanamycine
  - résistance amikacine => forcément résistant kanamycine
- FQ : résistance à ofloxacine => forcément toutes les quinolones
** Aminosides
Action = bactéricide, concentration dépendant. Perturbe la synthèse des protéine (fixation sous unité 30s des ribosomes)
Résistances
- naturelle: anaérobie strictes et préférentielle (streptocoques, entérocoques) par défaut de pénnétration car le système de transport nécessite la force produite par les chaînes respiratoire aérobies
  /NB: penicilline + amoniside passe car agit sur la paroi bactérienne/
** Sulfamide
Bactériostatique (inhibe croissance) mais en synérgie devient bactéricide
Ex: sulfamethoxazole + trimethoprime (Bactrmie)
Mécanisme : inhibe synthèse microbionne d'acide folique
** Fluoroquinolone
- 4 générations: initialement répartition extra-cellulaire -> large et homogène (intracellulaire) avec les dernières générations
- Élimination rénale et bile
- Effets indésriable nombreux : digestif, phototoxique, trouble nerveur, inhibe cytochrme P450 (! interactions)
- Contre-indication : déficit G6PI, grossesse
- Action : inhibe réplication et transcription ADN
- Bactéricide, concentration dépendantes
- Indication :
  - quinolones = cystite aigùe simple non compliquée, récidivantes chez l'adulte
  - 2e génération : infetions sévères à bacille Gram négatif
  - 3e et 4e génération : sinusite aigüe bactériennes, exacerpbation pneumopathie communutaire, infection compliquée peau + tissus mous
    Résistante : en augmentatino chez entérobactéries (E. coli, Klebsiella)
** Métronidazole
Pour anaérobie strictes
* Bactéries
** Staphylocoques
*** Résistances
- β-lactamine : production pénicillinase (BlaZ)> 90%
- résistance méticilline (staph coag négative >> aureus) via
  - la Staphylococcal Cassette Chromosome mec (SCCmec) [= zone génomique comprenant /mecA/ qui code pour la protéine PLP2a
  - Nouveau gène mecC: code PLP2c
  - S. aureus : 15-20% résistant méticilline
- Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide (MLSK)  : modification de la cible surtout (modification/mutation ribosome)
  - phénotype MLS_B: inductible ou constitutionnel
- 3 phénotype de résistance aux aminosides (inactivation enzymatique = 5% SAMS mais 80-90% SARM)
- glycopeptide : exceptionnel
*** Staphylococcus aureus
Cocci Gram+ en amas : aérobie +/- anaérobie. Immobiles. non capsulé, non sporulé
**** Facteurs de virulence
Associé à la paroi:
- *coagulase* liée = récepteur au fibrinogène, sur la paroi bactérienne -> diag (test d'agglutination)
- protéine A: liaison aux immunoglobuline, protection contre la phagolytose
Excrété
- hémolysine : lyse des hématies (β-complète)
- coagulase libre = excrétée, clive le fibrinogène -> embole septiques. Différence avec les staph. à coagulase négative (S. epidermidis)
- staphylokinase : libère bactéries des emboles
- *toxine* :
  - leucocidine de Panton et Valentine (LPV) -> leucotoxique dermonécrotique
  - toxine du choc staphylococcique (TSST1-1 -> activation lymphocytes T)
  - exfoliatines -> érythrodermie bulleuses
  - entérotoxines thermostables -> TIAC
**** Habitat
- 30% porteur sain (transitoire ou non)
- Transmission intra-humaine par les mains ou indirectevement (vêtements...)
- Commensal : microbiote nasal, oropharyngé, digestif, cutané (aisselles)
**** Clinique
- Porte d'entrée = cutanée <-> site de portage/infection
- Infection communautaires, associées aux soins
- Infection toxiniques :
  - LPV : infection cutanée, pneumonie nécrosante
  - TSST1 = choc toxinique avec érythrodermie. Entrée = vaginale ou cutanée
  - exfoliatine: impétigo bulleux, syndrome d'exfoliation généralisée
  - entérotoxine = diarrée à +2h ou 4h, TIAC
- Infections suppurative
  - cutanée superficielle (furoncle, impétigo, folliculite) ou profondre (abcèse, fasciite)
  - bactériémie, endocardite
  - infections profondes : ostéo-articulaire, pneumopathie, neuroméningées (abcès)
**** Diagnostic
- Culture : non exigeante
  - gélose sang 24h: *beta-hemolytique* (hémolyse total)
  - Chapman (mannitol + NaCl) : rouge -> jaune avec NaCl
  - catalase +, oxydase-, DNAse + (à la différece des tretop à coagulase négative)
**** Sensibilité et résistance
Résistance fréquent à l’hôpital
- β-lactamines :
  - phénotype sauvage sensible
  - pénicilinase > 90% des souches (disque FOX de pénicilline g): résistance pénicilline G, V, A -> ajout d’inhibiteur de β-lactamase
  - SARM = gène mecA : PLP2 additionnelle -> résistance à toutes les β-lactamines *et imipénème*. Souvent multirésistance aminoside, macrolide, fluoroquinolonie
    - vancomycine en 1ere intention
    - C4G possible mais pas en france
- Aminoside : sauvage sensible, résistance acquise par inactivation enzymatique
- Glycopeptide : sauvage sensible, phénotype gIA/hétéroGISA avec sensibilité diminusée, phénotype gRSA (résistance)
**** Traitement habituellement actifs
oxacilline, gentamicine (aminoside), vancomycine (glycopeptide)
*** Staphylococcus non aureus
- = coagulase négative
- opportuniste, favorisé par immunodépression, cathé
- S. epidermidis = le plus souvent à l'hôpital : matériel (prothèse, valve dérivation)
- S. haemolytius
- S. epidermidis, haemolyticus = fréquemment multirésistante
- infections communautaire = S. saprophyticus (cystite) , S. ludgunensis (infections cutanées, endocardite infectieuses)
- traitement : glycopeptide, rifampicine
**** Staphylococcus saprophyticus
- Cocci gram + en amas, catalase positive, nitrate réductase négative
- Urine :rose sur milieu chromogène mais identification spectromètre de masse/biochimiue
- Sensibilité nature à la plupart des antibiotique anti-staph
- Résistance naturelle : fosfomycine, acide fusidique, novobiocine
- Résistance acquise fréquente : péni G, érythromycine
** Campylobacter
- Répartition mondiale
- Une des cause les plus fréquentes des diarrhées infectieuses bactériennes communautaires
- Microbiote digestive de nombreux animaux : /jejuni/ = oisaux, /coli= porc
- transmission animale -> homme par *alimentation* : surtout *jejuni*, *coli*, *fetus*
- très mobile pour survivre dans le tube digestif
*** Pouvoir pathogène
- douleur abdo
- *gastro-entérique aigue fébrile* : (diarrhées aqueuse voire mucosanglange, fièvre , vomissement)
- bactériémie
- syndrome de l'intestin irritable
- syndrome de Guillan-barré
*** Diagnostic bactério
- selles (copro): PCR, immunochromatographique
- sang (hémoc)
  - examen direct : en forme de S, non sporulé, en "vol de moucheron"
- culture : sélectif en microaérobie
- *oxydase+*, catalase souvent +
- MALDI-TOF
*** ATBgramme
- résistance naturelle : vancomycine, pénicilline G, M, céphalosporine, triméthoprime, streptogramine B
- acquise : érythro, tétracycline, quinolone, amox
*** Traitement
- déshydratation
- si fièvre > 38°, sang dans les selles, enfants, personnes agée, femmes enceintes: *azithromycine*
- systémique : aminoside  + {FQ ou beta-lactamine} sur documentation
*** Prévention: hygiène (eau, alimentation)
** Proteus mirabilis
- Bacille gram négatif, *mobile*, oxydase négatif, nitrate-réductase positive
- Brun sur milieu chromogène, β-glucuronidase et β-glucosidase négative
- Désaminase positive, indole négative
- Sensible antibio actif sur bacille gram négatif
- Résistance acquise : pénicillinase, BLSE, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
** TODO Pseudomonas aeruginosa
Bacille Gram négatif, très mobile
Origine : environnement++. saprophyte des milieux humides
*Opportuniste* : 10% des infections en hospitalisation
- infection nosocomiale (matériel) ou . 1ere bactérie en réa
- mucoviscidose: colonisation ou infection bronchopulmonaire chronique
Facteurs de virulence : exotoxine, exoprotéines, hémolysine
Facteur d'adhésion
Forte capacité à former des biofilms
*** Quand réaliser un antibiogramme
- suspicion responsable d'infection
- colonisation de patients fragile (ID, intbués)
- pulmonaire isolé de patients muco, BPCO, DDB
*** Diagnostic
- Pousse 24h à 37% sur milieu non sélectif.
- Milieu sélectif : cétrimide
- Oxydase positif (!= entérobactéries) -> test rapide pour différencier les 2
*** Résistance
Naturellement plus résistante que d'autres Bacille gram -
  - Catalase positif - lactose négatif
**** Résistance naturelle :
  - amox
  - C1G, C2G, *céfotaxime* (/! utilisé pour mécanisme/), ceftriaxone, *ertapénème*
  - anciennes FQ : nofloxacine, péflox, ofloxanie
  - cotrimoxazole
  - nitrofurantoine
  - macrolides
  - azithromycine
Association de plusieurs mécanisme (synérgie/complémentaire)
- β-lactamase AmpC (large spectre, inductible)
- enzyme modificatrice aminoside
- effluxs actif (mexAB-OprM, MexXY/OprM)
- imperméabilité (porine OpriF)
**** Résistance acquise
- Surproduction : efflux, β-lactamase AmpC, alétaration porine...
- gène codant β-lactamase
- Attention: certaines souches accumulent des résultats
- β-lactamase transférable : pénicillinase, BLSE, carbapénémase
  Quand chercher BLSE ?
  - synergie ceftazidime/cefepime et acide clavulanique
  - synergie ceftazidime/cefepime et impiénoèmeacide clavulanique
  Quand chercher carbapénémase ? (> 90% cabarpénème)
**** Antibiotique
- β-lactamine:
  - ceftazidime +/- avibactame
  - ticarcilline +/- clavulatane, pipéracilline +/- tazobactame,
  - céfépime
  - ceftolozane + tazobactame
  - imipénème, méropénème
- Aminoside
- FQ: ciprofloxacine, lévofloxacine
- colistine
** Streptocoques
Infections graves = /pyogenes/, /pneumoniae/.
Commensal mais opportunistes (immunodépression) : oraux (*endocardite*, SDRA)
*** Classification
- Hémolyse : α  partielle, β = totale.
- Lancefield : classification selon un composé de la paroi bactérienne (polyoside C) avec mise en évidence de l'antigène par agglutination.
En première approximation :
- α-hémolyse = non-groupable
  - /pneumoniae/ résistance par chimérisme PLP (acquis)
  - autres anginosus, mitis, sanguinis, bovis, salivarius, mutans
- β-hémolyse = groupable. Les plus importants
  - Groupe A = S. pyogenes.
  - Groupe B = S. agalactiae
  - C : /dysagalactia/ (rarement /equi/)
  - G : /dysgalactia/, /canis/
/Note/: certaines sous-espèce de Lancefield peuvente être alpha-hémolytique
*** Résistances
- α-hémolytique : dépistage disque péniG: si résistant, CMI d’une β-lactamine (amox/céfotaxime/ceftriaxone)
- *β-hémolytique: pas de résistance β-lactamine*
- S. pneumonia : 25% résistance acquise β-lactamine (sensibilité diminuée)
- pas de β-lactamase
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification cible++, efflux, protection ribosomale
- glycopeptide, linézolide : pas de résistance
*** Classification d’Ambler
A. BLSE
   - résistance pénicilline, C1, C2, C3G
   - sensible inhibiteur β-lactamase et carbapénème
   - détecté par ceftazidime + acide clavulanique
B. Métallo-beta-lactamases
   - résistance comme B. + carbapénème
C. ampC céphalosporinase
   - résistance BLSE + céfoxitine + inhibiteur β-lactamase
   - sensible carbapénème
   - détecté céfoxitine
D. oxacillinase
   - sensible β-lactamase
*** Streptococcocus pyogenes
Cocci gram+ en chaînettes, capsulé, non sporulé, immobile
Réservoire pharyngé. Transmission = aérienne, contact plaie infectée, accouchement.
**** Facteurs de pathogénicité
résistance à la phacogytose
- protéine M
- encapsulation
Facteurs de virulence
- enzyme :hyluronidase, stroplysine O et S (favorisent l’invasion tissulaire)
- exotoxine :  activation et prolifération d’une sous population lymphocytes T -> cytokine proinflammatoires
- Streptolysine = hémolyse β-complète
- toxine érythrogène : hypersensibilité retardée à la scarlatine
**** Habitat
Strictement humaine, surtout pharyngé +- peau, vagin...
Pyogène = responsiable d’infections suppurées
**** Clinique
- non invasive = *angine* érythémateuse/érythémato-pultacée, otite moyenne aigüe de l’enfant, scalratine, infection cutanée
- invasive : cutanée sévère (fasciite nécrosante), septicémie, choc toxique streptococcique
- complications post-streptococciques  (rare) = immunologique :
  - rhumatisme articulaire, glomérulonéphrite aigüe, érythème noueux
**** Diagnostic
- bactérie exigeante -> gélose sang +/- ANC (inhibe Gram-)
- β-hémolyse
- Résistance optochine, sensbile bacitracine
- Catalase -, oxydase -
**** Sensibilité, résistance
- β-lactamine : sensible
- macrolide : sauvage sensible, résistance par mécanisme d’efflux, modiifcation cible ARN23S
*** TODO Strepto agalactiae
-Pathogène n.1 des *infections materno-foetales* des pays développement.
 - périphérique = infection probable
 - dans le sang ou lCR = infection certaines
 - Mortalité 10%, séquelle 20-30%
**** Bactério
 - c+ diplococque/chaînette
 - aérobie-ana facultative
 - catalase négative, *β-hémolytique*
 - groupe B lancefield
**** Pathogènicité
 - commensale digestif, génital 10-30%
 - adulte : infection sujets à risque
 - grossese : chorioamniotite, endométrite
 - nouveau-né: infection néonat précoce <7 j, tardive > 7 jour
 - transmission : sang (mère avec bactériémie -> enfant), vaginal (+/- rupture membrane)
 - 2% nouveau-né des colonisé ont des symptômes
   - pneumopathie
   - septicémie, méningite (20%)
**** Résistance
- *Naturellement sensible β-lactamine* = 1ere intention
- Résistance bas niveau aminoside, synerige µ-lactamine
- 30% macrolide et clinda
**** Diagnostic
- Néonat : Hémoculture (référence), LCS, aspiration trachéale
- Mère : hémoc si > 38°, PV
- ED, gram + gélose sang et chocolat 5-10% (croissanec < 24h habituellement)
- MALDI/sérogroupage de lancefield
- PCR possible (LCR++, respi)
**** Prévention
- Dépistage 34-38 semaines: culture (Granada) -> antibio si +
- ATB per-partum péni-G/amox
- note: l’antibioprophylaxie marche chez les nouveau-né mais seulement pour les infections avant 7 jours)
*** Strepto. pneumoniae
Gram+ diplocoque encapsulé à multiplication extracullaire.
Classification selon la capsule (vaccins)
**** Habitat
Voie respiratoire supérieure
Transmission goutelette, interhumaine
**** Pathogénicité
- adhérence cellules épithélium rhinopharynx
- facteurs de virulence non capsulaire
- évasion à la phagocytose
- actionation complément, cytokien inflammatoire
**** Résistance
- β-lactamine: Selon les PLP (!inutile d’ulitiser les inhibiteurs de betalactamase)
- sensibilité possiblement dimunée aux fluoroquinolones
- Gènes mosaïque avec PLP chimérique
- 25% résistance acquise β-lactamine (pneumocoque sensibilité diminué pénicilline)
**** Clinique
- Infection neuroméningée
- Infection voies respiratoire: pneumonie franche lobaire aigüe, bronchopneumonie, otite, mastoïdite, sinusite, exacerbation BPCO
- Rare : purpura fulminas, endocardite
- Bactérimié, souvent à partir d’un foyer pulmonaire
** Entérobactéries
*** Résistances et groupe
Groupe selon la résistance *naturelle* β-lactamine
1. aucune : E. coli, Proteus mirabilis, Salmonella
2. Pénicillinase à bas niveau : Klebsiella (pneumonia, oxytoca), Citrobacer koseri, Shigella (!)
3. Céphalosporinase à bas niveau : Enterobacter, Serratia, Morganella, Providencia, Citrobacter freundii, /Klebsiella aerogenes/
4. Pénicillinase + céphalosporinase : Yersinia enterolitica
5. β-lactamase à spectre étendu (BLSE): Kluyvera
Résistance acquises
*** Escherichia coli
- Bacille gram négatif, mobile, oxydase négative, nitrase-réductase positive
- Urine : rose sur milieu chromogène (β-glucoronidase positive)
- Sensbilité naturelles aux antibiotiques actif sur BGN
- Groupe 1 :
  - céphalosporinase chromosomique de très bas niveau.
  - Résistance acquise enzymatique : pénicillinase, β-lactamase à spectre étendues, céphalosporinase de haut niveau, carbapénémase
*** KES = Klebsiella, ENterobacter, Serratia
Vert (β-glucosidase +)
*** Salmonelle, Shigelle
- Bacille gram négatif, non sporulé, aéro-anaérobie facultatif
- non exigeat
- catalase, nitrate réductase
- pas dans le microbite digestf normal de l'homme
- porte d'entrée digestive
- responsible de
  - maladie du péril fécal (pays en voie de développement : Salmonelle typique et non typqiue, Shigelle)
  - TIAC : salmonelle non typhique >> shigelle
    - rappel:  TIAC>= 2 cas, déclaration opligatoire
**** Pouvoir pathègene
- salmonelle :
  - strictement humain = sér. Typhi, paratyphi => fièvre (para)typhoïde
  - animale = non typhique: gastroentérite
- shigelle : dysenteria... strictement humain => dysentérie bacillaire, gastroentérite sanglante
**** Physiopath
*Entéro-invasif*
- shigelle : envahissement + destruction cellules épithéliales (syndrome dysentérique)
- salmonelle  : envahissement sans destruction de la muqueuse (sd gastroentéritiques) +/- production de toxique
Clinique:
- salmonelle typhique: 1-2semaine incubation, fièvre continue élevée 40`, bactériémie, tuphos, diarrhée/constipation`
- salmonelle non typhique: incubation 12-36h, diarrhée fébrile, vomissement
- shigelle: incubation 1-3j, fièvre élevée, selle avec sang, glaire, pus, douleurs abdominales violentes
**** Diagnostic
- selles +/- sang pour salmonelle (para)typhique
- diag moléculaire
- culture:
  - "SS" (salmonelle/shigelle): salmonelle = lactose - et SH2+
  - Hektoen, Drigalski (BG-) : lactos-, h2s+
  - pour salmonelle : bouillon d'enrichissement
- identification: *salmonelle non différencie d'e. coli*
  - shigelle = immobile
  - shigelle = fermentation manitol ( sauf s. dysenteria )
- BG-
**** Traitement
- diarrhée infectieuse aigue = symptom
  - antipyrétique,
  - maintien hydro-élecrique
  - régime sans résidu
  - ! contre-indication ralentisseur du transite (lopéramique)
  - +/- antibio si forme grave > 3 ours, ID... : FQ/azithromycique
- bactériémie : FQ/azithromycine,/ceftriaxone
Déclaration obligatoire : TIAC, fièvre (para)typhoïde
Vaccination en prévention salmonelle typfique
** Entérocoques
Cocci gram+ , anaérobie facultative, ressemblantà des streptocoques
Espèce majoritaire: E. faecalis = 80-90=, faecium = 5-10%
*** Habitat
Ubiquitaire. Surtout tube digestif (homme, animaux), milieu extérieur
Home sain : tube digestif, périnée, parfois vagin, oropharynx
Pulpart des infections = à partir de la flère du patient. Mais exogène possible.
Commensal gastrointestinal + génital chez les femmes
Augmentation des infections avec les années
*** Facteurs de virulence
- Pas d’exotoxine, ni de superantigène
- Protéine de surface -> adhère à l’endocarde et l’urothelium -> endocardite et infections urinaire
*** Résistance
- Naturelle : *céphalosporine*
  - faecalis = résistance oxacilline, C3G, ertapénème, lincomycine, acide fusidique
- *E. faecalis = sensible amox*. E. faecium = résistant 80-90%*
- multi-résistance chez E. faecium
- aminoside (bas niveau)
- β-lactamine/glycopeptide seul = seulement effect bactériostatique sur > 90%. Mais aminoside + inhibiteur de la paroi (β-lactamine, glycopepited, lipopetide) = synergie
- glycopeptide
- MLSK (Macrolides-Lincosamide-Streptogramine-Kétolide): modification cible++, efflux, protection ribosomale
- en cas de résistance surajoutée, les aminosides sont inefficaces.
- attention aux entérococques résistant vancomycine (surtout E. faecium): /vancA/ /vancB/
*** Clinique
- Infection urinaire
- Infection de la peau et des parties molles
- Endocardite
- Bactériémie
- Infection abdopelvienne
** Neisseria meningitidis
- Diplococque Gram - aérobie.
- Très gragile. Hautement variable
- Épidémio :
  - 2 pics : nourisson < 1 an (système immunitaire immature), ado/jeune adulte (socialisation)
  - ceinture de la méningite (Afrique sahel + subusaharienne)
*** Habitat
réservoir 100% humaine. Transmission directement uniquement par goutelettes
Portage pharyngé, avec rarement invasion (sang +/- LCS) -> seulement souches
** Listeria monocytègene
Résiste à 4° !
^
*** Clinique
- non invasive = gastro
- invasive: *bactériémie*, neurolistériose, infection materno-foetale avec forme néonatale précoce ou > 7j
*** Diagnostic
- hémoc, PL
- non exigeant
*** Résistance
- résistance naturelle *C3G*, fosfomycine, quinolone
*** Traitement
- amox + genta
** TODO Haemophilus influenza
Résistance : regarder penicilline G
- suspicion beta lactamase, tester par cefinase
- PLP3 : faire CMI
* Classification
** Gram
- positif si paroi épaisse de peptidoglycane-> coloration persiste
- négative si paroi plus fine qui permet à l'éthanol de laver la coloration
  Aérobies
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/aerobies.png :exports none
graph {
splines=false;
node [shape=box]
cocciPlus [label="Cocci"]
cocciMoins [label="Cocci"]
bacciPlus [label="Bacilles"]
bacciMoins [label="Bacilles"]
"Aérobies" -- {"Gram +" "Gram -"}
"Gram +" -- {cocciPlus bacciPlus}
cocciPlus   -- {"Amas" "Chaînettes" "Entérocoques"}
bacciPlus -- {"Listeria\nCorynebacterium\nBacillus\nErysipelothrix\nNocardia"}
"Amas" -- "Staph. aureus\nStaph coagulase négative"
"Chaînettes" -- {
                "Strepto hémolytiques"
                "Strepto pneumonia"
                "Autres strepto"
                         }
"Strepto hémolytiques" -- {"Strepto. pyogenes (groupe A)\nStrep. agalactiae (B)\nStrepto dysgalactiae"}
"Gram -" -- {cocciMoins bacciMoins}
cocciMoins -- "Neisseria\nmenigitidis/\ngonorrhoeae"
bacciMoins -- {
              "Entérobactéries\nE. coli, Klebsiella\nEnterobacter\nSerratia\nProteus\nSalmonella\nShigella\nYersinia\nCitrobacter"
              "Autres:\nPseudomonas\nStenotrophomonoas\nAcinetobacter\nCampolybacter\nVibrio\nBordetella\nHaemophilius"
              }
}
#+END_SRC
[[../../images/microbiologie/aerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/anaerobies.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Anaérobies" -- {"Gram+" "Gram-"}
"Gram+" -- "Clostridium tetani, botulinum, perfringens, difficile\nPeptococcus\nPropionibacterium\nActinomyces"
"Gram-" -- "Bacteroides\nFusobacterium\nPrevotella\nPorphyromonas"
}
#+END_SRC
[[../../images/microbiologie/anaerobies.png]]
#+BEGIN_SRC dot :file ../../images/microbiologie/autres.png :exports none
graph {
node [shape=box]
"Autres bactéries" -- {"Atypiques" "Spirochètes" "Mycobactéries" "Autres"}
"Atypiques" -- {"Intracellulaire\nChlamydia\nRickettsiales\nBartonella\nCoxiella" "Sans paroi\nMycoplasma\nUreaplasma"}
"Spirochètes" -- "Treponema\nBorrelia\nLeptospira"
"Mycobactéries" -- "M. tuberculosis\nleprae\atypiques"
"Autres" -- "Tropheryma whipplei"
}
#+END_SRC
[[../../images/microbiologie/autres.png]]
** Catalase
oxydoréductase qui intervient dans la résistance à la bactéricidie par le peroxyde d’oxygène
|                | Catalase +        | Catalase -    |
|----------------+-------------------+---------------|
|                | aérobies strictes |               |
| Cocci gram+    | staph             | strepto       |
| Bacille Gram + | Listeria          | Lactobacillus |
|                | Corynebacterium   |               |
|                | Propionobacterium |               |
** Oxydase
détecte les cytochrome de type c (pigments hémo-protéiques dans la plupart des cellules vivante)
| Oxydase +      | Oxydase - |
|----------------+-----------|
| Aeromonas      |           |
| Bordetella     |           |
| Branhamella    |           |
| Brucella       |           |
| Burkholderia   |           |
| Campylobacter  |           |
| Flavobacterium |           |
| Moraxella      |           |
| Neisseria      | staph     |
| Pasteurella    |           |
| Plesiomonas    |           |
| Pseudomonas    |           |
| Vibrio         |           |
** Mobile :
- Monotriche = 1 cil (triche = poil) -> va dans une direction à l’examen direct *pseudomonas*
- Céphalotriches: un cil à chaque extrémités
- Lophotriches: un cil à chaque extrémités
- Péritriches : cils tout autour -> mouvement désordonné
- cocci gram + : non (sauf Enterococcus casseliflavus, gallinarum; Vagococcus, Planococcus)
- Bacille gram+ : Listeria (tournoyante) , Bacillus (ondulante)
- Bacille gram- :
  - Vibrio, Aeromonas
  - Legionella
  - *Entérobactéries* : sauf Shigella, Klebsiella
** Fermentant
BGN:
- non fermentant = environnement (pyo)
- fermenant le lactose = entéro (commensal)
* Culture
- Gélose au sang = non sélectif. Pouvoir hémolytique
- Bouilon Schaedler = bactéries anaérobie et exigeantes (incubation 10-14jours en anaérobie) → prélèvement profonds, IO
- Chromogène urinaire = non sélectif
  - rose = activité \beta-galactosidase
  - bleue = activité \beta-glucotosidase
  - violet = les 2
  - brun = tryptophane désaminase
** Autres
- BCSA : inhibe gram+ → Burkholderia
- BCYE : Legionnella
- CAP (colistine + aztreonam) = inhibe Gram - → streptocoque+++, listeria, corynebacterie, uropathogène émergents
  NB: aztreonam inhibe pousse proteus, pseudomonas
- Cétrimide (ammonium) → P. aeruginosa (production pycyanine)
- Chapman : NaCL, mannitol
  - jaune = fermente mannitol → S. aureus
- Chocolat enrichi : bactéries exigeantes (prélèvement profond)
- Drigalski : inhibe Gram+, lactose →
  - jaunes = BGN fermentant lactose = escherichia, citrobacter, enterobacter, klebsiella
  - bleu = BGN ne fermentant pas le lactose = serratia, salmonella, shigella, proteus, yersinia, pseudomonas
- Granada (MTX) : inhibe Gram - → S. agalactiae
- HAE2 : inhibe bactéries gram + → Haemophilus spp. Prélèvements respiratoires et génitaux
- Haja-Kligler : lactose en haut, glucose en bas
  une bactérie va d’abord fermenter  le glucose (en bas) puis le lactose (en haut). Donc lactose+ et glucose- n’est pas possible. Passe au jaune si acide.
    Exemple:
    |            | Bas               | Haut             |
    | Shigella   | glucose+ (jaune ) | lactose- (rouge) |
    | Pyo        | glucose-(rouge)   | lactose-         |
    | Salmonelle | noir (H2S)        | noir             |
    | E.col      | glucose+          | glucose+         |
- VCAT : Neisseria (Vancomycine, Colistine, Amphotéricine, Triméthoprime)
*** Coproculture = Salmonelle, Shigelles, Campylobacter
- Gélose Hektoen : inhibiteur de gram+, sucres (lactose, saccharose)
  - centre noir = formation de H2S →_Salmonelle
  - vert/bleu = pas de fermetation → Salmonelle/Shigelle
  - jaune/orange = fermetation
- Bouillon sélénite (inhibe coliforme + entérocoqu, enrichi pour Salmonelle)
- Gélose Salmonelle-Shigelle : inhibiteur gram+, _lactose_
  - centre noir = H2S → Salmonelle
  - jaune = pas de fermentation → Salmonelle/Shigelle
  - rose/rouge = fermentation lactose
- Gélose sélective Campylobacter (inhibe Gram+, Gram-, champignon)
- Yersinia: mannitol, inhibiteur GRam+ (dont Proteus), Gram- (dont Pseudomonas aeruginosa)
  - rouge = fermente mannitol → Yersinia
* Hémocultures
** Contamination ?
Probable si
- positivé lente, cathé (50% réa),
- espèce = staph épi, stap coagulase négative (sauf lugdu !), coryne, strepto α-hémolytique, cutibacte, bacillus
Règle :
- 1 positif parmi 3 paires [prélèvement unique/multiple] = probable faux positif
- >= 2 positifs parmi 3 paires [prélèvement multiple] = vrai positif si clinique non expliquée par autre infection, matériel
- >= 4 positifs parmi 3 paires [prélèvement unique] = idem
- autre = difficile
** Négative
- volume insuffisant, antibiothérapie
- non cultivae : mycobactérie, candida, filmanteux, intracellulaire (rickettsia, coxiella)
** Bacille gram négatif
penser
- bacillus
- corynebacterie
- listeria
- si ana: campylo
** Résultat intermédiaire
- pyo = ceftazidime
- polymicrobine = revoir antibio
- entérobacter groupe 3 = céfépime car risque élevé de céphalosporinase hyperproduite
* Maladies infectieuses
** Physiopathologie
- Inhalation d'aérosole depuis source hydrotellurique
- Homme = hôte accidentel avec multiplication intracellulaire
- Facteurs de risque:
  - eau contaminée Légionella + aérosol (sanitaire+++)
  - eau chaude insuffisament chaude ou froide mais pas assez
** Importance
- peu fréquente
- risque épidémique
- β-lactamine insuffisante
** Clinique
Non spécifique mais y penser si
- hyponatrémie + insuffisance rénale +cytolyse hépatique + rhabdomyolyse + CRP élèvée
- extra-pulmonaire : neuro (confusion), diarrhée, insuf rénale
- pas d'amélioration sous β-lactamine
** Diagnostique
1. antigénurie
   - si positive = confirmé : culture échantillon respiratoire (épidémio)
   - sinon : PCR échantillion respiratoir (immunodéprimé++)
Attention: Antigénurie =
- seulement type 1 (85%) -> PCR si négatif/suspicion
- persiste (parfois 1 an !)
Culture = croissance lente (3-5 jours), sur BCYE
** Antibiotique
- macrolide (azithromycine) si peu sévère 7-14 jours
- sinon FQ ou assoication 2 parmi macrolide, FQ, rifampicine
- pas de résistance décrite !
** Déclaration obligatoire !
** IST
*** Chlamydia trachomatis
- 19 génovars
Trachome oculaire
Infection urogénitale sexuellement transmissilbse
*1ere cause d’IST*
**** Clinique
- Infection urogénitale basse/haut:  *urétrite* (homme), *cervicite* (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare  (grossesse, immunodépression)
**** Résistances
- naturelle = amonisode, glycopeptitde
**** Traitement
- Doxycycline (ou azithromycine pour IST non compliqué)
- infection génitale haute : doxycycline + autre
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
**** Diagnostic
- *Direct* = PCR, Transcription-Mediation-Amplification
  - remboursé, sensbilité > 95%
- Sérologie : biland infertilité, LGV (immunofluorescence, ELISA)
- culture peu sensible, antigène non recommandé, pas de test de sensibilité antibio en routine
*** Mycoplasmes urogénitaux
4 espèce
- /ureaplasma/ spp = commensal tracture urogénital
- /mycoplasma genitalium/ = IST, non commensal
**** Clinique
- Infection urogénitale basse/haut:  *urétrite* (homme), *cervicite* (asympto souvent), endométrie, salpingite
- lymphogranulomatose vénérienne : régions tropicale, ulcération génitale, adénite inguinale; anorectite HSH
- opportuniste : rare  (uértrire masculine, salpingite, grossesse, immunodépression)
**** Diagnostic
Myc. genitalium
- *direct* non inscrit à la nomenclature : PCR, TMA
- test de résistance macrolie moléculaire : gène codant ARNr23s
- pas de culture (fastidien)
Myc. hominis, Ureaplasma spp
- *direct*: culture milieu spécifique liqui/gélosé (! pas de gram car pas de paroi)
- TAAN : infection génitale haute/extra-génitale
Prélèvement:
- pas de prélèvement cervico-vaginal pour Ureaplasma et m. hominis ! (commensal)
- site stérile; homme=urètre, sperme, urine (1er jet); NN = endotrachéal, liquide gastrique
**** Résistances
- naturelle : β-lactamine, glycopeptitde, fosformycine, rifampicine
  - Ureaplasma : lincosamide
  - homiis : certains macrolife
- acquise :
  - M. hominis, Ureaplasma: tétracycline (gène /tet/) surtout +/- fluoroquinolones (3%)
  - M. genitalium : macrolides++ !traitement de première intention!, fluoroquinolones
**** Traitement
Myc. genitalium
- non compliqué : azithromycine
- sinon : moxifloxacine
- *dépister IST*, traiter partener, rapport protégé
Myc. hominis, Ureaplasma
- infection urogénitale: tétracycline
- néonat/grosses : macrolide
- immunodépression: tétra + fluoroquinolones
** Angines
- Virale 60-80%
- Bactérie: S. pyogenes surtout (strepto β-hémolytique)
- Test rapide : positif = en faveur strepto
- Possible de faire un prélèvement de gorge
  - culture milieu enrichi 48h: β-hémolyse + MALDI TOF
  - antibiogramme: sensible β-lactamines
- Cause rare :
  - angine ulcéro-nécrotique : ED = fusiofrme + bactéries spiralées
  - pseudomembraneuse (Corynebacteium diphteria: culture gélose enrichie + CNR)
** Meningite
Étiologie
- virale = 90%, entérovirus 70-90%, bénigne, arrêt des traitements antibactériens
- bactérienne : 1300cas/an, selon âge/terrain, grave, diagnostic et traitement *urgent*
*** Bactérienne
- Envahissement LCR par bactéries
- Virale sans encéphalite = habituellement bénin, guérit spontanément
- Bactérien = pronostic vital engagé à court term +/- séquelle neuro
- Ttt = ATB IV forte dose
**** Physiopathologie
- passage dans le sang : depuis
  - oropharynx (enfant, adulte)
  - tube digestif (E. coli, strepot agalactiae) (néonat > 72h)
  -ou via placenta si bactériémie par la mère [Listeria] (néonat)
- autres : brèche ostéoméningée, complication infection systémique (borréliose..)
**** Clinique
- Communautaire = > 39° + syndrome méningé (céphalé, raideur nuque, vomissement, photophobie)
- Néonat : non spécifique => PL si fièvre sans cause évidente
- Méningoencéphalitue : +signe neuro/psy
**** Épidémiologie
- enfant, adulte : *Neisseria, Strepto pneumo* +/-- H. influenza, strepto pyogenes, agalactiae, listeria
- néonat : *Strepto agalactia*, E.coli,
- Autres : Lyme, leptospirose, syphilis, immunodéprimé
*** Virale
Diag différentiel =
- bactériennes+++, parasitaire, fongique
-  néoplasique, inflammatoire, dysimmunitaire, toxique
**** Détection génomique spécifique
**** Étiologies
- *Entérovirus= 90% des cas*
  - été, automne
  - 70% sont des enfants
  - tous les types peuvent être respnsable de méningite mais certains types peuvent être associés à des formes sévère
  - bénignes mais formes graves possible (nouveau-né, immunodéprimé)
  - diag = RT-PCR entérovirus dans LCS. Si négatif : gorge, selles, aspiration (attention à l'excrétion prolongée..)
- parechovirus : enfant < 2ans
  - RT-PCR LCS, sang
  - traitement sympto
- HSV2: éruption génitale, ATCD
  - PCR spécifique CLS
  - traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- VZV : zona, paralysie faciale
  - PCR spécifique
  - traitement : immunodéprimé +/- immunocompétent
- autres:
  - oreillons (parotidite, vaccins): RT-PCR dans LCS, ttt symptomatique
  - primo infection VIH (prise de risque): 10% primo-ifection. Diag = séro +/- charge virale
  - LCMV (rongeur), arbovirus (voyage - West nile)
**** Herpétique
- *mortelle dans 70%* => urgence thérapeutique
- la plus fréquente des encéphalite sporadiques
 Diagnostic = PCR sur lCS
***** Physiopath
- muqueuses de la fac -> lance ganglion trijumeau. Rarement accès SNC (via muqueuse nasale ?)
- lésions cérébrales : focales (temporales, uni -> bilatérales)
- éncéphalite pure -> méningo-encéphalite
***** Clinique
- Début progressif, fière > 48h
- Céphalées, nausées vomissement
- Aphasie, désorientation, conscience
- Crises convulsives focale -> génralisé
- Déficit neuro focalisé. *Cherche signe HTIC = contre-indication PL*
***** Biologique
- PL: 5-5000 élément, majoritairement lymphocytaire; glycorachie normale, protéinorache modérément élevée (<1.5g/L)
- *PCR HSV* si encéphalite + méningite lymphocytaire. La PCR doit pouvoir différencier HSV1 et 2 (2 = exceptionnel sauf nouveau-né)
  - *PCR peut être négative initialement* : répétér à 48/72h
- Sérologive : utile chez l’enfant (sang + LCS)
***** Autre
- EEG = focal (temporal), imagerie = focal (temporal), nécroto-hémorragique
***** Traitement
- *Après la PL, sans attendre*: aciclovir IV 15 jours
- contrôle par PL : seulement si non amélioration clinique : si PCR positiv, poursuite 7j
*** Examens
- Cytologie :
  - bactérienne  > 500/mm^3 (rares cas sans pléiocytose en début d'infection)
  - virale = pléiocytose modérée (500 en moyenne)
- MGG après centri :
  - bactérie = majorité de PNN
  - virus, mycobactérie =  majorité mononuclé/lympho
  - virus, listeria, brucella = mixte (panaché)
- Biochimie :
  - bactérie: CRP, PCT élevé, protéinorachie > 1G/L, glycorachie/glycémie < 0.5
  - virale : protéinorachie normale/modérément éleée, glycorachie/glcyémie normale > 0.6 (attention: *absence de pléocytose parfois*)
- Gélose sang cuit + vitamine sous CO_2 +/- anaérobie, bouillon d'enirchissement
- Gram:
  - Cocci G+ diplocoque/chainette : strepto pneumonia, agalactiae
  - Cocci G- diplococque : Neisseria meningitidis
  - Bacille G+ : listeria monocytogenes
  - Bacille G- : Haemophilus, E.coli, Brucella, salmonella
    Attention : culture peut être négative si ne pousse pas sur milieu usules (Tuberculose) ou décapité ATB
**** Neisseria meningitidis
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP)  25 => *CMI péni G, amox, céfotaxime*
- Aérobie strict. Fragile. Commensal oropharynx. Humain
- C3G IV, *déclaration obligatoire*, *rifampicine cas contact* +/- vaccins
- Prévention : vaccin sérogorupe C mais pas pour le B.... Voyage : A,C,Y,W
**** Streptococcus pneumoniae
- Aéro/anaérobie, fragile, commensal oropharynx
- Sensibilité diminués pénicilline (PLP)  30-60% => *CMI péni G, amox, céfotaxime*
- C3G IV + cortico. Pas de prophylaxie.
- Vaccin 13 sérotype
**** Néonatal
- maternofoetal ou transmission tardive (>72h) par IU/translocation digestive
- Amox si strepto agalactia, céfotaxime si E.coli (50% pénicillinase), amox si listéria (résistance céphalo)
** Infections urinaires
- Tractus urinaire stérile, extrémité distale de l’urètre colonisé
- Pénétration des bactéries : à partir de l’urètre (ascendant), plus rarement sur sonde, endoscopie, chirurgie
- Facteurs prédisposants : calcul (obstactle), hypertrophie prostate, malformation voie urinaire, grossesse, diabète...
*** Démarche
- autre : risque de complication, PNA; dépistage pour grossesse, chir ; échec traitement; > 4 épisodes par an -> EBCU (bactérie + antibiogramme)
- cystite simple : bandelette urinaire : leucocyte, nitrite. VPN chez la famme, VPP chez l’homme
**** ECBU: préanalytique
Prélèvement
- Naturel : lavage main + toilette, urine 2eme jet
- jeune enfant : collecteur d’urine +*/ cathéter/ponctio sus-pubienne
- Sonde: jamais dans le sac prélevere, recueiller après désinfections sur site dédié. Ne pas envoyer sonde
Conservation:
- tube stérile 2h à température ambiante, 12h cyto, 24h à 4° pour culture
- tube borate: 48h si _bien rempli_
**** Analytique
- cytologie : manuel/automatique
- Gram : non obligatoire, peu sensible mais permet d’identifier une contamination, d’orienter les milieux d’ensemencement
- ensemencement : chromogène +/- sélectif pour Gram positif, levures.... 16-24h à 35°, 48h si croissance lente, discordante.
*** Groupes
_Groupe 1_ : *Seuil = 10^3*. Critères majeurs de pathogénicité (e.g adhésion à l’épithelium urinaire) -> responsable si urine non contaminé, même en petite quantité
- *E. coli* (75%-80% des cystites simples)
- *S. saprophyticus* (cystites aigües communautaires chez femme de 15-30ans)
- Salmonella spp.
- mycobactéries
- leptospire
_Groupe 2_ = *Seuil = 10^3 homme, 10^4 femme*. Plutôt IU associées aux soins si facteurs anatomiques/iatrogènes
- entérobactéries (Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Morganella, Providencia)
- Pseudomonas aeruginosa
- Enterococcus
- Aerococcus urinae
- Staphylococus aureus
- Corynebacterium urealyticum
_Groupe 3_: *Seuil 10^5*. Implication discutée. Nécessite bactériurie élevée + 2 échantillons + critères clinique + inflammation
- Gram + : Streptococcus agalactiae, staph à coagulase négative autre de S. saprophyticus
- entérocoque avec E. coli
- Gram - : Acinetobacter, Oligella urethralis, Stenotrophomonas maltophilia, Burkholderia cepacia
- Candida
_Groupe 4_ : *Seuil: non*. Contaminant
- lactobacillus (sauf L. delbrueckii)
- streptococques alpha-hémolytique
- Gardnerella vaginalis
- bacilles corynéforme (sauf C. urealyticum et C. seminale)
*** Étiologie
- E. coli = 50 à 95% (communautaire ou associé au soin)
- S. saphrophycitus : 5-20% IU communtaire, surtout chez la femme jeune
*** Virulence
- Capacité de colonisation + invasion des cellules urothéliale
- Biofilm
*** Interprération
| Dispositif | Clinique | Leucotyurie | Bactéurie  | IU                   | Antibiogramme |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Non        | oui      | oui         | cf seuils  | oui                  | oui           |
|            | non      | oui/non     | >= 10^3    | colonisation         | non           |
|            | oui      | non         | cf tableau | débutant/neutropénie | oui           |
|------------+----------+-------------+------------+----------------------+---------------|
| Oui        | oui      | NC          | >= 10^5    | oui                  | oui           |
|            | non      | NC          | >= 10^3    | colonisation         | non           |
- *colonisation* femme *enceinte* avec bactérurie >= 10^5 groupes 1 à 3* : antibiogramme !!
- si invasif : significatif si > seuil
Clinique > biologique (décapité par antibio, croissance lente)
*** Uropathogènes emergents
- (Gram+): Aerococcus spp, Actinotignum shaalii, A. omnicolens et L. delbrueckii
- chez > 65 ans, < 3 ans et patho urologie (sauf cancer vessie et prostate) -> à chercher dans ce contexte
** Gastro-entérites
# -	Pour Norovirus et Rotavirus :
# o	Epidémiologie/ transmission, durée d’incubation, physiopathologie, symptômes
# -	Pour Adénovirus, Astrovirus
# o	Epidémiologie/ transmission, symptômes
# -	Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
# -	Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
# -	Principales mesures d’hygiène permettant de lutter contre une épidémie de GEA
Principale complication = déshydratation
*** Virale
- Transmission : féco-orale direct (interhumaine)  ou indirecte (aliments, eaux, environnement)
- Faible nombre de particules ingéres pour entraîner une GEA
- Virus non enveloppé résistant à l’acadidé gastrique
- toutes tranches d’aĝe mais le plus souvent enfant en bas âge
- multiplication dans les entérocytes de l’intesting grêle
- infections le plus souvent courte avec diarrhé, douleur abdo, vomissement
- greffés/transplanté: peut devenir presistant/chronique
- incubation courte, excrétion virale prolongee
- Immonoenzymatique, trousses commerciales (ELISA, tests unitaire), PCR temps réel
  - immunoenzymatique: très spécifique, sensible pour rota, adéno et astrovirus mais pas pour la détection des norovirus -> technique plus sensible
**** Rotavirus
- Réservoir humain (animaux pour rotavirus spécifiques)
- Transmission : féco-orale, interhumaine, par les mains ou objets contaminés par des feces/vomissure.
  NB: perte de son infectiosité en milieu humide
***** Structure
Capside icosahédrique, non enveloppé, ARN double brin
***** Épidémiologie
- groupe A:
  - France, enfant < 5 ans  140 000 consultations, 18 000 hospitalisaiton, décès exceptionnel
  - *1ere cause de diarrhée aigùe de l’enfant < 5 ans*
- 1ere cause d’infection nosocomiale en pédiatrie, 27-32% nosocomiales selon les pays
  - monde = 29-45% hospitalisation pour diarrhées sévères, 600 000 morts/an (pays bas/moyens revenus)
- adulte/enfant plus gế : réinfetion commune mais clinique très modérée. Surtout un vecteur de transmission
***** Physiopathologie
 Lésions des entérocytes matures de l’intesting grêle (multiplication du virus) : dérégulation puis destruction. Mécanismes :
 1. sécrétion eau, électrolytique ->  diarhée sécrétoire
 2. lyse cellulaire , perturbation des fonctions enzymatique -> diarrhée de malabsorption et osmotique (résidus glucidique dans l’intestin)
***** Clinique
- variable : asymptomatique - diarrhées malabsorption/sécrétoire
- incubation < 48h
- symptomes de 1 à 4 jours. NB: excrétion du virus peut précèder de quelques jours et persister 8-10 jours
  - infections asymptomatique habituelle de 1 à 3 mois (immunité maternelle) (NB : immunité secondaire chez adulte)
- diarrhée
  - aqueuse non glairo-sanglante (parfois explosive), vomissement, douleur abdo, hyperthermie modérée 38°
  - intensité = variable
  - consistance variable (molle - liquide)
***** Diagnostic
- Test immo-chromatographique
- Test immuno-enzymatique (ELISA) = détection antigène dans les selles (anticorps monoclonaux)
- RT-PCR, RT-qPCR
**** Norovirus
***** Structure
Capside, non enveloppé, *simple brin* (\approx ARN messager)s
***** Transmission
- Féco-orale, vomissure, persone-personne (EHPAD+++), souillures, projection, aérosol (eau++)
- Très infectieux
- Contagion possible par sujet asymptomatique.
***** Épidémiologie
- Souvent sous forme d'épidémie.
- Surtout en hiver
- *> 85% des épidémies de GEA non bactériennes quelque soit l’âge*
- Problème de santé publique : infections nosocomiale, EHPAD
- *Le virus le plus fréquemment responsable de TIAC* (eau souillée, personne porteuse) : 10-26% des cas
  Attention: persistance excrétion virale semaine après la guérison
***** Physiopathologie
- Probablement réplication jejunum : atrophie villositaire -> malabsorption transitoire (altération système enzymatique des entérocyte)
- invasion épithélium par lymphocytes T CD8+
***** Clinique
- Bénin chez adulte/enfant bonne santé (très rarement déshydratation)
- Plus problématiques dans certains pays (= aussi sévère que rotavirus)
- Incubation 4-77heures
- Nausée, vomissement, diarrhée, fièvre modérée douleur abdominale
- Diarrée liquide sans mucus/sang/leucocyte
- mortel chez les personnes fragiles (nouveau-né, greffé, immunodéprimé)
- Infections chroniques parfois sévère chez l'immundodéprimé (perte de poids, déshydrataition...)
***** Diagnostic
- test immuno-chromatographique: spécifique, peu sensible
- standard = RT-PCR, RT-PCR en temps réels
***** Traitement, vaccination
- Pas de traitement antiviral
- Prévention = lavage des mains, désinfection surface, hygiène du voyage, hôpital = idem
- Pas de vaccin
**** Adénovirus
- Transmission féco-orale, *respiratoire*
- Plutôt communautés, possiblement nosocomiale
- Endémie avec pics (hivers, printemps)
***** Structure
Capside, non enveloppé, double brin
***** Épidémio
- toute l’année (épidémique ou sporadique)
- *3-6% GEA infectieuses du nourrisson*
***** Physiopatho
- Largement répandu dans la population mais pas d’immunité
- Lyse cellule
***** Clinique
- Immunocompétent : *oculaire* (conjonctivite, kérato-conjoctivite), *respiratoire* (ppharyngite, bronchite, pneumotahie), *digestif* (gastro)
- Immunodéprimé : dissiméniation (pneumonie, méningoencéphalite, héptatie) ! potentiellement mortel !
***** Diagnostic
- Formes graves chez l’immunocompétent, dépistage chez immunodéprimé
- PCR quantitative/qualitative, test rapide antigénique
***** Traitement
Cifodovir = IV, nombreux effets indésirable
***** Prophylaxie
**** Astrovirus
***** Épidémio
- épidémies en hiver, surtout nourrisson
- 1-4% GEA enfant et adulte
***** Physiopatho
Entérocytes matures , sommets des villosités
***** Diagnostic
ELISA
RT-qPCR
**** Modalités du diagnostic virologique des GEA virales
- forme sévère de l’enfant: recherche rotavirus
- porteur asymptomatique en pédiatrie
- enfant/personne âgée avec symptômes en hospitalisation + symptôme (prévenir infection nosocomiale)
**** Stratégie des examens microbiologiques face à des cas groupés de GEA
- immunodétection ou PCR temps réel -> noro, rota, adéno, sapovirus, adénovirus
- Origine alimentaire/hydrique = norovirus le plus souvent -> recherche norovirus
**** Principales mesures d’hygiène permettant de lutter contre une épidémie de GEA
Port de gant, lavage des mains, décontamination des surface
- Désinfection des surfaces contaminées (rotavirus)
- norovirus :
  - règle d’hygiène en voyage
  - lavage main savon + hydroalcoolique, nettoyage des locaus, prélèvement régulé, isolement des patients à risque
** Diarrhées
*** Clostridium difficile
- Bacille gram positif à bout carré, spores subterminales
- Anaérobie strict
- 1re cause diarrhées associées aux soins
*** Préanaytique
- seulement si diarrhée et >= 3 ans
*** Pathologies associée
- diarrhées : 10% nosocomiale, 10-25% post-antibio
- colite pseudo-membraneuse 95%
- complications: mégacôlin toxiuqe, perforation, choc toxique
- portage *asymptomatique*: 20-70%  *nourrissons jusque 3 ans*, adulte < 3%
*** Facteur de virulence
- *toxines* A, B, adhésien, enzymes, spores
*** Diagnostic
- diarrhée + toxine selles ou souche toxinogène
- ou colite pseudo-membraneuse
- référence (fastidieux) = culture toxigénique, test de toxicité en culture
- glutamate déshydogénase (GDF) par immuno-enzymatique = très bonne VPN => souche toxigène ou non
- recherche des toxine A et B: PCR (sensible mais peu spécifique) ou immunoenzymatique (spécifique)
  => (GDH + ou PCR+) et  toxine immuno + = diag
*** Post-analytique
- pas de contrôle
- 6 jours redondance
*** Traitement
- arrêt antibio si possible, éviter ralentisseur transit, correction hydroélectrique
- *pas d’antibiogramme* = sensible métronidazole + vanco
- hygène = *contact*, isolement, lavage *mécanique* des mains, *Javel*. Isolement levé 48h après arrêt des diarrhées
*** Virale
GEA Adulte : norovirus > rotavirus > adénovirus > astrovirus
*** Rotavirus
- 1ere cause de gastroentérite aigüe chez l'*enfant* < 5 ans. Touche également adulte (ID, voyageur, contact enfant)
- Épidémies hivernales 6-24mois
- pas de vaccin
*** Norovirus
- 1ere cause de diarréhes virale chez l'*adulte*, 2e cause enfant < 5 ans
- Clinique:
  - début brutal, asympto 1/3, durée 12-60h, incubation courte (1-2 jours)
  - immunodéprimé : risque diarrhée chronique
- épidémies++ (collectivités)
- critères de Kaplan = vomissement > 50% sujet, incubation moyenne 1-2 j, durée 12-60h, pas de bactéries à la coproculture
- diagnostic selle : RT-PCR, 3 à 5 échantillonls. 50% positifs pour conclure
- précaution contact (gants, SHA, javel), arrêt maladie 48-72H après symptômes
- vaccin: 6semaine-6mois de vie
*** Autre
- Astrovirus : GEA modérée, tous les âges
- Adénovirus (40-41) : test rapide/RT-pcr, ttt sympto
** Endocardite infectieuse
- Rare (5cas/million), grave (20% décès)
- Souvent iatrogène
- Traitement difficile (biofilm)
- *Gram positif*
  - staph aureus/coag négative : cutané, cathéter, toxico IV
  - strepto : bucco-dentaire, digestif
  - entérocoque = digestif, urinaire
  - HACCEK = bucco-dentaire [Bacille gram neg croissance lente + physio = Haemophilus, Actinobacillus actinomyc, cardiobacterium hominis, capnocytophaga, Kingella kingae]
  - candida = cathéter, toxico
- Diag: critère de duke pour hémoculture : 2 positive à germe typique ou >2 à germe atypique
  - négative dans 5-10% E
I
** Infections cutanées
Localisation
- Épiderme = impétigo
- derme = furoncle/anthrax (racine du follicule), abcès, phlegmon, dermohypedermite, érysipèle
- fasciite nécrosante
Primaire -> secondaire
- folliculite/furoncle  -> 0
- abcès cutané primaire -> secondaire (panaris)
- impetigo primaire -> impétigination
Germes = *Staph aureus*, *Strepto. pyogenes*
*** Érysipèle
- strepto β-hémolytique (A,C,G), surtour *S. pogenes*
- adulte obèse, porte d'entrée = ulcère, plaie
- membre inférieure, placard inflammatoire, *sans nécroise*
- complication = récidive
- Prélèvement: local = inutile, hémoc si forme grave, résistante
- traitement *oui*, amox orale ambulatoire, pas d'AINS ni cortico
*** Furoncle, anthra, furonculose
- Follicute profonde et nécrosante de tout le follicule pilo-sébacé
- *S. aureus producteur de LPV*
- diag clinique = nodlle inflammatoire avec nécrose au centre
- cemplication = abcès secondaire, *staphyloccice maligne de la face* (thrombophlébite septique cérébrae = urgence)
- Prélèvement si lésion multiple, recherche LPV *inutile*
- traitement: pas d'antibio forme simple, ne pas manipuler. Amox -AC si fièvre, > 5cm...
*** Panaris, onyxis, péri-onyxis staphyloccoqiue
- INfection aigǜe de la main la plus fréquence (pule doig, sousungéulaire...)
- *S. Aureus*
- Complication: lymphangite, phlegmon des gaines
- Prélèvement pendant drainage abcès
- traitement: pas d'antibio si inflammation local, *chirurgie* si abcès (douleur intense, pulsatile)
*** Impétigo
- Dermo-épidermite superficielle
- *S. aureus* pays développés, *S. pyogènes* pays à faible ressources
- *contagieux*, enfant
- adulte alcool, diabète = impétigo creusant nécrotique (S. pygenes)
- prélvement : dépistage SARM
- traitement : nettoyage eau savon surgras +
  - local si peu étendu et crouteux : antiseptique, aicde fusidique
  - systémique si bulleux, étendu : β-lactamine

* Biologie
** Bactériologie
- [[./medecine/bacteries.html][Bactéries]]
- [[./medecine/classification_bacteries.html][Classification bactéries]]
- [[./medecine/maladies_infectieuses.html][Maladies infectieuses]]
- [[./medecine/antibiotiques.html][Antibiotiques]]
- [[./medecine/culture.html][Culture]]
** Virologie
- [[./medecine/virologie.html][Virologie]]
** Hématologie
- [[./medecine/hematologie.html]]
* Autres
- [[./japonais.html][Japonais]]